El territorio de El Salvador conoce en la época precolombiana la influencia de la civilización de los mayas, y luego la de los pipiles que viven en la parte occidental y central, y fundan Cuscatlán (siglo X). Los lencas ocupan la parte oriental del territorio (señorío de Chaparrastique). Esos naturales del país se dedican a la agricultura y poseen su nivel cultural. El descubrimiento de El Salvador se debe al piloto de la expedición de Gil González Dávila a Nicaragua, Andrés Niño. Al recorrer la costa del territorio dio nombre al golfo de Fonseca en 1522.

La conquista de El Salvador constituye en su inicio una fase de la conquista de Guatemala. Al salir de Izquintepec, Pedro de Alvarado, enviado de México por Cortés en 1523, emprende la conquista del territorio. Alvarado lleva a cabo una campaña de tierra arrasada, quemando pueblos y esclavizando a la población. El ejército de Alvarado se forma de 6.000 hombres con españoles y aliados indios ya conquistados. Cerca de Acajutla, el jefe y su fuerza armada se enfrentan con guerreros. Fingiendo una retirada para que los guerreros pipiles lo persiguieran, se selló una primera derrota para los nativos. Herido Alvarado en la batalla, sus hermanos vencieron a los del pueblo de Tacuzcalco en el noreste. La etapa siguiente fue el pueblo de Miaguaclam (Azacualpa), abandonado por los indios.

De allí marcharon a Atehuan (Ateos), lugar a donde llegaron mensajeros de los señores de Cuscatlán, la capital pipil, ofreciéndose como vasallos del rey español. Pero al llegar, la mayor parte de los habitantes habían abandonado la ciudad. La frustración y la feroz resistencia indígena sustentan el comportamiento crual de Alvarado cuando no encontró nada que se aproximara a las grandes cantidades de oro robadas a los aztecas. En la conquista del territorio se encontró la rebelión de los cakchiqueles en 1524. Penetró a sangre y fuego en el señorío hasta el río Paz. Al regresar Alvarado en 1525 con otro ejército, fundó el primer asentamiento permanente español, la cuidad de San Salvador, en el valle de La Bermuda, de donde fue traslada después al valle de Las Hamacas. Demás fundaciones sucedieron a la de San Salvador, como las de San Miguel (1530), efectuada por fuerzas procedentes de Guatemala, y Chalatenango (1536).

Después de una incursión de soldados españoles desde Honduras, en 1529, un ejército español mandado por el capitán Diego de Rojas penetró en el oriente del río Lempa, región fronteriza e inestable, tras una rebelión de los indígenas del lugar. La resistencia cakchiquel entre 1527 y 1529 no impidio que, el 25 de julio de 1530, Jorge Alvarado fundara la ciudad de Santiago, como campamento militar. El mismo extendió el control español en el territorio guatemalteco, mediante la conquista del régimen colonial y el repartimiento de pueblos de indios en encomienda. Pese a las rebeliones de los cakchiqueles casi no existe evidencia de rebeliones indígenas en el mismo período. Desde 1530 hasta 1547 hubo rebelión continua, los indios de la región oriental no fueron vencidos por los conquistadores españoles sino hasta que fueron expulsados de sus refugios montañosos.

Mientras existe cierto traslape entre el repartimiento de encomienda en Guatemala y la provinvia vecina de El Salvador, en el territorio salvadoreño se estima en 1527 a 90 el número de pueblos indios de la parte occidental, repartidos a los vecinos españoles de la Villa de San Salvador. Las tasaciones representan una continuación de los mismos tributos pagados a los señores naturales antes de la aparición de los españoles. Son específicamente cantidades de productos agrícolas y artesanales, pagados con servicios diversos y laborales a los encomenderos, obligaciones extensas, complicadas y casi ilimitadas en lugares donde se extendió el interés del encomendero como príncipe de su conquista. Hacia 1550 son 168 pueblos con una población de 17.500 personas repartidas en tres grandes concentraciones : Sonsonate en la región suroccidental cacaotera, la comarca de la Villa de San Salvador en el centro-sur y al norte de la Villa de San Miguel, y en la región nororiental.

