XIII–XV a. teritorija priklausė Čagatajaus chanatui. Valdant Džungarų chanatui netoliese buvęs Almalyko miestas tapo jo sostine. XVIII a. kinai įkūrė netoli Šuidungo tvirtovę. XIX a. Kuldža vadintas visas kraštas prie Ilio upės, čia vykdavo susirėmimai tarp rusų ir jų remiamų uigūrų sukilėlių bei kinų. 1864–1881 metais gyvavo Ilio sultonatas dar vadintas Kuldžos sultonatu, kurio sostine buvo Kuldža. Tai buvo Rusijos protektoratas. Vėliau rusai ir kinai pasidalino sultonato teritoriją tarpusavyje. Kuldža atiteko Kinijai. Rusijai atiteko labiau į vakarus buvusios teritorijos.