Οι θάλασσες που συνορεύουν μετη θάλασσα Φλόρες είναι η θάλασσα του Μπαλί (στα δυτικά), η θάλασσα της Ιάβας (στα βορειοδυτικά) καιη θάλασσα Μπάντα (στα ανατολικά και βορειοανατολικά).
Ο Ινδικός Ωκεανός καιη Θάλασσα Σαβού βρίσκονται στα νότια, αλλά χωρίζονται από τη θάλασσα Φλόρες από διάφορα νησιά.
Τα νησιά που συνορεύουν με αυτή τη θάλασσα είναι οι Υπήνεμες Σούνδες καιτο Σουλαουέζι.
ΟΔιεθνής Υδρογραφικός Οργανισμός ορίζει ότι η θάλασσα Φλόρες ανήκει στα όρια του Ανατολικού Ινδικού Αρχιπελάγος. Επίσης, ο οργανισμός ορίζει τα όριά της, ως εξής:[3]
Στα νότια: Οι βόρειες ακτές του Φλόρες, Κομόντοκαι Μπάντα καιμια γραμμή προς το Ταντζόνγκ Ναρόε, το βορειοανατολικό σημείο της Σουμπάουα, από εκεί κατά μήκος της βόρειας ακτής προς την Ταντζόνγκ Σαροκάγια (8°22′S117°10′E / 8.367°S 117.167°E / -8.367; 117.167).