Durante el período colonial El Salvador formó parte de la Capitanía General de Guatemala, con el nombre de Provincia o Alcaldía de San Salvador. Esa Capitanía (1544) se extendía desde el sur de México hasta Costa Rica. Durante el período colonial, los españoles en Mesoamérica desarrollaron un sistema de trabajo forzado que les permitía un nivel de vida más alto y confortable. Las comunidades indígenas se ubicaron en el espectro de los intereses españoles y El Salvador fue una continuación de este temprano interés. La caída poblacional de la posconquista llevó a la importación de algunos africanos para llenar las necesidades laborales, lo que es una constante en la historia de los pueblos americanos.

Si por falta de costas en el Caribe el Salvador poco sufrió de los ataques de piratas, la zona se caracteriza por un jalonamiento de terremotos, erupciones volcánicas. En el siglo XVI la ciudad de San Salvador fue destruida por dos sacudidas y en 1648 el Playón hizo erupción. La usurpación de tierras de los pueblos de indios se dedicaba a actividades agrícolas y ganaderas privadas. El desarrollo original del añil en El Salvador favoreció este proceso como producto agrícola comercializable. En 1770 517 haciendas cultivaban este producto. La producción de tinte se encontraba bajo el control de una pequeña elite que era propietaria de extensiones de tierra. Algunos pueblos de indios en Sonsonate y San Salvador tributaban también telas de algodón. Su economía se basó entonces en el cultivo del cacao y del añil. Se importaba de Nicaragua ganado, de las provincias vecinas alimentos. Los comerciantes de Guatemala enviaban textiles hacia el Salvador a cambio de añil.

El primer movimiento de independencia digno del espíritu revolucionario y del liberalismo en el Salvador se manifiestó en la fecha del 5 de noviembre de 1811, capitaneado por José Matías Delgado. A partir de ese momento la intendencia de San Salvador conoció soblevaciones esporádicas. La independencia se proclamó el 15 de septiembre de 1821 en Guatemala. El país la ratificó el 22 de septiembre. La junta consultativa, compuesta por criollos deseosos de guardar sus privilegios, decidió la incorporación de las cincos provincias que formaban la Capitanía General de Guatemala al imperio mexicano. Frente al desacuerdo de El Salvador a la anexión, el ejército mexicano de Iturbide invadió el territorio, cuestión acabada con el derrocamiento de Iturbide.

En 1824 se creó la República federal de Centroamérica, por la constitución del 22 de noviembre y bajo un presidente común a toda la Federación ; cada uno de los Estados componentes conservaba el derecho de tener su propia constitución y su propio jefe. El primer presidente fue precisamente el salvadoreño Manuel José Arce que permitió un caso único en Centroamérica, la fusión entre el elemento español conquistador y las poblaciones conquistadas (elemento mestizo : 50 % de la población). El Salvador promulgó su Constitución el 12 de junio de 1824 y nombró a su primer jefe Juan Vicente Villacorta. Sin embargo frente a la política centralista de Manuel José Arce, reaccionó violentamente la población y Francisco Morazán logró hacer compartir el deseo de independencia de los Estados. La federación se disolvió en mayo de 1838. El Salvador promulgó realmente su Constitución como Estado soberano en 1841.

El siglo XIX se caracteriza por una serie de confusiones y de violencias, de rivalidades internas entre conservadores y liberales, entre separatistas y unionistas, multiplicando las combinaciones de alianzas y guerras cuando El Salvador busca una defensa de su personalidad frente a Guatemala. Son sucesos capaces de impedir el desarrollo normal del territorio por culpa de la agitación. La larga lista de los gobernantes del país atiesta la inestabilidad política. Las uniones con otros países centramericanos son una voluntad propia : en 1842 junto a Nicaragua y Honduras, El Salvador intenta acordar un intento de unión Tripartita, de nuevo fracasada en 1847. Conflictos contra Honduras y Nicaragua en 1845, alianza salvadoreña y hondurense en guerra contra Guatemala en 1850 marcan la historia. De nuevo, en 1863, Guatemala y El Salvador entran en guerra y se asedia a San Salvador. Nuevas hostilidades entre los dos países estallan en 1876 y 1906 y contra Nicaragua en 1907.

