세균 문(細菌門, 영어: bacterial phyla)은 세균역의 주요 계보를 형성한다. 세균의 문에 대한 정확한 정의가 논의되는 동안, 인기있는 정의는 세균의 문이 단계통군이며 16S rRNA 유전자는 다른 세균 문의 구성원과 약 75% 이하의 서열 동일성을 공유한다는 것이었다.[2]
↑Hug, Laura A.; Baker, Brett J.; Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T.; Probst, Alexander J.; Castelle, Cindy J.; Butterfield, Cristina N.; Hernsdorf, Alex W.; Amano, Yuki; Ise, Kotaro; Suzuki, Yohey (2016년 4월 11일). “A new view of the tree of life”. 《Nature Microbiology》 (영어) 1 (5): 16048. doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48. ISSN2058-5276. PMID27572647.