IKK2 aktywuje czynnik transkrypcyjnyNF-κB, poprzez fosforylację inhibitora NF-κB, IκB. Fosforylowany IκB ulega degradacji poprzez ubikwitynację, uwalniając NF-κB, który następnie aktywuje wiele genów odpowiedzialnych za stan zapalny oraz inne aspekty odpowiedzi immunologicznej.