目めを覚さました真ま尋ひろは違和感いわかんを覚おぼえていた。いつも騒さわがしすぎるくらいなニャル子こたちの気配けはいが全まったくしないのだ。それどころか街まちに人ひとの気配けはいすらなくなっていた。困惑こんわくする真ま尋ひろの前まえに怪物かいぶつたちが群むれをなして現あらわれた。八坂やさか真しん尋ひろ、絶体絶命ぜったいぜつめいの大だいピンチ！！

今日きょうも今日きょうとて大騒おおさわぎの邪神じゃしんたちに頭あたまを抱かかえる真ま尋ひろ。そんな八はち坂さか家かに突然とつぜん女おんなの子こがやって来きた。彼女かのじょはなんと迷子まいごの邪神じゃしんだという。頼子よりこの頼たのみで、故郷こきょうから迎むかえが来くるまで彼女かのじょの面倒めんどうを見みることになった真ま尋ひろたちだったが……。

人格じんかくが入いれ替かわったまま過すごすことになってしまった真ま尋ひろとニャル子こ。その日ひの放課後ほうかご、学校がっこうを休やすんでいた余市よいちの見舞みまいに行いくことにした一同いちどう。だが、余市よいちの家いえに着ついたとき、危険きけんを告つげる警報けいほう音おんが突然とつぜん鳴なり響ひびいた。

放課後ほうかごデパートへ買かい物ものに出でかけた真ま尋ひろたち。その帰かえり道みち、暮くれ井い珠緒たまおが4人にんの前まえに現あらわれる。だが、まるでいつもの珠緒たまおとは別人べつじんであるかのようだ。その彼女かのじょによって、真ま尋ひろとニャル子この人格じんかくが入いれ替かわるという厄介やっかいな状況じょうきょうに……。

温泉おんせん旅行りょこうの最終さいしゅう日び、土産物みやげものを物色ぶっしょくする一いち行ぎょう。その途中とちゅうレトロなおもちゃ屋やで、真ま尋ひろはとあるゲーム機きに手てを伸のばし起動きどうさせてみる。すると一いち行ぎょうは突然とつぜんまばゆい光ひかりに包つつまれて……次つぎの瞬間しゅんかん、真ま尋ひろは自分じぶんの部屋へやのベッドで目めを覚さます。違和感いわかんを覚おぼえつつ登校とうこうすると、ツンデレ風ふうなニャル子こや清楚せいそなクー子こ、男おとこらしいスポーツマン風ふうのハス太ふとしに次々つぎつぎ出会であい、頭あたまを抱かかえる真ま尋ひろ。呪のろわれた恋愛れんあいシミュレーションゲームに取とり込こまれてしまったらしい。どうする、八坂やさか真しん尋ひろ？

温泉おんせん旅行りょこうに行いくことになった真ま尋ひろたち。一段いちだんとテンションが上あがるニャル子この猛もうアプローチに辟易へきえきした真ま尋ひろはつい「ニャル子このことがキライ」と告つげてしまう。その言葉ことばにSAN値ちだだ下さがりで真まっ白しろになって落おち込こむニャル子こ。さすがに少すこしい過いすぎたかと感かんじた真ま尋ひろは、ニャル子こを縁日えんにちに誘さそうことにする。

ルーヒー達たちを追おってルルイエランドに向むかうが、行ゆく手てを阻はばむ壁かべとしてクー子こが立たち塞ふさがる。ニャル子この言葉ことばに従したがい、母ははの姿すがたを探さがして先さきを急いそぐ真ま尋ひろとハス太ふとし。そして、ついにルーヒーと対峙たいじする。ルーヒーの狙ねらいとは？

