У дорослому футболі дебютував 2009 року виступами за команду «Барселона Б», водночас інколи став залучатись до матчів основної команди «Барселони». Відіграв за каталонський клуб наступні п'ять сезонів своєї ігрової кар'єри, вигравши з командою низку національних та міжнародних трофеїв, проте основним гравцем так і не став.
9 липня2014 року підписав чотирирічний контракт з «Вільярреалом»[1], де став виступати разом з братом. Відіграв за вільярреальський клуб три сезони, взявши участь у 88 матчах в національному чемпіонаті.
В кінці липня 2017 року Джонатан перейшов в клуб з MLS«Лос-Анджелес Гелаксі», де знову возз'єднався з Джовані. Як і брат він отримав контракт за правилом Бекхема поза стелі зарплат[2][3]. Сума трансферу за відомостями сайту Goal.com склала $5 млн[4]. Станом на 10 червня 2018 року відіграв за команду з Лос-Анджелеса 20 матчів в національному чемпіонаті.