Η παρουσία τωνΕβραίωνστηνΕσθονία καταγράφεται για πρώτη φορά από τον14ο αιώνα.[1]Το 19ο αιώνα, εγκαταστάθηκαν σημαντικοί εβραϊκοί πληθυσμοί, έπειτα από ένα διάταγμα (του 1865) τουΤσάρου Αλέξανδρου Β΄ της Ρωσίας, όπου επέτρεπε σε Εβραίους να εγκατασταθούν σε οποιοδήποτε σημείο της Αυτοκρατορίας επιθυμούσαν.[2] Εκείνες οι ομάδες καιοι απόγονοί τους ήταν αυτοί που ίδρυσαν τις πρώτες εβραϊκές κοινότητες στην Εσθονία.[3][4]Η κοινότητα του Ταλίν είχε ιδρυθεί ήδη από το 1830. Η κοινότητα τουΤάρτου ιδρύθηκε το 1866, όταν εγκαταστάθηκαν εκεί οι πρώτες πενήντα οικογένειες Εβραίων. Το 1883 κατασκευάστηκε ησυναγωγήτου Ταλίν και, το 1901, εκείνη του Τάρτου.[5]Καιοι δύο συναγωγές καταστράφηκαν από πυρκαγιά, κατά τονΔεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο.[6][7]
Ο εβραϊκός πληθυσμός εξαπλώθηκε καισε άλλες εσθονικές πόλεις, όπου ανεγέρθηκαν χώροι λατρείας (σε Βάλγκα, Πάρνου και Βιλιάντι) και ιδρύθηκαν νεκροταφεία. Τα πρώτα σχολεία οργανώθηκαν στο Ταλίν κατά τη δεκαετία του 1880. Η πλειοψηφία των Εβραίων εκείνη την εποχή αποτελούνταν από μικρούς εμπόρους και τεχνίτες, ενώ πολύ λίγοι γνώριζαν επιστήμες.[8] Αυτό άρχισε να αλλάζει στα τέλη του 19ου αιώνα, όταν αρκετοί Εβραίοι εισήλθαν στοΠανεπιστήμιο του Τάρτουκαι αργότερα συνέβαλαν σημαντικά στην αναβίωση του εβραϊκού πολιτισμού και της παιδείας. Το 1917 ιδρύθηκε η Εβραϊκή Δραματική Λέσχη του Τάρτου.[9][10]
Κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκόσμιου Πολέμου, η πολιτιστική αυτονομία των Εβραίων, μαζί με όλα τα θεσμικά της όργανα, εξαφανίστηκαν. Τον Ιούλιο καιτον Αύγουστο του 1940 έκλεισαν όλες οι οργανώσεις, οι σύλλογοι, τα σωματεία καιοι εταιρείες. Οι εβραϊκές επιχειρήσεις εθνικοποιήθηκαν. Ένας σχετικά μεγάλος αριθμός Εβραίων (350-450, περίπου το 10% του συνολικού εβραϊκού πληθυσμού) μεταφέρθηκαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης στη Ρωσία και έκτοτε χάνονται τα ίχνη από τους περισσότερους.[11][12]
Περίπου το 75% της εβραϊκής κοινότητας της Εσθονίας κατάφερε να διαφύγει στηΣοβιετική Ένωση, κατά την εισβολή των Γερμανών στη χώρα (καλοκαίρι 1941). Σχεδόν όλοι οι υπόλοιποι (περίπου 950-1.000 άτομα) είχαν σκοτωθεί μέχρι το τέλος του 1941. Σε αυτούς συμπεριλαμβάνεται ο ραββίνος της Εσθονίας, ο καθηγητής Εβραϊκών Σπουδών στο Πανεπιστήμιο του Τάρτου, άτομα με νοητική υστέρηση καιμια σειρά βετεράνων του Εσθονικού Πολέμου της Ανεξαρτησίας. Ελάχιστοι από αυτούς είναι γνωστό ότι κατάφεραν να επιβιώσουν από τον πόλεμο.[13]