1870 marca las dificultades que debilitan al gobierno conservador de Francisco Dueñas : dificultades con Honduras y corrupción interna de la administración pública. La declaración de guerra de Honduras a El Salvador precipita la derrota militar gobierno. El general Santiago González se proclama presidente provisorio en su calidad de más alto graduado (1871). El año 1871 se anuncia como un año de cambios políticos y el reinicio de un proceso transformador. La Constitución de 1872 debe afirmar un cambio en las relaciones Estado-Iglesia. Contrariamente a Guatemala, la Iglesia salvadoreña tiene pocos recursos pero está estrechamente vinculada con la población de tal forma que debe seguir siendo la secularización oficial y goza del apoyo estatal. Mediante violencia y fraude el general hace ganar la primera magistratura a Andrés Valle (1976) y manda elegirse vicepresidente, conservando el cargo de jefe de las fuerzas armadas al acabar su mandato. La presidencia provisional del doctor Rafael Zaldívar en 1876, mientras han invadido el territorio las tropas guatemaltecas, marca el inicio del tratamiento priviligiado para con el sector cafetalero, que se convierte en una política central del gobierno. Se cambia el régimen de la propiedad de la tierra a expensas de las comunidades indígenas. El dominio de los cafeteros en el poder es obvio. En 1883 se da el inicio a la era del ferrocarril con la apertura de la línea Acajutla-Sonsonate y fracasa un primer intento para impedir una perpetuación de la presidencia de Zaldívar.
En 1885 la hegemonía de Guatemala corta la prolongación del poder de Zaldívar y el general Francisco Menéndez (1885-1890) se designa presidente provisional por ser un apoyo de los guatemaltecos. Suprime la alternabilidad en el poder (incluida en la Constitución de 1883 del antecesor) y el impuesto de exportación al café establecido durante la administración precedente. Con su proyecto de texto constitucional (abrogado en 1939) Menéndez posibilita la autolegitimación de los sucesivos gobiernos oligárquicos cafetaleros como en Guatemala o Costa Rica. Se da inicio en El Salvador a una modalidad de golpes de Estado como mecanismo de ajustes institucionales. Menéndez es derrocado por el general Carlos Ezeta (1890-1894) en un momento de efervencia política interna mientras que Menéndez había representado un esfuerzo político por consolidar al grupo de cafetaleros. Ezeta afirma militarmente la soberanía salvadoreña y fomenta el profesionalismo del ejército. El nuevo golpe militar del general Rafael A. Gutiérrez lo derroca. A finales del siglo XX, la elite trata de hacer funcionar el tipo de democracia con cierta estabilidad política.

La transición, respecto a la inestabilidad política del país, aparece con la administración del general Tomás Regalado (1898-1903) que, a pesar de su llegada al poder con el uso de la fuerza, formaliza el régimen por medio de elecciones. Consolida el poder centralizado. En 1903 traspasa el poder al finquero Pedro Jesús Escalón (1903-1907) y a partir de ese momento cada presidente es elegido para servir un período de 4 años luego de ser escogido por su predecesor. De los 8 presidentes electos entre 1903 y 1931 sólo se encuentra un militar (el general Fernado Figueroa, 1907-1911). El principal apoyo del Gobierno proviene del ejército, el mejor equipado, entrenado y pagado de Centroamérica, que goza de la bonanza de los cafetaleros mediante el apoyo a la estabilidad del sisteme político emergente. Si los principios del siglo se destacan por los desacuerdos entre países centroamericanos, en El Salvador marca también el inicio de la vertiginosa inversión del capital norteamericano mientras que con la bonanza cafetalera se había mejorado la infraestructura vial.

En 1911 asume el poder Manuel E. Araujo (1911-1913) que equilibra el presupuesto y frena la lógica del régimen concesionario en el que habían caído para entonces sus vecinos. Se sitúa por encima de intereses específicos (de los terratenientes), estimula la construcción de sociedades artesanales, presiona a los indígenas para que se ajusten a la economía monetaria y a la política oficial de ladinización. Con el vicepresidente Carlos Meléndez (1913-1918) empieza la dinastía Meléndez-Quiñónez que pone de manifiesto la constitución de la cúpula concentradora de capital al amparo de la prosperidad del café. Meléndez facilita la apertura al capital norteamericano y con la designación de su hermano Jorge como candidato oficial a las elecciones, se sigue la política de imposición del sucesor. El grupo familiar emprende acciones en la agricultura, en el comercio con el capitalismo mientras la corrupción integra las esferas de la administración pública.

