Розпочав тренерську кар'єру, повернувшись до футболу після невеликої перерви, 1971 року, очоливши тренерський штаб збірної Ірану U-23. З 1972 року паралельно тренував іранську збірну U-20.
1974 року увійшов до тренерського штабу національної збірної Ірану, а протягом 1975–1978 років був її головним тренером. Залишив команду після фінальної частини чемпіонату світу 1978, де його команда завершили виступи на груповій стадії, на якій занесла до сого активу лише нічию у грі проти шотландців.
По тому працював з еміратським «Аль-Шаабом», після чого був призначений головним тренером олімпійської і національної збірних ОАЕ, з якими працював п'ять років. 1984 року залишив роботу у цих збірних, проте залишився в Еміратах, де до 1986 року працював з командою «Аль-Вахда» (Абу-Дабі).
Протягом 1998-1999 років був головним тренером катарського «Аль-Аглі».
Останнім місцем тренерської роботи були все ті ж Об'єднані Арабські Емірати, де Хешмат Мохаджерані протягом 2003–2005 років працював одночасно з юнацькою (U-19) та молодіжною (U-23)збірними цієї країни.