Die Gauliga Bayern 1938/39 war die sechste Spielzeit der Gauliga Bayern im Fußball. Im Gegensatz zu den vorangegangenen Runden entwickelte sich in dieser Spielzeit ein spannendes Rennen um den Titel. Der 1. FC Nürnberg lag lange mit Aufsteiger BSG WKS Neumeyer Nürnberg (vormals ASV Nürnberg) an der Tabellenspitze gleichauf, am Ende triumphierte aber Verfolger 1. FC Schweinfurt 05. Nachdem die Elf um die Nationalspieler Andreas Kupfer und Albin Kitzinger beim Neuling Neumeyer Nürnberg mit 0:1 die Oberhand behalten hatte, gewannen die Schweinfurter auch bei Altmeister Nürnberg mit 2:1 und wurden erstmals Gaumeister. In der ersten Endrunde um die deutsche Meisterschaft in der Vereinsgeschichte verpasste der 1. FC Schweinfurt nur knapp den Einzug ins Halbfinale. Aus der Gauliga absteigen mussten Neuling VfB Coburg sowie Schwaben Augsburg, an ihre Stelle rückten zur Runde 1939/40 die Gewinner der Aufstiegsrunden VfR 07 Schweinfurt und FSV Nürnberg.
