בניין הישיבה תוכנן בסגנון אקלקטי הכולל מאפיינים מזרחיים על ידי האדריכל אגנור שמולקובסקי. בעת הקמתה הייתה הישיבה מן המפוארות שבפולין. ייחודה היה בכך שהיא סיפקה את כל צורכי התלמידים, לרבות אוכל ולינה, והם לא היו צריכים להיסמך על בעלי בתים בסביבה כפי שהיה נהוג עד אז. בישיבה למדו כ-400 תלמידים והיא שכנה בבניין מפואר בן שש קומות. עיקר לימוד הישיבה היה בסדר קודשים ואף היה בישיבה דגם של בית המקדש לצורכי לימוד.
בשנת 1934 סיים את הישיבה המחזור הראשון של תלמידים.
בשנת 1940 השמידו הנאצים את צהספרייה, אותם שרפו בטקס פומבי בכיכר השוק בפני יהודי לובלין. הבעירה ארכה 20 שעות[2]. ”הייתה זו גאווה לנו להחריב את האקדמיה התלמודית הזאת, שהייתה נודעת כגדולה ביותר בפולין. השלכנו החוצה את כל הספרים הקדושים של היהודים והצתנו אותם. עשרים שעות שלמות השתוללו הלהבות. יהודי לובלין עמדו מסביב ובכו, אולם הוזמנה תזמורת צבאית והצלילים העליזים של המוזיקה החיילית החרישו את יללת היהודים.”[3]
החוקר פיוטר נזארוק ניסה למצוא את "ביטאון הנוער הגרמני" המדובר אך לא מצא ביטאון בשם זה, במחקר מעמיק גילה שהספרייה נבזזה על ידי הנאצים אך לא נשרפה, חלקים ממנה נמצאים אצל אספנים וחלקים אחרים נעלמו.[4]
הישיבה קיבלה לשורותיה בחורים מצטיינים, בעלי פוטנציאל להיות רבנים וגדולים בתורה. מבחני הקבלה דרשו שליטה במסכתות יומא, פסחים, ביצה, ברכות ושבת בגמרא, עם מפרשים - בסך הכל מעל ל-400 דפי גמרא. בנוסף נדרשו התלמידים לשלוט במשניות מסכת תמיד ומידות, הלכות בית הבחירה בספר יד החזקה להרמב"ם ובהלכות הספר אורח חיים מהשולחן ערוך.
שער ישיבת חכמי לובלין 2010רבי מאיר שפירא
תלמיד שהתקבל לישיבה יכול היה לקבל סמיכה לרבנות בתוך ארבע שנים והיה מוכר כרב אחרי שנתיים נוספות.[דרושה הבהרה] את הבחינה לסמיכה נהגו לעשות בז באדר בטקס מיוחד כאשר מי שהצליח במבחן קיבל סמיכה[1].
לאחר המלחמה שימש הבניין בלובלין מוסדות אקדמיים פולניים[6]. בשנת 1952 פעלה בו אוניברסיטה קתולית[7]. בשנת 2004 הוחזר לידי הקהילה היהודית וכיום הוא שייך לקהילה היהודית בוורשה ומשמש כסניפה בלובלין. החל משנת 2007 הוחל בשיפוץ רחב היקף של הבניין, שבמסגרתו שוחזר בית המדרש, ובניין הישיבה הפך למרכז הארחה ליהודים המבקרים במקום. בשנת 2005 התקיים בו טקס חגיגי של סיום לימוד הדף היומי באירופה על ידי ארגון מרכז רבני אירופה, בהשתתפות אדמו"רים ורבנים ידועים.
בעקבות הפלישה הרוסית לאוקראינה בשנת 2022, המלון הצמוד לישיבה החל לקלוט פליטים מאוקראינה במימון הג'וינט ובמבנה הישיבה החל לפעול מרכז חלוקת מוצרי בסיס וביגוד בהפעלת הקהילה היהודית המקומית ובסיוע של פליטים אוקראינים. בישיבה עצמה החל לפעול מרכז חינוכי לילדי הפליטים בהפעלת תנועת קבוצות הבחירה של המחנות העולים.