La saison 2001 du Championnat d'Estonie de football était la 11e édition de la première division estonienne à poule unique, la Meistriliiga. Les huit clubs jouent les uns contre les autres au sein d'une poule unique où chaque adversaire rencontre les autres équipes deux fois à domicile et deux fois à l'extérieur.
C'est le FC Flora Tallinn qui termine en tête du championnat. C'est le 5e titre de champion d'Estonie de son histoire.
Afin de déterminer le 8e club participant à la Meistriliiga la saison prochaine, le 7e de D1 affronte le 2e de D2 dans un barrage avec matchs aller et retour.
C'est le FC Lootus Kohtla-Järve qui va jouer sa place parmi l'élite face au FC Valga, pensionnaire de deuxième division.