Direktøren, assisterende direktør, instituttets seks divisjonsdirektører, kommunikasjonsdirektøren, kvalitetsdirektøren og internasjonal direktør utgjør FHIs toppledergruppe.
Staben består av assisterende direktør, internasjonal direktør, kommunikasjonsavdelingen, kvalitetsavdelingen samt medarbeidere tilknyttet prosjektet Dagens helsetall og FHIs internasjonale virksomhet.