Der Peak Counting Score (Abk. PCS ) ist ein Wert, der die Ähnlichkeit zweier Massenspektren angibt. Der PCS hängt von der Anzahl gemeinsamer und unterschiedlicher Spitzenwerte (Peaks ) in beiden Spektren ab. Der Wert ist eine sehr einfache Möglichkeit, zwei Massenspektren miteinander zu vergleichen.
Gegeben seien:
SA : Das Massenspektrum A als PeaklisteSB : Das Massenspektrum B als Peaklisteδ でるた ε いぷしろん ε いぷしろん
p
c
s
(
S
A
,
S
B
)
=
∑
i
a
¨
h
n
l
i
c
h
j
s
c
o
r
e
(
i
,
j
)
+
∑
i nicht in B
s
c
o
r
e
(
i
,
ε いぷしろん
)
+
∑
j nicht in A
s
c
o
r
e
(
ε いぷしろん
,
j
)
{\displaystyle pcs(S_{A},S_{B})=\sum _{\rm {i\,{\ddot {a}}hnlich\,j}}score(i,j)+\sum _{\text{i nicht in B}}score(i,{\rm {\varepsilon }})+\sum _{\text{j nicht in A}}score({\rm {\varepsilon }},j)}
s
c
o
r
e
(
i
,
j
)
=
{
1
,
wenn
|
m
a
s
s
e
(
i
)
−
m
a
s
s
e
(
j
)
|
≤
δ でるた
0
,
sonst
{\displaystyle score(i,j)={\begin{cases}1,&{\text{wenn }}\left|masse(i)-masse(j)\right|\leq {\rm {\delta }}\\0,&{\text{sonst}}\end{cases}}}
s
c
o
r
e
(
i
,
ε いぷしろん
)
=
s
c
o
r
e
(
ε いぷしろん
,
j
)
=
0
{\displaystyle score(i,{\rm {\varepsilon }})=score({\rm {\varepsilon }},j)=0}
SA = { 10,20,30,50 }
SB = { 22,30,45,53 }
δ でるた Das Alignment wäre in diesem Fall:
Peakliste A
10
20
30
ε いぷしろん 50
Peakliste B
ε いぷしろん 22
30
45
53
Die Wertepaare 20 und 22, 30 und 30 bzw. 50 und 53 werden als Treffer (Match ) eingestuft, da ihre Differenzbeträge kleiner gleich δ でるた
Der PCS wäre demnach hier:
p
c
s
(
S
A
,
S
B
)
=
s
c
o
r
e
(
10
,
ε いぷしろん
)
+
s
c
o
r
e
(
20
,
22
)
+
s
c
o
r
e
(
30
,
30
)
+
s
c
o
r
e
(
ε いぷしろん
,
45
)
+
s
c
o
r
e
(
50
,
53
)
=
0
+
1
+
1
+
0
+
1
=
3
{\displaystyle {\begin{aligned}pcs(S_{A},S_{B})&=score(10,{\rm {\varepsilon }})+score(20,22)+score(30,30)+score({\rm {\varepsilon }},45)+score(50,53)\\&=0+1+1+0+1\\&=3\end{aligned}}}
