CATH
A CATH Protein Structure Classification (Clasificación da Estrutura das Proteínas CATH) é unha clasificación de dominios proteicos xerárquica e semiautomática publicada en 1997 por Christine Orengo, Janet Thornton e os seus colegas.[1] CATH comparte moitas características xerais co seu principal rival na clasificación de proteínas, que é SCOP, porén ten tamén áreas nas cales os detalles da clasificación difiren bastante.
Xerarquía
editarO nome CATH é un acrónimo dos catro principais niveis na clasificación: Clase, Arquitectura, Topoloxía, Homoloxía (das superfamilias).
| # | Nivel | Descrición |
|---|---|---|
| 1 | Clase | o contido de estrutura secundaria global do dominio. (Equivalente á clase da clasificación SCOP) |
| 2 | Arquitectura | alta semellanza estrutural pero sen evidencias de homoloxía. (Equivalente ao pregamento de SCOP) |
| 3 | Topoloxía | agrupación a grande escala de topoloxías que comparten características estruturais particulares |
| 4 | Superfamilia Homóloga | indica unha relación evolutiva demostrable. (Equivalente ás superfamilias de SCOP) |
CATH define catro clases: principalmente alfa, principalmengte beta, alfa e beta, poucas estruturas secundarias.
Para comprender mellor o sistema de clasificación CATH é útil coñecer como se constrúen: gran parte deste traballo faise por métodos automáticos, pero tamén hai importantes elementos manuais que se aplican na clasificación.
O primeiro paso é separar as proteínas en dominios. É difícil facer unha definición inequívoca de dominio e esta é unha área na que CATH e SCOP se diferencian.
Os dominios son distribuídos automaticamente en clases e agrupados baseándose na semellanza das secuencias. Estes grupos forman o nivel H da clasificación. O nivel de topoloxía está formado por comparacións estruturais de grupos homólogos. Finalmente, o nivel de Arquitectura asígnase manualmente.
A clasificación do nivel Clase faise baseándose neses 4 criterios:
- contido de estrutura secundaria;
- contactos de estrutura secundaria;
- puntuación (score) de alternancia de estrutura secundaria; e
- porcentaxe de febras paralelas.
Poden atoparse máis detalles deste proceso e da comparación entre SCOP, CATH e FSSP en: Hadley & Jones, 1999[2] e en Day et al., 2003.[3]
Exemplo
editar- só dominios alfa
- só dominios beta
- alfa e beta
- rolo
- barril TIM
- sandwich
Notas
editar- ↑ Orengo CA, Michie AD, Jones S, Jones DT, Swindells MB, Thornton JM (1997). "CATH--a hierarchic classification of protein domain structures". Structure 5 (8): 1093–1108. PMID 9309224. doi:10.1016/S0969-2126(97)00260-8.
- ↑ Hadley C, Jones DT (1999). "A systematic comparison of protein structure classifications: SCOP, CATH and FSSP". Structure 7 (9): 1099–1112. PMID 10508779. doi:10.1016/S0969-2126(99)80177-4.
- ↑ Day R, Beck DA, Armen RS, Daggett V (2003). "A consensus view of fold space: Combining SCOP, CATH, and the Dali Domain Dictionary". Protein Sci. 12 (10): 2150–2160. PMC 2366924. PMID 14500873. doi:10.1110/ps.0306803.
Véxase tamén
editarOutros artigos
editar- SCOP (outro sistema de clasificación de proteinas)
- FSSP (outro sistema de clasificación de proteinas)