染色せんしょく质免疫めんえき沉淀-测序

染色せんしょく质免疫めんえき沉淀-测序（英語えいご：ChIP-sequencing，简称为ChIP-seq）被ひ用よう于分析ぶんせき蛋白たんぱく质与あずかDNA的てき交互こうご作用さよう。该技术将染色せんしょく质免疫めんえき沉淀（ChIP）与あずか大だい规模并行DNA测序结合起おこり来らい以鉴定じょう与あずかDNA相しょう关蛋白しろ的てき结合部位ぶい。其可被ひ用よう于精确绘制せい任意にんい目的もくてき蛋白たんぱく在ざい全ぜん基もと因いん组上的てき结合位い点てん。在ざい此之前まえ，ChIP-on-chip是ぜ研究けんきゅう这些蛋白たんぱく-DNA联系的てき最さい常用じょうよう的てき技わざ术。

ChIP-seq的てき应用

ChIP-seq主要しゅよう用よう于确定てい转录因子いんし和わ其他染色せんしょく质相关蛋白しろ质如何なん影かげ响表型がた影かげ响机制せい。确定蛋白たんぱく质如何いか与あずかDNA相互そうご作用さよう来らい调控基もと因いん表ひょう达对于充分ぶん了解りょうかい许多生物せいぶつ过程和わ疾病しっぺい状じょう态至关重要じゅうよう。这种表おもて观遗传信しん息いき与あずか基もと因いん型がた和わ表ひょう达分析ぶんせき是ぜ互补的てき。 ChIP-seq技わざ术目前ぜん主要しゅよう被ひ看み作さく是ぜ需要じゅよう杂交阵列的てきChIP-on-Chip的てき替がえ代品だいひん。这必然ひつぜん会かい引入一いち些偏差さ，因いん为一个阵列仅限于有固定数量的探针。相反あいはん，尽つき管かん不同ふどう测序技わざ术的测序偏差へんさ尚ひさし未み完全かんぜん了解りょうかい，测序被ひ认为偏差へんさ较小。

与あずか转录因子いんし和わ其他蛋白たんぱく质直接ちょくせつ物理ぶつり相互そうご作用さよう的てき特定とくていDNA位い点てん可か通どおり过染色せんしょく质免疫めんえき沉淀被ひ分ぶん离出来でき。 ChIP产生在ざい活かつ体内たいないIn vivo兴趣蛋白たんぱく质结合あい的てき目め标DNA位い点てん文ぶん库。大だい规模平行へいこう序列じょれつ分析ぶんせき与あずか全ぜん基もと因いん组序列じょれつ数すう据すえ库结合あい使用しよう来らい分析ぶんせき任にん何なん蛋白たんぱく质与DNA的てき相互そうご作用さよう模も式しき^[1]或ある任にん何なん表ひょう观遗传染色しょく质修饰的模も式しき。这可以应用よう于一系列けいれつChIP蛋白たんぱく和かず修おさむ饰，如转录因子こ，聚合酶和わ转录机つくえ制せい，结构蛋白たんぱく质，蛋白たんぱく修おさむ饰和かずDNA修おさむ饰^[2]。作さく为对特とく异性抗体こうたい依よ赖性的てき替がえ代だい方法ほうほう，已やめ经开发了不同ふどう的てき方法ほうほう来らい发现基もと因いん组中所有しょゆう核かく小体こてい耗尽的てき(nucleosome-depleted)或ある核かく小体こてい扰动(nucleosome-disrupted)的てき活性かっせい调控区く的てき超ちょう集しゅう，如DNase-Seq和わFAIRE-Seq。

ChIP-seq的てき工作こうさく流りゅう程ほど

外部がいぶ链接

ChIPBase v2.0 （页面存そん档备份，存そん于互联网档案あん馆）: decoding transcriptional regulatory networks of non-coding RNAs and protein-coding genes from ChIP-Seq data. It provides the most comprehensive ChIP-Seq data set for various cell/tissue types.

类似方法ほうほう

Sono-Seq，与あずかChIP-Seq等とう同どう但ただし略ほぼ去さ了りょう免疫めんえき沉淀的てき步ふ骤。
HITS-CLIP^[3]^[4]（亦また被ひ称しょう为CLIP-Seq），用よう于研究けんきゅう蛋白たんぱく质与RNA而非DNA的てき关系。
PAR-CLIP，鉴定RNA结合蛋白たんぱく（RBPs）的てき结合位い点てん另一种方法ほう。
RIP-Chip，same goal and first steps, but does not use cross linking methods and uses microarray instead of sequencing
SELEX, a method for finding a consensus binding sequence
Competition-ChIP, to measure relative replacement dynamics on DNA.
ChiRP-Seq用よう于检测与RNA结合的てきDNA和わ蛋白たんぱく质。
ChIP-exo uses exonuclease treatment to achieve up to single base-pair resolution

参考さんこう文献ぶんけん

^ Johnson, DS; Mortazavi, A; et al. Genome-wide mapping of in vivo protein–DNA interactions. Science. 2007, 316: 1497–1502. PMID 17540862. doi:10.1126/science.1141319.
^ 存そん档副本ふくほん (PDF). [2018-04-06]. （原始げんし内容ないよう存そん档 (PDF)于2020-01-03）.
^ Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB. HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing. Nature. November 2008, 456 (7221): 464–9. PMC 2597294 . PMID 18978773. doi:10.1038/nature07488.
^ Darnell RB (2010) HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. Wiley Interdiscip Rev RNA. 1):266-86. doi: 10.1002/wrna.31

[1] Johnson, DS; Mortazavi, A; et al. Genome-wide mapping of in vivo protein–DNA interactions. Science. 2007, 316: 1497–1502. PMID 17540862. doi:10.1126/science.1141319.

[2] 存そん档副本ふくほん (PDF). [2018-04-06]. （原始げんし内容ないよう存そん档 (PDF)于2020-01-03）.

[Licatalosi_DD,_Mele_A,_Fak_JJ,_et_al._2008_464–9-3] Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB. HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing. Nature. November 2008, 456 (7221): 464–9. PMC 2597294 . PMID 18978773. doi:10.1038/nature07488.

[4] Darnell RB (2010) HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells. Wiley Interdiscip Rev RNA. 1):266-86. doi: 10.1002/wrna.31

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