EcoRV
EcoRV ist ein Restriktionsenzym aus dem Bakterium Escherichia coli.
Endonuklease EcoRV | ||
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nach PDB 1AZ0 | ||
Masse/Länge Primärstruktur | 29.500 Da | |
Sekundär- bis Quartärstruktur | Homodimer | |
Bezeichner | ||
Gen-Name(n) | EcoRV (Rebase) | |
Enzymklassifikation | ||
EC, Kategorie | 3.1.21.4, Restriktionsenzym | |
Reaktionsart | Hydrolyse | |
Substrat | DNA | |
Produkte | Zweisträngige DNA-Fragmente mit terminalen 5'-Phosphatgruppen | |
Vorkommen | ||
Übergeordnetes Taxon | Escherichia coli |
Eigenschaften
BearbeitenEcoRV ist eine Endonuklease (Typ II, Subtyp P), die DNA an einer palindromischen DNA-Erkennungsequenz schneidet. In suboptimalen Pufferbedingungen sinkt die Affinität von EcoRV zu der Erkennungssequenz und die DNA wird unspezifisch geschnitten (Star-Aktivität). Durch den Schnitt der DNA durch EcoRV entsteht ein blunt end (Ende ohne Überhang) und je einer Phosphatgruppe an beiden 5'-Enden der doppelsträngigen DNA-Produkte. EcoRV wird weder durch eine DAM-Methylierung, noch durch eine DCM- oder eine CpG-Methylierung gehemmt. Nach einer Restriktion von DNA in vitro kann EcoRV durch 20-minütiges Erhitzen auf 80 °C denaturiert und somit inaktiviert werden. Eco32I ist ein Isoschizomer von EcoRV und kann alternativ verwendet werden. Meistens wird EcoRV als rekombinantes Protein in E.coli hergestellt.
Erkennungssequenz | Restriktionsschnitt |
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5'-GATATC-3' 3'-CTATAG-5' |
5'-GAT ATC-3' 3'-CTA TAG-5' |
Struktur
BearbeitenEcoRV besitzt am N-Terminus eine Dimerisierungs-Proteindomäne, bestehend aus einer kurzen
Anwendungen
BearbeitenEcoRV wird für Restriktionsverdaue im Rahmen von Klonierungen[4] oder Restriktionsanalysen verwendet.[5]
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b Alfred Pingoud, A. Jeltsch: Structure and function of type II restriction endonucleases. In: Nucleic acids research. Band 29, Nummer 18, September 2001, S. 3705–3727, PMID 11557805, PMC 55916 (freier Volltext).
- ↑ J. Bitinaite, D. A. Wah, A. K. Aggarwal, I. Schildkraut: FokI dimerization is required for DNA cleavage. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 95, Nummer 18, September 1998, S. 10570–10575, PMID 9724744, PMC 27935 (freier Volltext).
- ↑ M. Zahran, I. Daidone, J. C. Smith, P. Imhof: Mechanism of DNA recognition by the restriction enzyme EcoRV. In: Journal of molecular biology. Band 401, Nummer 3, August 2010, S. 415–432, doi:10.1016/j.jmb.2010.06.026, PMID 20600128.
- ↑ Keith Wilson: Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Cambridge University Press, 2010, ISBN 978-0-521-51635-8, S. 218.
- ↑ Henri Grosjean: DNA and RNA Modification Enzymes. Taylor & Francis, 2009, ISBN 978-1-587-06329-9, S. 82–83.