하천의 상당수가 북쪽이나 서쪽의 산지에서 발원해 동쪽이나 남쪽을 향해 흐른다. 주요 하천으로는 도네강・와타라세강・기누강 등이 있다. 도네강의 유역 면적이 간토평야의 절반을 차지한다.
간토평야는 신 제3기 이후에 계속된 간토 조분지(造盆地) 운동에 의한 변화로 형성되었다. 이는 현재의 간토평야의 중앙을 중심으로 침강이 일어나고, 주의의 산지가 융기하는 운동이다. 이로 인하여 주위의 산지에서 흐른 토사가 두껍게 퇴적되어, 그 퇴적층이 융기해 생긴 구릉이나 대지가 많이 형성되었다. 이처럼 부드러운 퇴적층이 두껍게 형성되어 있기 때문에, 지진의 발생원인인 활성단층을 발견하는 데 곤란하기도 하다. 1923년 간토 대지진이 남부 직하 부근에서 발생하여 큰 피해를 일으켰다.