皇すめらぎ暦れき２０１７年ねん。
王位おうい継承けいしょう権けんを剥奪はくだつされた少年しょうねんルルーシュが、仮面かめんの男おとこ「ゼロ」となり、母国ぼこくでもある超ちょう大国たいこく、神聖しんせいブリタニア帝国ていこくに大だい規模きぼな反抗はんこう活動かつどう「ブラック・リベリオン」を起おこしていた。 反はんブリタニアの気運きうんが高たかまる中なか、ブリタニア帝国ていこくは、圧倒的あっとうてきな戦力せんりょくをもってこれの制圧せいあつを行おこなう。

時じを同おなじくしたヨーロッパ。ここでも圧倒的あっとうてきな武力ぶりょくによって侵攻しんこうを行おこなうブリタニア帝国ていこくに対たいし、ユーロピア共和きょうわ国こく連合れんごう(E.U.)は防衛ぼうえい線せんを徐々じょじょに下さげていた。 敗戦はいせんの色濃いろこいE.U.軍ぐんにて編成へんせいされた特殊とくしゅ部隊ぶたい［wZERO］に所属しょぞくするパイロット、日向ひなたアキト。元もとブリタニア貴族きぞくの少女しょうじょ、レイラ・マルカルを司令しれい官かんに据すえた［wZERO］は、E.U.人ひとのバックアップと日本人にっぽんじんの少年しょうねん少女しょうじょのみで構成こうせいされたナイトメア部隊ぶたいから成なり、生還せいかんの確かく率りつが非常ひじょうに低ひくい無謀むぼうな作戦さくせんに投入とうにゅうされる。

凄惨せいさんな過去かこを持もち、過酷かこくな状況じょうきょうに立たたされた少年しょうねんたちは、自分じぶんたちの帰かえるべき「家いえ」を作つくり、守まもるために、大人おとなたちの社会しゃかいへ戦たたかいを開始かいしする。