William Nilssons moderklubb är Älvsborg FF[1], vilka han som 14-åring lämnade för spel med BK Häcken.[2]
Den 27 januari 2022 debuterade en 17-åring Nilsson för BK Häcken i träningsmatchen mot Fredrikstad.[3] Det följdes den 2 oktober 2022 av den allsvenska debuten, då Nilsson stod för ett kort inhopp i 1-1-matchen mot Varbergs BoIS.[2]
William Nilsson är son till Mikael Nilsson och Louise Karlsson. Hans pappa Mikael är en tidigare fotbollsspelare som var en del av den svenska EM-truppen 1992 och VM-truppen 1994. Han innehar även rekordet för flest A-lagsmatcher i IFK Göteborg. Hans mamma Louise är en tidigare elitsimmerska som vann 20 EM- och VM-medaljer och slog flera världsrekord.[2]