真ま尋ひろたちはハス太ふとこと「風かぜの神かみ性せい」ハスターと出会であう。彼かれは、父ちちからの依頼いらいで真ま尋ひろの母はは・頼子よりこを探さがしているのだという。やたら親愛しんあいの情じょうを示しめすハス太ふとしにイヤな汗あせをかきながら、真ま尋ひろはハス太ふとしを自宅じたくへと案内あんないし母ははと会あわせる。その時とき、謎なぞの女おんな・ルーヒーが現あらわれ頼子よりこを連つれ去さろうとする。しかも、何事なにごとか耳打みみうちされた頼子よりこは自みずから彼女かのじょについていこうとする。頼子よりこを取とり戻もどそうとするニャル子ことクー子こだったが、その戦たたかいの最中さいちゅうなんとクー子こまでもがルーヒー側がわについてしまう。いったい何なにがどうなってる！？

旅行りょこう中ちゅうだった真ま尋ひろの母はは・頼子よりこが突然とつぜん帰国きこくしてきた。謎なぞの居候いそうろうについてのい訳いわけを真ま尋ひろが考かんがえる間あいだもなく、いきなり対面たいめんすることになった頼子よりことニャル子こたち。しかし、2人ふたりの名前なまえを聞きいた途端とたん戦闘せんとう態勢たいせいをとる頼子よりこ。なんと彼女かのじょはアルバイトで邪神じゃしんハンターをやっていたのだ。母親ははおやの知しらなくていい秘密ひみつを知しってしまい動揺どうようする真ま尋ひろだったが、クー子こと趣味しゅみで意気投合いきとうごうしゲーム談義だんぎに花はなを咲さかせる頼子よりこであった。だが、そんな2人ふたりを狙ねらう魔まの手てが静しずかに忍しのび寄よっていた。

幻まぼろし夢ゆめ境さかいの神かみ々が何者なにものかによって殺害さつがいされた。その者ものはどうやらニャル子こを目めの敵かたきにしているようだ。そんな事ことが起おこっているとは知しらぬニャル子こは、真ま尋ひろを襲おそった脅威きょういが去さった後のちなし崩くずし的てきに八坂はっさか家かに居候いそうろうとして住すみ着ついていた。真ま尋ひろとの高校こうこう生活せいかつを謳歌おうかしていたニャル子この前まえに、転校生てんこうせいとしてクー子こが現あらわれる。なんとクー子こはニャル子こと同おなじ組織そしき・惑星わくせい保護ほご機構きこうに就職しゅうしょくし、その上うえ幻まぼろし夢ゆめ境さかいの神かみ々殺害さつがい事件じけんをニャル子ことのコンビで担当たんとうせよとの指令しれいを受うけてやってきたというのだ。

今日きょうも今日きょうとて謎なぞの怪物かいぶつことナイトゴーントに襲おそわれる真ま尋ひろと、それを宇宙うちゅうCQCで片かたっ端ぱしからなぎ倒たおして撃退げきたいするニャル子こ。そんな中なか、後手ごてに回まわっていたニャル子こも攻せめに転てんじると宣言せんげんする。敵てき組織そしきを一網打尽いちもうだじんにするべく、闇やみのオークションが開催かいさいされる会場かいじょうがあるという敵てきの本拠地ほんきょち・ルルイエに乗のり込こむ真ま尋ひろとニャル子こ。しかし、2人ふたりの前まえに刺客しかくが立たち塞ふさがる。それはニャルラトホテプの天敵てんてき、生いける炎ほのお・クトゥグアのクー子こであった。

ある夜よる、八坂やさか真しん尋ひろは謎なぞの怪物かいぶつに襲おそわれる。絶体絶命ぜったいぜつめいのピンチに現あらわれたのは銀髪ぎんぱつ碧眼へきがんの美少女びしょうじょだった。
「いつもニコニコあなたの隣となりに這はいよる混沌こんとん、ニャルラトホテプです♪」
クトゥルー神話しんわの邪神じゃしんを名乗なのる彼女かのじょは、真ま尋ひろを守まもるためにやって来きたという。しかしその仕事しごとっぷりは、真ま尋ひろを騙かたくらかして外がいに連つれ出だし、アニメショップで自分じぶんの趣味しゅみのモノを買かいあさるなど公私こうし混同こんどうはなはだしい。そんな中なか、謎なぞの怪物かいぶつから再ふたたび襲撃しゅうげきを受うける。果はたして、真ま尋ひろが狙ねらわれる目的もくてきとは一体いったい……!？