SYRFID : une base de données biogéographiques
La préservation de la biodiversité est l'un des défis majeurs de ce siècle et la Conférence des Nations-Unies sur l'Environnement et le Développement (CNUED), dit "Sommet de la Terre", à Rio de Janeiro en 1992 a été une étape importante dans la prise de conscience de l'opinion publique des enjeux écologiques, économiques et éthiques de cette protection.
L'extinction des espèces à la surface de la planète a atteint, du fait des activités humaines, un rythme estimé à 75 espèces par jour alors que le rythme des cinq périodes d'extinction précédentes est estimé à une quinzaine par siècle. Il est donc urgent de réaliser, par groupes biologiques, un point exact sur le statut et la localisation des espèces afin de suivre leur dynamique et de favoriser, dans la mesure du possible, les plus menacées d'entre elles grâce à des mesures de gestion adaptées des habitats.
Pourquoi les Syrphidés ?
* Tout d'abord parce que ce sont des invertébrés :
* Ensuite parce que ce sont des insectes :
* Enfin parce que ce sont des diptères :
Intérêts de l'étude des Syrphidés
Au sein des diptères, les Syrphidés constituent l'une des plus vastes familles avec plus de 5000 espèces décrites dans le monde, plus de 800 dans l'Ouest paléarctique et plus de 500 en France.
Dans l'optique d'une étude de la biodiversité, il est indispensable de procéder par groupes biologiques car toute étude exhaustive est impossible, et le choix d'un groupe, qualifié souvent de bio-indicateur, se fera en considérant plusieurs de ses caractéristiques.
Les Syrphidés sont présents dans presque tous les milieux terrestres, hormis les pleines eaux et les grottes. Leurs espèces peuvent être largement représentées, peu fréquentes, rares, voire menacées. Certaines, commensales, parasites ou prédatrices au stade larvaire, se développent auprès ou aux dépens d'autres organismes vivants, animaux ou végétaux. D'autres, saprophages ou microphages toujours au stade larvaire, se développent dans des matières organiques plus ou moins dégradées de milieux assez secs ou aqueux. Les adultes quant à eux sont, sauf exception, floricoles de façon plus ou moins spécialisée. Ces modes de vie peuvent être ceux d'espèces étroitement dépendantes de milieux spécifiques (espèces sténoèces comme par exemple de vieilles chênaies, de prairies alpines pâturées, de tourbières acidiphiles oligotrophes…) ou ceux d'espèces très tolérantes de milieux plus banals et anthropisés (espèces euryèces prédatrices de pucerons des cultures ou des plantations de résineux…). Ainsi, ces milieux doivent répondre, de par leurs caractéristiques, aux diverses exigences des adultes comme des larves.
Indépendamment de ces qualités intrinsèques, les Syrphidés bénéficient de l'existence de la base de données européenne Syrph The Net [Speight et al., 2006] précisant leurs habitats, leur biologie, leur mode de vie, leur répartition, leur statut (degré de rareté, de menace…) etc. Cette base de données a nécessité de la part des meilleurs spécialistes européens près de 15 ans de collecte d'informations et de travaux de diagnose, de systématique, d'écologie et de biogéographie sur les centaines d'espèces européennes. Couplée à un protocole de piégeage standardisé, elle permet des bio-évaluations et des diagnostics écologiques précis.
Les Syrphidés, pour toutes ces raisons, répondent à la plupart des critères exigés d'un groupe zoologique utilisé comme bio-indicateur [Speight, 1986].
L'accès par SYRFID à la répartition par départements des espèces de Syrphidés et à sa mise à jour régulière permet :
- d'optimiser et d'orienter l'effort de chasse et de piégeage destiné à compléter l'inventaire des Syrphidés par département français, ce qui est un premier but en soi pour de nombreux syrphidologues ;
- de connaître, dans le cadre de diagnostics écologiques de milieux, le pool d'espèces potentiellement observables dans une région donnée ; cette connaissance est un préalable indispensable à l'interprétation des résultats d'un inventaire relativement complet des Syrphidés d'un milieu particulier ;
- de recueillir des données de présence, à un instant donné, d'espèces sensibles dans un département, voire dans un site particulier, et ainsi de suivre dans le long terme le maintien ou l'extinction de certaines populations.
