Det Danske Filminstituts øverste ledelse er bestyrelsen, der har ansvar for fastsættelse og opfølgning af instituttets overordnede mål. Organisatorisk er instituttet opdelt i to områder, der hver består af et antal afdelinger. Den daglige ledelse varetages af direktionen. 

Filmrådene – Rådet for spillefilm, Rådet for kort- og dokumentarfilm og Museumsrådet –og kontaktudvalget rådgiver instituttet om dets virksomhed.