Ensimmäisen sortokauden aikaan Bobrikovin hallinto karkotti hänet maasta. Hän oleskeli elokuusta 1903 lähtien Ruotsissa aina syksyyn 1905, jolloin maastakarkotetut saivat tulla takaisin. Ahmavaara oli eduskunnan jäsen useimmilla valtiopäivillä vuoteen 1919.[1] Vuosina 1924–1925 Ahmavaara toimi Oulun kaupunginvaltuuston jäsenenä.[3] Hän oli myös Oulun läänin Talousseuran (Pro Agria Oulun Maaseutukeskus ry:n edeltäjän) puheenjohtaja.[4]
Punaisen Ristin postimerkkisarjassa julkaistiin Pekka Ahmavaarasta postimerkki 26. marraskuuta 1956. Sen arvo oli 5 markkaa, jonka lisäksi siitä maksettiin yksi markka lisää (5 markkaa + 1 markka) [5]