Դոքինզը ծնվել է 1941 թվականի մարտի 26-ին Բրիտանական Քենյայի Նայրոբի քաղաքում։ Նա Ժան Մերի Վիվիանի և Քլինթոն Ջոն Դոքինզի որդին է, որը Նյուասալանդի (ներկայումս Մալավի) բրիտանական գաղութային ծառայությունում գյուղատնտեսական ծառայող էր։ Հայրը Երկրորդ համաշխարհային պատերազմի ընթացքում ծառայել է King's African Rifles-ի բանակում և 1949 թվականին վերադարձել է Անգլիա, երբ Դոքինզը ութ տարեկան էր։ Նրա հայրը ժառանգել է գյուղական տարածք, Norton Park-ում որը գտնվում է Օքսվորդշիր-ում, որը օգտագործում էր առևտրային նպատակներով։ Դոքինզը իրեն համարում է անգլիացի և ապրում է Անգլիայի Օքսֆորդ քաղաքում։ Դոքինզը կրտսեր քույր ունի։ Նրա ծնողները հետաքրքրված էին բնական գիտություններով, և Դոքինզի հարցերին պատասխանում էին գիտականորեն։ Դոքինզը նկարագրում է իր մանկությունը որպես «սովորական անգլիական դաստիարակություն»։ Նա ընդունեեց քրիստոնեությունը մինչև պատանեկան տարիների կեսը, որի ժամանակ նա եկավ այն եզրահանգման, որ էվոլյուցիոն տեսությունը ավելի լավ բացատրություն է կյանքի բարդության մասին և դադարեցրեց հավատալ Աստծուն։ Դոքինզը նշում է. «Հիմնական պատճառը, որ ես հավատացյալ էի այն էր, որ ես տպավորված էի կյանքի բարդությունով և կարծում էի, որ կյանքը պետք է արարիչ ունենա։ Ես կարծում եմ, որ այն ժամանակ երբ ես հասկացա, որ դարվինիզմն հոյակապ բացատրություն է, այդ փաստը ավարտեց քննարկումը»։
1954 թվականից մինչև 1959 թվականը Դոքինզը հաճախել է Northamptonshire-ի Անդլ դպրոցը, որը եկեղեցու ազդեցության տակ գտնվող հանրային դպրոց է, որտեղ նա գտնվում էր Լոնդիմերի տանը։ Երբ որ սովորում էր Անդլ-ում առաջին անգամ կարդաց Բերտրան Ռասել-ի «Ինչու ես քրիստոնյա չեմ» գիրքը։ 1962-ին ավարտել է Օքսֆորդի Բալլիոլի քոլեջի կենդանաբանության ֆակուլտետը։ Իսկ այնտեղ, նա սովորել է Նոբելյան մրցանակակիր էթոլոգ Նիկոլաե Թինբերգենի մոտ։ Նա շարունակել է որպես Թիրենբերգ-ի հսկողության տակ գտնվող հետազոտական աշակերտ, ստանալով իր մագիստրոսական և դոկտորական աստիճանները 1966 թվականինին և մեկ տարի մնացել է, որպես հետազոտող օգնական։ Թինբերգենը պիոներ էր կենդանիների վարքագծի ուսումնասիրության մեջ, հատկապես բնազդի, սովորելու և ընտրելու հարցերի բնագավառում։ Դոքինզի հետազոտությունը այս ժամանակահատվածում վերաբերում էր կենդանական որոշումների կայացման մոդելներին։