Il est prévu une mise à jour régulière de SYRFID, après chaque parution de nouvelles données publiées.
SYRFID est une base de données qui répertorie toutes les espèces de Diptères Microdontidae et Syrphidae mentionnées à ce jour en France métropolitaine, sur la base de données publiées dans des revues scientifiques [voir remarque (1)].
Toutes ces espèces, y compris celles de Microdontidés, sont regroupées dans le site sous le terme générique de Syrphidés.
Pour chaque espèce, les renseignements suivants sont donnés :
- Nomenclature valide suivie du nom de son auteur (qui est entre parenthèses si ce dernier avait initialement classé l'espèce dans un autre genre) et de l'année de sa description ;
- Synonyme(s) éventuel(s) actuellement connu(s) [voir remarque (2)], suivi(s) du nom de l'auteur et de l'année de description ;
- Tableau des observations publiées, indiquant le numéro et le nom du ou des département(s) dans le(s)quel(s) l'espèce a été trouvée [voir remarque (3)], l'année ou les années des observations [voir remarque (4)] et la référence de la publication (auteur(s), année) en faisant mention ; nous avons considéré la Corse en tant qu'unique département car de nombreuses observations se rapportaient à une époque où la subdivision administrative entre le nord et le sud de l'île n'avait pas cours ; nous demandons par avance à nos amis corses de bien vouloir nous excuser pour ce choix :-)
- Carte indiquant la présence de l'espèce par département selon 3 périodes de temps en fonction de la date du 1er janvier 1970, date charnière retenue par l'U.E.F. (Union de l'Entomologie Française) pour la réalisation du "Catalogue Permanent de l'Entomofaune de France métropolitaine", regroupant une collection d'ouvrages traitant chacun d'un taxon :
- avant 1970 seulement : espèce observée avant 1970, et non réobservée depuis 1970
- avant et depuis 1970 : espèce observée avant 1970 et réobservée depuis 1970
- depuis 1970 seulement : espèce observée depuis 1970 et jamais observée avant 1970
Il est important de préciser que l'absence d'observation ne signifie pas l'absence de l'espèce : "l'absence de la preuve n'est pas la preuve de l'absence" !
Remarques :
- (1) Il s'avère impossible de prendre en compte les données non publiées qui ont été ou qui pourraient nous être envoyées directement :
- ces données ne pourraient pas apparaître de façon aussi condensée sur notre site que des données publiées auxquelles on peut se référer pour avoir des informations plus détaillées (e.g. localité et date plus précises) ;
- nous ne pouvons nous substituer à la caution scientifique apportée par les revues spécialisées : nous incitons donc les entomologistes à publier leurs données dans ces revues, ce qui va dans le sens d'une plus grande rigueur dans l'identification des spécimens
- (2) Afin de ne pas surcharger le site, seuls les synonymes jugés les plus répandus ont été mentionnés et on consultera Peck (1988) pour une information plus large (avec précautions car beaucoup de synonymies nouvelles sont apparues, et inversement des rétablissements d'espèces valides ont été faits). Concernant les synonymies de genre, nous donnons ci-dessous les principales correspondances entre anciens noms et noms actuels de genres. Il faut bien noter que, d'une part, ces synonymies ne concernent parfois pas toutes les espèces d'un genre donné et que, d'autre part, certains noms de genre sont qualifiés ici d'"anciens" simplement parce qu'une ou plusieurs de leurs espèces sont aujourd'hui rangées au sein d'un autre genre ("noms actuels de genre"). Toutefois, certains de ces "anciens noms de genre" sont toujours utilisés mais pour d'autres espèces. C'est le cas avec Episyrphus : c'est l'ancien genre de l'espèce auricollis, rangée aujourd'hui par la plupart des auteurs dans le genre Meliscaeva, et l'on a néanmoins l'espèce Episyrphus balteatus. Dans le tableau ci-dessous, ces "anciens" genres toujours utilisés pour d'autres espèces sont indiqués en rouge.
