El edificio que acoge al Ayuntamiento fue construido en el siglo XVII y sustituyó a la vieja casa consistorial situada en la calle Conejera debido a la importancia que la entonces plaza del Mercado (plaza de los Fueros) y plaza de la Verdura (plaza de España) estaban ganando frente a la antigua casa medieval erigida en torno a un castillo hoy día desaparecido.

En el año 1560 se adjudicaron por subasta a Domingo de Peñarreta, quien presupuestó 625 ducados, unas obras que no llegaron a realizarse para derribar la antigua casa consistorial y construir una nueva en el mismo emplazamiento. En 1576 se tasaron unos solares en la actual plaza de los Fueros para construir dicha casa. No obstante, se desconoce si el edificio actual, sito finalmente en la plaza de España, se construyó para dar cabida al Ayuntamiento o fue adquirido, teniendo con anterioridad un uso distinto al gubernamental.

Sea como fuere, el edificio ha asumido distintas remodelaciones a lo largo de su historia. En 1700 el albañil Juan de Argós tuvo que lucir la sala principal, arreglar sus asientos de madera, asegurar el archivo en un aparador de madera y remodelar las cubiertas a causa de los desperfectos ocasionados por un incendio; y en 1738 eliminar el cielo raso de un mirador en mal estado, abrir una puerta y añadir una escalera. Así mismo, a mediados del mismo siglo los albañiles Manuel Gómez y Juan Antonio Garbayo y el carpintero Miguel Ángel de Arrieta hicieron algunos trabajos menores.

Ya en el siglo XX, en el año 1981, el edificio aumentó su estética barroca siguiendo el proyecto de los arquitectos César Sesma Bienzobas y Francisco Bellido Núñez. Se incorporaron enmarques de ladrillo en los vanos; unieron los hasta entonces tres balcones existentes en la primera altura -entre los que se sitúan dos escudos que representan, con águila en actitud de atrapar a un lagomorfo que corre, la heráldica de origen medieval de la ciudad-; se añadieron saledizos a los de la segunda altura y sustituyeron las antiguas ventanas por óculos en la última.