Die zur Energieoptimierung angewandte Technik entwickelte sich in den letzten Jahren rasant. Das 1998 in Genf eingeweihte Flugsicherungszentrum wurde nach dem damaligen höchsten Kenntnisstand entwickelt und besitzt z.B. Free-Cooling Anlagen. 2011 ersetzte skyguide ihr Heizsystem am Standort Genf und schloss sich ans Fernwärmenetz der Industriellen Werke Genf an. Das Anfang 2009 in Betrieb genommene Zentrum in Dübendorf gehört zur neueren Generation von optimierten Bauten. Neben rein baulichen Isolationsmassnahmen sorgen Bewegungsmelder für die Licht- und Klimasteuerung, effiziente Leuchttypen, ein zentrales intelligentes Gebäudeleitsystem, Wärmerück-gewinnung und Wärmepumpen dafür, dass der Energie-verbrauch in allen Bereichen reduziert wird. Zur Energie-gewinnung ist zusätzlich vorgesehen im Jahr 2013 und 2014, Photovoltaikanlagen an den Standorten Genf und Dübendorf zu errichten.
Der für den Betrieb ihrer Anlagen notwendig elektrische Strom stammt zu 62 Prozent aus Wasserkraftwerken, zu 37 Prozent aus Kernenergie und zu 1 Prozent aus anderen Quellen. Skyguide bevorzugt Strom aus erneuerbaren Energien im Rahmen von langfristigen ausgewogenen Versorgungsverträgen.
Der Verbrauch von fossiler Energie beschränkt sich bei skyguide auf die Gebäudeheizung, den Betrieb der Geschäftsautoflotte sowie auf Dieselaggregate für die Erzeugung von Notstrom. Die strengen Baunormen sowie ein modernes Gebäudemanagement stellen einen sparsamen Gebrauch von Heizöl sicher. Zur Reduktion des Benzin- und Dieselverbrauchs der Autoflotte ist eine Car-Policy in Ausarbeitung.
Die Infrastruktur der skyguide steht teils auf eigenem Grund, teils im Baurecht. Sofern möglich, bemüht sich skyguide um eine gemeinsame Erschliessung zusammen mit Partnern wie Flughäfen, Swisscom, Armasuisse, Luftwaffe und den kantonalen Polizeidiensten, um die Vorteile von einheitlichen Anfahrtswegen und konzentrierten Standorten zu erreichen. Da skyguide den zivilen Baubewilligungsverfahren unterworfen ist, arbeitet sie eng mit den regionalen und kantonalen sachverständigen Umweltexperten und fallweise mit privaten Umweltverbänden zusammen.