| "Anciens" noms de genre | Noms actuels de genre | "Anciens" noms de genre | Noms actuels de genre |
| Aphritis | Microdon | Melithreptus | Sphaerophoria |
| Brachyopa | Hammerschmidtia | Mesosyrphus | Parasyrphus |
| Cerioides | Ceriana, Sphiximorpha | Metasyrphus | Eupeodes |
| Chilosia | Cheilosia | Musca | nombreux genres |
| Chrysogaster | Orthonevra | Myiolepta | Myolepta |
| Cinxia | Sericomyia | Neocnemodon | Heringia |
| Cynorrhina | Blera | Olbiosyrphus | Xanthogramma |
| Eoeristalis | Eristalis | Orthoneura | Orthonevra |
| Epistrophe | Episyrphus | Orthonevra | Riponnensia |
| Episyrphus | Meliscaeva | Parapenium | Trichopsomyia |
| Eristalis | Eristalinus | Penthesilea | Criorhina |
| Eurhimyia | Anasimyia | Phalacrodira | Parasyrphus |
| Heringia | Pipizella | Pipiza | Trichopsomyia |
| Ischyrosyrphus | Leucozona | Pyrophaena | Platycheirus |
| Lampetia | Merodon | Syrphocheilosia | Cheilosia |
| Lasiophthicus | Scaeva | Syrphus | nombreux genres |
| Lathyrophthalmus | Eristalinus | Xylota | Brachypalpoides |
| Melangyna | Meligramma, Parasyrphus | Xylotaeja | Myolepta |
| Melanostoma | Xanthandrus | Zelima | Brachypalpoides, Xylota |
- (3) Imprécision spatiale : SYRFID recense les observations d'espèces localisées dans un département précis ; les observations des espèces suivantes, localisées dans une région, ou simplement en France, ne sont donc pas prises en compte dans les tableaux d'observations et la cartographie ; il serait souhaitable que ces observations puissent être précisées pour pouvoir être intégrées dans la base de données :
| Localisation | Espèce | Année | Référence |
| Pyrénées | Epistrophe flava
Paragus absidatus |
1993
1971 1877 |
Doczkal & Schmid, 1994; Speight
et al., 1998
Speight, 1993 Verlinden, 1999a |
| Cévennes | Paragus vandergooti | 1991 | Speight, 1993 |
| Normandie | Pipiza quadrimaculata | ? | Mouillé, 1980 |
| France | Orthonevra elegans | ? | Speight, 1994 |
| Merodon aberrans
Merodon alexeji Merodon avidus Merodon biarcuatus Merodon clavipes Merodon clunipes Merodon crassifemoris Merodon distinctus Merodon nigritarsis Merodon pruni |
? | Hurkmans, 1993 |
Depuis le volume 3, le coeur de la navigation dans SYRFID est constitué par une cartographie interactive permettant de sélectionner - au moyen de boutons, cases à cocher et listes - le type de cartes à afficher et les genres et espèces désirés en fonction de divers critères.
CARTES DE RICHESSELes cartes de richesse représentent sous forme de classes de couleur le nombre d'espèces ou de genres observés dans chaque département, globalement ou en fonction de bornes temporelles (Choix libre des années) :
 | Cet icône permet un retour à la page d'accueil de Syrfid |
 | Choix parmi les effectifs de genres ou les effectifs d'espèces |
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Sélectionner la période d'observation désirée en entrant dans la cellule de gauche la borne temporelle basse ; et dans la cellule de droite la borne temporelle haute. Vous pouvez également de n'afficher qu'une seule borne, dans ce cas, entrez une seule année dans l'une des deux cellules. Vous pouvez choisir de n'afficher qu'une seule année en entrant la même année dans les deux cellules. La cellule de gauche considère toutes les années à partir du choix inclus alors que la cellule de droite considère toutes les années jusqu'au choix inclus. |
 | L'option avec possibilité d'observations en dehors des bornes est cochée par défaut. Elle signifie que la carte affiche des espèces ou des genres qui ont été observés au moins une fois à l'intérieur des bornes choisies mais qui ont pu être observées hors de ces bornes. |
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Ces 4 options permettent d'affiner la sélection temporelle. Le choix Observation(s) uniquement pendant les bornes signifie que la carte montrera uniquement les observations comprises à l'intérieur des bornes choisies. Le choix Observation(s) pendant et avant les bornes signifie que la carte montrera uniquement les observations qui ont été vues pendant mais aussi avant les bornes choisies. Le choix Observation(s) pendant et après les bornes signifie que la carte montrera uniquement les observations qui ont été vues pendant mais aussi après les bornes choisies. Le choix Observation(s) pendant, avant et après les bornes signifie que la carte montrera toutes les observations qui ont vues à la fois pendant, avant et après les bornes choisies. |
