Nel 1897 fu ottenuta la concessione per una ferrovia su strada tra Nyon e Saint-Cergue, transitante per Trélex e Gingins; una nuova concessione per una linea tra Nyon e Arzier, con diramazioni per Gimel e Saint-Cergue, fu ottenuta da Adrien Palaz (che aveva realizzato le tranvie urbane di Losanna) e Paul Etier (deputato di Nyon) nel 1899, ma come la precedente finì in un nulla di fatto[2].
Il 1º luglio 1912 si costituì la Compagnie du chemin de fer Nyon–Saint-Cergue–Morez (NStCM), per la realizzazione di una linea ferroviaria internazionale da Nyon verso il confine con la Francia e Morez: i lavori per la costruzione, il cui termine era previsto per la fine del 1914, furono interrotti a causa dello scoppio della prima guerra mondiale, per riprendere sul lato svizzero nel 1915. La tratta tra Nyon e Saint-Cergue fu aperta all'esercizio il 12 luglio 1916 e inaugurata ufficialmente dieci giorni dopo[2]; il secondo tronco della linea, tra Saint-Cergue e La Cure, aprì il 16 agosto 1917[3].
Durante la seconda guerra mondiale il traffico internazionale fu interrotto, per riprendere nel 1948[6]; la tratta internazionale tra Le Cure e Morez fu soppressa il 27 settembre 1958, sostituita da autobus[7], in quanto il dipartimento del Giura non aveva più intenzione di coprire il deficit della tratta, pari a 4 milioni di franchi annui[8].
Nel 1963 la NStCM presentò all'Ufficio Federale dei Trasporti un piano di ammodernamento; tra rischi di soppressione (1969)[6] e pareri favorevoli al mantenimento si arrivò al 7 luglio 1982, data nella quale il Consiglio Federale sbloccò un finanziamento di 10,5 milioni di franchi per l'ammodernamento; a partire dal 1984 la linea fu completamente rinnovata, con il rifacimento della linea aerea e l'acquisto di nuovi rotabili (cinque elettromotrici, altrettante rimorchiate pilota e un mezzo di servizio)[9].
La linea, a scartamento metrico, è lunga 26,970 km. La linea è elettrificata in corrente continua 1.500 V, tensione utilizzata da diverse linee secondarie elvetiche (2.200 V fino agli anni Ottanta[9]); il raggio minimo di curva è 80 metri, la pendenza massima (raggiunta nel tratto tra Saint-Cergue e La Cure) è del 60 per mille. La velocità massima ammessa è 70 km/h[10]. La tratta tra La Cure e Morez era lunga circa 12 km[11].
Fino al 2004 la ferrovia partiva dal piazzale antistante la stazione di Nyon e sottopassava la ferrovia Losanna-Ginevra per dirigersi verso nord[12]; dal 4 luglio 2004 è entrata in servizio una nuova stazione sotterranea[5].
Il materiale rotabile originario era costituito da tre elettromotrici a carrelli fornite nel 1916 (serie ABe 4/4 1, 5 e 6), cui si aggiunsero nel 1918 due elettromotrici con vano bagagliaio-postale (serie ABFZe 4/4 10÷11), tutte costruite dalla Schlieren con parte elettrica Brown Boveri[14]. Quattro di esse furono vendute tra il 1985 e il 1993 alla Chemin de fer de la Mure, in Francia[15]; nell'aprile 2010 una delle motrici è ritornata in Svizzera, acquistata da un'associazione di appassionati che la sta restaurando[16].
Altre due motrici furono acquisite dalla CFEJ; la NStCM le rilevò successivamente[17].
Nuovi rotabili (cinque elettromotrici a carrelli serie Be 4/4 201÷205[9]) entrarono in servizio a partire dal 21 dicembre 1985, costruiti dall'ACMV con parte elettrica Brown Boveri[18]; una nuova elettromotrice, sempre costruita dall'ACMV, entrò in servizio nel 1991, frutto di un ordine in comune con altre ferrovie romande (LEB, GFM e CMN)[19].
Nel 2015 la Stadler ha consegnato quattro nuovi elettrotreni a due casse (serie ABe 4/8 401÷408), in servizio a partire dal 23 novembre[20]. Due anni dopo la Stadler ha fornito anche un locomotore bimodale (Gem 2/2 451), frutto di un'ordinazione congiunta con altre linee a scartamento ridotto elvetiche (MOB, TPC, TPF, MVR)[21].
^(FR) Le Nyon-St-Cergue-La Cure, in Feuille d'avis de Lausanne, Losanna, 16 agosto 1917, p. 2. URL consultato il 4 dicembre 2018.
^(FR) De Nyon à Morez, in Feuille d'avis de Lausanne, Losanna, 9 marzo 1921, p. 8. URL consultato il 4 dicembre 2018.
^abHistorique, su nstcm.ch. URL consultato il 12 febbraio 2020.
^ab(FR) Gilles Biéler, Nyon revient sur un siècle de petit train rouge, in 24 Heures, Losanna, 6 gennaio 2016. URL consultato il 6 dicembre 2018 (archiviato dall'url originale l'11 dicembre 2018).
^(FR) Saint-Cergue, in Feuille d'avis de Lausanne, Losanna, 29 settembre 1958, p. 7. URL consultato il 5 dicembre 2018.
^abc(FR) Roland Kallmann, Modernisation du chemin de fer Nyon-Saint-Cergue-Morez, in Ingénieurs et architectes suisses, vol. 110, n. 10, Zurigo, SA des éditions des associations techniques universitaires, 1984, pp. 143-146. URL consultato il 7 dicembre 2018.