La crisis del café tiene un impacto en la economía agroexportadora por la baja de las rentas públicas y el incumplimientos de la deuda externa. El Salvador sobrevive con la adopción del patrón oro y la nueva moneda, el colón, en 1919. Carlos Meléndez emprende una política hacia las clases subalternas y que consiste en cooptar a los dirigentes gremiales y a los intelectuales. Poco a poco se radicalizan los estudiantes universitarios. Quiñónez intenta revitalizar el proyecto histórico liberal y aumenta la represión contra los sindicalistas y políticos de izquierda (anarquistas, comunistas, laborales). Entramos en un momento en que la crisis de 1929 tendrá consecuencias en los pequeños propietarios. Quiñónez Molina escoge como sucesor a un político ligado a la dinastía, a Pío Romero Bosque (1927-1931). El ensancha la base social del proyecto liberal, se apoya cada vez más de las clases subalternas y busca un intento de democratización del sistema político : supresión del estado de sitio, creación del Ministerio de Trabajo, consiguiente inicio de la legislación sobre las relaciones capital-trabajo. Mantiene el juego del sindicalismo si no se trata de afectar a la clase dominante de los cafetaleros. Hostiga pues las organizaciones sindicales, las actividades políticas de los movimientos de izquierda y permite la primera elección relativamente libre. Con Arturo Araujo existe un esfuerzo de legitimación del proyecto liberal, no comprendido por la clase dominante (políticos y terratenientes).

El golpe de Estado de Maximiliano Hernández Martínez (1931) acarrea el estallido revolucionario de 1932 con la masacre de un motín de campesinos hambrientos, acusados de comunismo (15.000 víctimas de la represión). La "matanza" es el evento aislado más significativo en las relaciones entre un estado mesoamericano y una población indígena, al menos hasta que el gobierno guatemalteco efectue sus matanzas en 1979-1984. Derroca a Hernández una huelga general en 1944. Las 14 familias de la dinastía siguen sus actividades mientras que fracciones de militares adversas se disputan el poder : el Partido revolucionario de unificación democrática (P.R.U.D.) del coronel Oscar Osorio y de José María Lemus (1950-1960), el Directorio civil y militar del cual emerge en 1962 el coronel Julio Adalberto Rivera (Partido de conciliación nacional) sucedido por el coronel Fidel Sánchez en 1967. Se trata de modernizar al país y de diversificar la economía, o permitir la construcción de infraestructuras. Como los capitalistas salvadoreños son emprenderores y que los capitales se encuentran entre las manos de los nacionales a diferencia de Centroamérica, se favorece la industria más intensa. Ayuda a la expansión el Mercado común centroamericano en 1960. Las 14 familias todopoderosas controlan el país y se pueden adoptar las reformas de estructura, fiscales y agraria. La concentración de la riqueza origina un freno a la expansión y al desarrollo de la demanda popular, dejando a los peones sin tierra.

El 14 de julio de 1969 estalló la llamada "guerra de las cien horas", o "guerra del fútbol", cuyos orígenes se encuentran en el crecimiento desigual en el seno del Mercado Común. El Salvador se coloca en el primer lugar por su industria en la región hasta cierta autosuficiencia en la producción de granos básicos. Honduras, al contrario, conoce una desventaja comercial. No obstante, Honduras constituye un polo de atracción para las desposeídas masas campesinas salvadoreñas (300.000 salvadoreños). El regreso de unos 100.000 salvadoreños complicó la situación económica y fracasó la propuesta de establecer un gobierno de unidad nacional, nacida del PCN (Partido conciliación nacional, 1961).