 | Cette option permet d'inclure ou d'exclure les observations à date imprécises dans la carte. En effet, il existe de nombreuses observations qui n'ont pas de date précise pour l'année d'observation. Il est probable qu'en choisissant nos bornes certaines observations se retrouvent à cheval sur le choix de l'utilisateur. Il est donc possible d'inclure ou non ces observations. |
 | la zone cartographique indique pour chaque département la classe d'effectif dans laquelle il se situe en fonction du nombre d'observations recensées ; chaque département est cliquable et permet d'ouvrir une fenêtre auxiliaire détaillant sous forme de tableau toutes les observations faites en son sein, avec en regard de chaque espèce la date et la référence abrégée de l'observation (exemple : entre 1990 et 1995). Cette fenêtre est modifiable en taille et en positionnement grâce à la souris. De plus, la fenêtre ouverte contient un bouton pour l’export vers Excel(R) des données sélectionnées. Le fichier créé rappelle, en plus des observations, les conditions de la requête (le département par exemple). |
CARTES DE REPARTITION
Les cartes de répartition indiquent dans quels départements une espèce donnée a été observée, la classe de couleur précise si l'observation a été faite avant la borne sélectionnée seulement (sans réobservation depuis la borne basse), avant la borne sélectionnée avec réobservation dans cette borne (sans réobservation depuis la borne haute), avant pendant et après la borne sélectionnée (observation dans l'ensemble des période), pendant et après la borne sélectionnée (sans observation avant la borne basse) ou depuis la borne sélectionnée seulement (sans observation avant la borne haute) :
| En cliquant sur "Carte de richesse" ou "Carte de répartition", on peut faire apparaître ou disparaître les onglets ce qui facilite la navigation. |
| Le choix du genre ou du nom d'espèce se fait par "autocomplétion". C'est à dire que vous cliquez sur le case souhaitée pour faire apparaître une liste de choix. À chaque fois que vous entrez une lettre, la liste se réduit aux possibilités restantes. |
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Sélectionner la période d'observation désirée en entrant dans la cellule de gauche la borne temporelle basse ; et dans la cellule de droite la borne temporelle haute. Vous pouvez choisir de n'afficher qu'une seule borne, dans ce cas, entrez une seule année dans l'une des deux cellules. Vous pouvez choisir de n'afficher qu'une seule année en entrant la même année dans les deux cellules. La cellule de gauche considère toutes les années à partir du choix inclus alors que la cellule de droite considère toutes les années jusqu'au choix inclus. |
| Cette option permet d'inclure ou d'exclure les observations à date imprécises dans la carte. En effet, il existe de nombreuses observations qui n'ont pas de date précise pour l'année d'observation. Il est probable qu'en choisissant nos bornes certaines observations se retrouvent à cheval sur notre choix. Il est donc possible d'inclure ou non ces observations. |
| La zone graphique indique pour chaque département la classe d'observation de l'espè en fonction du choix de l'utilisateur ; chaque département est cliquable et permet d'ouvrir une fenêtre auxiliaire détaillant sous forme de tableau toutes les observations faites en son sein, avec en regard de chaque espèce la date et la référence abrégée de l'observation. Cette fenêtre est modifiable en taille et en positionnement grâce à la souris. De même que pour les cartes de richesse, un bouton permet l’export des données vers Excel (R). |
LECTURE DES ANNEES
AUTRES MODES DE NAVIGATION DANS SYRFID
Ces autres modes de navigation sont ceux disponibles depuis la page d'accueil de Syrfid :
Chaque nom d'espèce est réactif et affiche la liste des départements dans lesquels elle a été observée, avec en regard de chaque département la date (année) et la référence abrégée de l'observation. Un complément apporté par rapport à la version précédente est la possibilité de fixer un intervalle de temps qui déterminera l’affichage des observations par département. Par défaut, le tableau qui s’affiche présente les observations classées par département, antérieures au 01/01/1970 dans la colonne de gauche, et postérieures à cette date dans la colonne de droite. Si l’utilisateur ne rentre qu’une seule date (éventuellement deux fois la même date), les colonnes affichent les observations antérieures et postérieures à cette date. De même, si l’utilisateur choisit d’entrer deux dates différentes, un tableau à trois colnnes apparaît : les observations se retrouvent donc classées avant, pendant ou après les bornes fixées.
