Φαινότυπος είναι όλα τα μορφολογικά, παραγωγικά, ηθολογικά κ.λ.π. χαρακτηριστικά πουεκδηλώνει ένας οργανισμός σε μία δεδομένη στιγμή, δηλαδή το μέρος τουγονοτύπουτου οργανισμού το οποίο μπορούμε (άμεσα ή έμμεσα) να παρατηρήσουμε.
Είναι κοινώς αποδεκτό ότι ο φαινότυπος ενός ατόμου εξαρτάται:
Από τον γονότυπο πουκληρονόμησε από τους γονείς του
Από μη κληρονομικές περιβαλλοντικές επιδράσεις
Από αλληλεπιδράσεις μεταξύ των δύο προηγούμενων
Την τυχαία διαφοροποίηση
Έτσι, δύο άτομα μετον ίδιο ακριβώς γονότυπο, αλλά μεγαλωμένοι σε διαφορετικά περιβάλλοντα, πιθανότατα θα διαφέρουν στον φαινότυπό τους. Επίσης ρόλο παίζει καιη ακρίβεια-αυστηρότητα των μετρήσεων, ανπ.χ. συγκρίνουμε ομοαμνιακούς κλώνους θηλαστικών πάντα θα διαφέρουν μεταξύ τους σε απόλυτες μετρήσεις οργανιδίων αλλά δύναται να παρουσιάζουν και εμφανείς χρωματικές διαφορές.
Ηφαινοτυπική διακύμανση ( προερχόμενη από την κληρονομούμενη γενετική διακύμανση) είναι θεμελιώδες προαπαιτούμενο γιανα υπάρχει εξέλιξη μέσω της φυσικής επιλογής. Εάν δεν υπήρχαν διαφορές μεταξύ των ατόμων (φαινοτυπική διακύμανση), δενθα υπήρχε κριτήριο γιατη φυσική επιλογή.
Η ποικιλία έκφρασης των γονοτύπων σε διαφορετικό περιβάλλον μπορεί να επηρεάσει σε μεγάλο βαθμό τον φαινότυπο ενός ατόμου: Το φυτό Hieracium umbellatum αναπτύσσεται σεδυο τύπους περιοχών στηΣουηδία. Όταν αναπτύσσεται σε παραθαλάσιες βραχώδεις πλαγιές τα φυτά είναι θαμνώδη με πλατιά φύλλα και εκτεταμένες ταξιανθίες, ενώ όταν βρίσκεται σε αμμολόφους τα φυτά είναι καχεκτικά με στενά φύλλα και συμπαγείς ταξιανθίες. Οι δύο αυτοί τύποι τοπίων εναλλάσσονται συχνά στις ακτές της Σουηδίας, καισε όποιο από τα δύο μέρη πέσει ο σπόρος τουφυτού, θα αναπτύξει αντιστοίχως τονφαινότυπότου.[1]
Ένα παράδειγμα τυχαίας διαφοροποίησης του φαινοτύπου είναι στη μικρή μύγα Drosophila melanogaster, όπου ο αριθμός οφθαλμιδίωνσε κάθε σύνθετο οφθαλμό της διαφέρει μεταξύ τωνδυο οφθαλμών του ίδιου ατόμου, μεταξύ διαφορετικών γονοτύπων, ακόμη και μεταξύ κλώνων μεγαλωμένων σε διαφορετικό περιβάλλον.
Ο διαχωρισμός γονοτύπου - φαινοτύπου προτάθηκε από τον Δανό φυσιολόγο Βίλελμ Γιόχανσεν (Wilhelm Johannsen) το 1911 προκειμένου να διαχωριστεί ηκληρονομικότητα ενός οργανισμού από ό,τι αυτή παράγει ως αποτέλεσμα.[2][3]