En los años sesenta aparecen organizaciones armadas y frentes de masas que provocan un viraje radical en las luchas por la democratización política. En 1961 el Partido Comunista salvadoreño crea el Frente Unido de Acción Revolucionaria (FUAR), marcada por la revolución cubana. En abril de 1970 Salvador Cayateno se separa del PCS y funda las Fuerzas Populares de Liberalización Farabundo Martí (FPLM). Aparecen pues nuevos actores y organizaciones como el papel de los sectores progresistas de la Iglesia católica que bajo la influencia del Concilio Vaticano II y la declaración de Medellín de la CELAM, empieza a desarrollar experiencias de concienciación con grupos campesinos y de áreas urbanas pobres.
En septiembre de 1971, después de concluir una huelga de maestros, los partidos de la oposición, PDC, MNR y Unión Democrática nacionalista (UDN), conforman la Unión Nacional Opositora (UNO). La UDN se había formado para apoyar las pretensiones políticas de Francisco Lima (vicepresidente y embajador ante Estados Unidos, Canadá y la OEA). En 1970 la UDN se convierte en un frente electoral del PCS. El 20 de febrero de 1972 se celebran elecciones que dan una ventaja a la UNO, el gobierno recurre al fraude y a la represión para imponer a su candidato, el coronel Armando Antonio Molina. El 25 de marzo se produce una rebelión militar, dirigida por el coronel Benjamín Mejía, denunciando el fraude, rápidamente sofocada. La situación prueba claramente la imposibilidad de establecer en el Salvador procesos electorales amplios y legítimos, así como la de reformar un centro "democrático". La oligarquía busca delimitar de nuevo el campo de acción del gobierno y de la institución militar. Los sectores más conservadores de esa oligarquía intentan establecer mayores controles sobre el régimen, se meten al autoritarismo de seguridad nacional. En realidad está armando la antesala de una guerra civil mayor y más profunda.

Las elecciones del 20 de febrero de 1977 constituyen una muestra del cambio del juego político post-1972. A Ernesto Claramount Roseville (de la UNO) le es arrebatado el triunfo mediante el fraude : el general Carlos Humberto Romero del partido oficial es nombrado presidente. La presencia de Claramount hace difícil la situación interna e internacionalmente. El ejército dispersa el 28 de febrero a los manifestantes, expulsa a los dirigentes políticos del país, impone el estado de sitio, desmantela la UNO. También suscita un conflicto la transformación agraria de 1976. Romero, a pesar de sus métodos represivos, intenta reconstruir la legalidad perdida del régimen mientras se deterioran las relaciones con Estados Unidos. Además se intensifica la violencia de la derecha con la aparición de las Fuerzas Armadas de Liberación Anticomunista (FALANGE) en 1975 y con la Unión Guerrera Blanca (UGB), que vehiculan el mensaje de justicia social y democracia política. Crece la violencia estatal con la promulgación de la Ley de Defensa y Garantía del Orden (24 de noviembre de 1977) al mismo tiempo que se intensifican las huelgas, manifestaciones, tomas de iglesias y de edificios de gobierno. Se abroga la Ley en febrero de 1978 por la presión de Carter. En septiembre de 1979 se constituye un Foro Popular, formado por fuerzas políticas, sindicales, grupos sociales e ideológicos. El 15 de octubre de 1979 la juventud militar encabeza un nuevo golpe de Estado originando la denominada "primera Junta de Gobierno" y formada por civiles y militares. La coalición sólo dura hasta el 2 de enero de 1980, por renuncia y la vuelta a las desilusiones.

En 1980 el demócrata cristiano Napoleón Duarte es presidente. Una reforma agraria promulgada que debía debilitar la guerrilla del F.M.L.N. (Frente Farabundo Martí de Liberalización Nacional, creado en 1980) radicaliza la posición de los terratenientes que sostienen a la ARENA (Alianza republicana nacionalista). La victoria de los sandinistas en Nicaragua en 1979 no constituye un modelo para El Salvador que conoce el 10 de enero de 1970 el inicio de la guerra civil emprendida por los guerrilleros. La guerrilla combina las operaciones militares de envergura y las operaciones de sabotaje de las infraestructuras económicas y de las vías de comunicación. Mientras tanto el gobierno norteamericano de Reagan denuncia la agresión soviético-cubana, y se trata de evitar la "vietnamización" en Centroamérica. El Salvador debe constituir una prueba de la credibilidad de los Estados Unidos en el mundo merced al apoyo económico y a ayudas militares materiales. También se adiestran los soldados salvadoreños en los Estados Unidos desde el mes de enero de 1982, como en la zona del Canal de Panamá y en el Honduras.
En marzo de 1982 el Partido demócrata cristiano se vuelve mayoritario frente a la ARENA. A pesar de un primer paso hacia la formación de un gobierno democrático y revolucionario, y tras el asesinato de Monseñor Romero, abogado de la "Teología de la Liberación" el 24 de marzo, se enfrentan los movimientos de "liberación" (apoyados por los sandinistas nicaragüenses y los cubanos castristas) y las tropas gobernamentales ayudadas por los EE.UU. (de conformidad con la posición geopolítica del país).

