Τη σεζόν 1959-60 καθιερώθηκε η μόνιμη Α΄ Εθνική Κατηγορία, στην οποία μετείχαν ομάδες από όλη την Ελλάδα, χωρίς να μετέχουν παράλληλα στα τοπικά πρωταθλήματα. Παράλληλα αποφασίστηκε η διεξαγωγή ενός πρωταθλήματος Β΄ Εθνικής κατηγορίας, οι νικητές του οποίου θα ανέβαιναν στηνΑ΄ Εθνική της επόμενης σεζόν, αντικαθιστώντας τις ομάδες που υποβιβάζονταν. Το σχέδιο γιατην πρώτη εφαρμογή της Β΄ Εθνικής προέβλεπε συμμετοχή 24 ομάδων. Συμμετείχαν οι δύο πρώτες ομάδες από τις τρεις «ιδρύτριες» Ενώσεις ΕΠΣ Αθηνών, Πειραιώς και Θεσσαλονίκης, καθώς καιοι πρωταθλήτριες ομάδες των 13 -εκείνη την περίοδο- ΕΠΣ «Α΄ κατηγορίας»: Πατρών, Θεσσαλίας, Θράκης, Αν. Μακεδονίας, Σερρών, ΚΔ Μακεδονίας, ΒΔ Μακεδονίας, Φθιωτιδοφωκίδας, Εύβοιας-Βοιωτίας, Αργολιδοκορινθίας, Καλαμάτας-Σπάρτης, Ηρακλείου και Δωδεκανήσου. Συμπεριλήφθηκαν επίσης οι δευτεραθλήτριες τωνΕΠΣ Πατρών και Θεσσαλίας, καθώς καιοι ομάδες που έχασαν στους αγώνες γιατην άνοδο στηνΑ΄ Εθνικήπριντην έναρξη των πρωταθλημάτων, οΟΦΗ, οΟλυμπιακός ΧαλκίδαςκαιηΑσπίδα Ξάνθης. Οι ομάδες που μετείχαν στην πρώτη εφαρμογή της Β΄ Εθνικής, αγωνίστηκαν στην αρχή της σεζόν στα τοπικά πρωταθλήματα καιστη συνέχεια προκρίθηκαν να αγωνιστούν στη Β΄ Εθνική. Δηλαδή δεν συγκροτήθηκε μόνιμη Β΄ Εθνική, αλλά μιαπροσωρινή δεύτερη κατηγορία, στην οποία μετείχαν οι καλύτερες ομάδες των τοπικών ενώσεων (πρωταθλήτριες και δευτεραθλήτριες).[1]Το σύστημα αυτό ίσχυσε για τρεις σεζόν.
Μετείχαν 24 ομάδες χωρισμένες σε τρεις ομίλους των οκτώ. Οι πρωταθλητές των ομίλων ανέβηκαν στην Α΄ Εθνική.
