Αυτοί είχαν επιβάλλει από το καλοκαίρι του67 ένα κλίμα τρομοκρατίας στην πόλη στρεφόμενοι όχι μόνο κατά των μετριοπαθών αλλά και εναντίον των εύπορων πολιτών για ιδιοτελείς λόγους. Οι φυλακές γέμισαν με αθώους, ενώ μέσα στην πόλη οι δολοφονίες έγιναν καθημερινή υπόθεση. Οι Ζηλωτές έφτασαν στο σημείο να εκλέξουν νέο αρχιερέα έναν αγροίκο που ονομάζονταν Φαννίας του Σαμουήλ[2]. Οι μετριοπαθείς υπό τον αρχιερέα Ανανία , τον επιφανή ιερέα Ιησού του Γαμάλα, τον Συμεών του Γαμαλιήλ καιτον Γωρίωνα του Ιώσηπου αντέδρασαν και παρακίνησαν τους πολίτες να επιτεθούν εναντίον των Ζηλωτών[3]. Οι τελευταίοι αντέδρασαν, οι πολίτες όμως ύστερα από αιματηρές συμπλοκές κατάφεραν να τους απωθήσουν από την πόλη[4].
Οι Ζηλωτές κατέφυγαν μαζί μετον αρχηγό τους Ελεάζαρο του Σίμωνα και τους βοηθούς του Ελεάζαρο του Γίωνα και Ζαχαρία του Αμφικάλλη στο εσωτερικό τουΝαού. Ο αρχιερέας Ανανίαςγιαναμην μιανθεί ο χώρος αποφάσισε απλώς να τους κυκλώσει (χειμώνας 67 - άνοιξη 68) [4]. Ο Ιωάννης άρχισε να σκευωρεί εμφανιζόμενος ως φίλος και διαμεσολαβητής μεταξύ τωνδυο παρατάξεων. Υπέβαλε την ιδέα στους Ζηλωτές ότι οι μετριοπαθείς θα παρέδιδαν την πόλη στους Ρωμαίους[5]. Οι τελευταίοι πείστηκαν και αποφάσισαν να ζητήσουν την βοήθεια των Ιδουμαίων[6]. Το εγχείρημα πέτυχε και 20.000 Ιδουμαίοι με επικεφαλής τους Ιωάννη, Ιάκωβο γιοτου Σίμωνα, Σίμωνα γιοτου Θακήα και Φινέα του Κλουσώθ έφτασαν έξω από τα τείχη της πόλης (καλοκαίρι 68)[7]. Ο αρχιερέας Ανανίας πρόλαβε να ασφαλίσει την πόλη καιο Ιησούς του Γαμάλα προσπάθησε αποτυχημένα να τους πείσει να επιτρέψουν στην πατρίδα τους[8].
Τότε οι Ζηλωτές επωφελούμενοι από μια νυκτερινή καταιγίδα αιφνιδίασαν τους φρουρούς τους και κατάφεραν καταλαμβάνοντας μια πύλη του Ναού να έρθουν σε επαφή με τους Ιδουμαίους[9]. Έτσι όλοι μαζί ξεχύθηκαν από τον Ναό στην πόλη. Ακολούθησαν σκληρές συμπλοκές καιοι μετριοπαθείς ηττήθηκαν έχοντας 8.500 νεκρούς.
Αφού κατέλαβαν την πόλη Ζηλωτές και Ιδουμαίοι εξαπέλυσαν ένα κύμα τρομοκρατίας. Σκοτώθηκαν 12.000 πολίτες καιοι ηγέτες των μετριοπαθών Ανανίας και Ιησούς ενώ οι νεκροί έμεναν άταφοι για παραδειγματισμό[10]. Κατόπιν γιανα περιοριστεί το μέγεθος της αυθαιρεσίας επινοήθηκε μια παρωδία δικών[11].
Οι περισσότεροι από τους Ιδουμαίους συνειδητοποιώντας από τηνμια πλευρά την έκταση της σφαγής και από την άλλη ότι οι κατηγορίες για προδοσία δεν ήταν βάσιμες αλλά ένα δόλιο σχέδιο των Ζηλωτών αποφάσισαν να αποχωρήσουν. Αφού απελευθέρωσαν τους αιχμαλώτους οι περισσότεροι από αυτούς εγκατέλειψαν την Ιερουσαλήμ[12].
Οι Ζηλωτές που απέμειναν σχεδόν μόνοι εξαπέλυσαν νέο κύμα τρομοκρατίας εναντίον των μετριοπαθών που αναθάρρησαν. Μεταξύ αυτών που σκοτώθηκαν στις νέες ταραχές ήταν ο Γωρίων του Ιώσηπου καιοΝίγερ ο Περαΐτης[13]. Κύριος υποκινητής και πρωταγωνιστής των ταραχών ήταν ο Ιωάννης[14].