Les observations incertaines (date inconnue) sont représentées en fonction de la date de la citation : elles seront donc présentes dans les différentes colonnes dont la borne supérieure est supérieure à la date de citation. Par contre, les dates imprécises ont été séparées de la même manière que pour les cartes : la moyenne des dates détermine la colonne dans laquelle s’affiche l’observation.
De même, chaque département est réactif et ouvre une page similaire (accès aussi possible depuis la page de recherches), avec pour le département sélectionné la liste des observations classées par espèce. Les règles d’affichage (choix des bornes et dates imprécises/incertaines) sont les mêmes que dans le cas précédent.
La page donnant accès aux macrophotographies est accessible indépendamment depuis la page d’accueil, tout comme la page avec la bibliographie et les formulaires de contact.
Origine
Jusque vers la fin du XXème siècle, les entomologistes amateurs n'ont pas porté un très grand intérêt aux Syrphidés, certainement à cause de difficultés taxonomiques et de diagnose. Alliés à une attention plus marquée de la part du grand public pour le monde des insectes en général, des travaux importants de systématique, avec révision de nombreux genres et clarification du statut taxonomique de nombreuses espèces, ont été réalisés entre les années 1970 et 1990 par plusieurs spécialistes, ce qui a contribué de manière décisive à ce nouvel élan des entomologistes vers les Diptères Syrphidés.
Dans cet ensemble de travaux, ceux réalisés par le Dr Martin C. D. Speight (Dublin) ne sont pas des moindres, particulièrement en ce qui concerne l'acquisition et la transposition informatique de données biologiques et écologiques des espèces européennes, très efficacement aidé en cela par le Dr. Emmanuel Castella (Genève). Leur collaboration a ainsi abouti à la création de la base de données Syrph The Net (dont les auteurs du présent site SYRFID sont désormais co-auteurs), système expert à logique floue simplifiée, utilisable d'une part comme modèle mécaniste prédictif des communautés de Syrphidés à partir des habitats et micro-habitats respectivement des adultes et des larves dans tous les écosystèmes terrestres (hormis les grottes et les vives eaux), et d'autre part, et en prolongement, comme système d'attribution d'un indice d'état écologique de ces derniers, au même titre que l'IBGN (Indice Biotique Global Normalisé) en écologie aquatique.
Outre le fait que l'usage de Syrph The Net nécessite de disposer d'une liste la plus exhaustive possible des espèces présentes dans un département donné ou dans un groupe de départements donnés, nécessité pour laquelle Syrfid devient un outil indispensable et puissant, il est important, dans une optique de conservation de la biodiversité, de recenser et rendre facilement disponibles les données d'occurrence des espèces avec leurs dates.
C'est ainsi que l'idée de réaliser une telle base de données est née en fin 2001 entre Cyrille Dussaix et Jean-Pierre Sarthou, Claude Monteil en assurant la modélisation informatique et la gestion cartographique.
VersionsLe volume 1 de SYRFID a été mis en ligne en mars 2002. Il a largement bénéficié des données déjà saisies par Cyrille Dussaix, auxquelles Jean-Pierre Sarthou a apporté des compléments. Il a été présenté la même année dans un colloque scientifique(MONTEIL C. et SARTHOU J.P., 2002. SYRFID, une géobase d'observations faunistiques sur Internet, 6èmes journées CASSINI du Groupe de Recherche SIGMA (Systèmes d'Information Géographique, Méthodologie et Application), Presqu'île de Crozon, France, 19-20 septembre 2002, 411-420).
Le volume 2 de SYRFID a été mis en ligne en mai 2003 et comportait, outre quelques centaines d'observations publiées supplémentaires, une galerie photographique permettant d'illustrer les beautés et les différences d'une trentaine d'espèces.
Le volume 3 a été mis en ligne en juillet 2006. Il apporte des changements importants tant au niveau du contenu, avec plus de 2700 nouvelles observations concernant près de 420 espèces, que de la présentation, puisqu'a été développée une nouvelle interface d'accès aux informations sous forme de panneau interactif, en complément de la précédente interface de navigation toujours accessible.
