vita版のもちもの最右下(所持金右端)の画面外下に見えないアイテム枠がありました。
PS3版・vita版両方持っていて、もちもの画面が一部違うんですが、PS3版でゴミ箱がある位置に見えないアイテム枠がひとつあるようです。
おそらくvita移植の際に移動したはずのゴミ箱がそのまま残っているのではないでしょうか。
アイテムを置くと見えず、ゴミ箱の枠と一緒で宝箱のまとめ入れボタンにも反応せず、ワールドを出ると消滅します。
ただ、削除ボタンによるゴミ箱に先に入ってたアイテムの消滅には関係がないようです。
他の人もそうなのか検証よろしく！