Le présent volume 4 a été développé par Paul FROMAGE et Benoît GENET (DAA Agrogéomatique, INP-ENSAT ) et Alexandre VINAUGER (Master Géomatique SIGMA, Université de Toulouse) dans le cadre d'un projet encadré par Jean-Pierre SARTHOU, Claude MONTEIL et Wilfried HEINTZ. Il a permis d'introduire une nouvelle interface cartographique interactive et des fonctions d'interface plus élaborées telles l'utilisation de dates personnalisées lors des recherches et des affichages cartographiques, ou l'exportation des sélections vers Excel (R). La technologie "Ajax" a été mise en place dans la plupart des pages pour permettre une plus grande fluidité dans l'affichage des pages.
Mise à jourNous essayons d'avoir une veille permanente sur les articles susceptibles de mentionner des données de Syrphidés en France. Pour plus de certitude, n'hésitez pas à nous transmettre vos articles publiés pour inclure vos données lors des mises à jour de SYRFID. L'envoi est à effectuer de préférence en version électronique à via la page de contact du site à défaut en version papier à l'adresse suivante :
Ce site est celui de tout syrphidologue désireux d'améliorer la connaissance de la répartition des Syrphidés en France. La compilation de toutes les informations contenues à ce jour dans SYRFID a nécessité un travail important, et l'erreur étant humaine, il est tout à fait possible que vous en repériez. D'autre part, de nombreuses imprécisions de lieux et de dates figuraient dans la bibliographie. Même si nous avons pu en résoudre certaines, il en subsiste certainement et nous comptons sur vous pour nous aider à éliminer les dernières.
Nous vous remercions également de nous faire part de toutes corrections ou suggestions pour parfaire la présentation même des données, compléter la liste de liens, ...etc. Vous pouvez envoyer vos contributions par courrier électronique aux adresses suivantes :
- Pour les aspects entomologiques : Jean-Pierre SARTHOU : Page de contact du site
- Pour les aspects informatiques : Claude MONTEIL : Page de contact du site
En France
http://perso.orange.fr/cyrille.dussaix/ : site personnel de Cyrille DUSSAIX possédant des photographies et donnant des éléments de la biologie des Syrphidae.
A l'étranger [sites généralement en langue anglaise]
http://www.iol.ie/~millweb/syrph/syrphid.htm (Syrph The Net) : site de démonstration de la base de données Syrph The Net, maintenu par Martin C.D. SPEIGHT.
http://www.naturkundemuseum-bw.de/stuttgart/volucella/ (Volucella) : présentation d'une revue incontournable pour tout syrphidologiste, créée en 1995, avec périodicité annuelle à bisannuelle.
http://www.syrphidae.com (The world of Syrphidae ...) : site généraliste sur les Syrphidae (bibliographie, liens, listes nationales, ..).
http://home.hccnet.nl/mp.van.veen/hf_index.html (FAUNIST) : site contenant des clés de détermination des espèces de 25 genres du nord-ouest de l'Europe ; un prolongement du livre de M. van Veen, qui bénéficie de mises à jour et qui est utile pour certains espèces et genres.
http://www.faunaeur.org (Fauna Europea) : réalisation (en cours) d'une base de données rassemblant les noms scientifiques et la répartition de tous les animaux pluricellulaires vivants des milieux terrestres et aquatiques en Europe.
http://www.nottingham.ac.uk/~plzfg/ : site personnel de Francis GILBERT avec de nombreuses publications téléchargeables en PDF.
http://www.ufz.de/index.php?de=1901 : site personnel de Frank DZIOCK avec de nombreux liens vers d'autres sites.
http://www.geller-grimm.de/address/europe.htm : site créé et maintenu par Fritz GELLER-GRIMM recensant sous forme de base de données les personnes travaillant sur les Syrphidae, avec leurs spécialités et leurs coordonnées (adresse postale, téléphone, courriel).
SARTHOU J.P., FROMAGE P., GENET B., VINAUGER A., HEINTZ W. et MONTEIL C., 2010. SYRFID vol. 4 : Syrphidae of France Interactive Data [On-Line URL : syrfid.ensat.fr].