En mayo de 1984 Napoleón Duarte es de nuevo presidente y apoya un pacto social con las organizaciones campesinas y sindicales para restablecer la paz. Las discusiones entre el gobierno salvadoreño y los representantes del FMLN-FDR fracasan. El 7 de agosto de 1987, los presidentes de 5 país centroamericanos (Costa Rica, Guatemala, Honduras, Nicaragua, el Salvador) firman el plan de paz (Esquipulas II). Después del descontento de la extrema derecha y de derecha, y con una guerrilla que no se para, en las elecciones legislativas de marzo de 1988, la democracia cristiana pierde su mayoría y se mantiene el grupo de extrema derecha de la Arena. La extrema derecha monopoliza por las urnas el poder político con la presidencia de Alfredo Cristiani en 1989.

Extrañamente el nuevo presidente - aceptado por los EE.UU. - juega el naipe de la apertura y el 11 de noviembre de 1989 la guerrilla lanza una ofensiva en San Miguel al este así como al oeste hasta la capital, traumatizando a los medios priviligiados, lo que acarrea una voluntad de negociación. El derumbamiento del bloque comunista propicia la vía abierta a la resolución de los conflictos locales pero los beligerantes intentan mejorar su posición. Finalmente, con la intervención del Secretario general de las Naciones Unidas, Javier Pérez de Cuéllar, se firma en México el 16 de enero de 1992 un acuerdo de paz ratificada, en presencia de diez jefes de Estado, del presidente Cristiani y de los líderes del FMLN.

Se preven el desarmamento, la reducción de los efectivos militares, la epuración de los soldados responsables de las violaciones de los derechos del hombre, la reintegración a la vida civil de los guerrilleros, la formación de una policía civil, el reparto de las tierras. 12 años de guerra dejan un balance amargo y un país exangüe. El 15 de diciembre de 1992 los últimos guerrilleros depositan las armas y empiezan procesos contra oficiales en 1993, que serán destituidos. El voto de una amnestia apacigua. 1993 y 1994 se destacan por el aprendizaje de la paz y la reconstrucción. Por la lentitud de una reforma agraria inacabada, de la distribución de tierras a los antiguos combatentes, de las reinserciones, se provoca en septiembre de 1994 la ocupación de la sede de la Asemblea national de la capital, por 300 antiguos militares. Se otorga una ayuda complementaria a los desmovilizados.

Mientras tanto se acentúa la resurgencia de los escuadrones de la muerte. A pesar de todo se realiza la metamórfosis de la sociedad con la nueva policía nacional civil (PNC) con la asistencia internacional (policias españoles, mexicanos, franceses) y con la fracción mayoritaria de la Arena que respeta el juego democrático y que se convierte en derecha modernizadora. Las elecciones presidenciales del 24 de abril de 1994, bajo la viligencia internacional, consagra la normalización de la situación política y permite el acceso a la presidencia del derechista Armando Calderón Sol. El Salvador sirve de modelo de salida de crisis pero el problema de la distribución más igualitaria de las tierras y de los ingresos persiste mientras que originó las divisiones internas salvadoreñas. En abril de 1995 la ONUSAL ya presente en 1991 como organismo cargado de la vigilencia de las elecciones y del seguro de la paz civil o del respeto a los derechos humanos) se reemplaza por la Minusal, del mismo tipo. En el mes de agosto se disuelve el PC.

El Salvador vive en 1997-1998 un período de transición. El partido en el poder (la ARENA) tras perder su mayoría en la Corte durante las elecciones legislativas de marzo de 1997 se encuentra debilitado. La ARENA y el FMLN (organización guerrillera y segunda fuerza política del país) se han puesto a preparar de manera activa las elecciones de marzo de 1999. La ARENA designa a su candidato, Francisco Flores, filósofo de profesión. El primer de mayo de 1997, la nueva asamblea rehusa la privatización de la administración nacional de las telecomunicaciones (Antel). La presidencia de Calderón se tizna con los escándalos financieros implicando personas cercanas a la Arena y con las quiebras de miles de ahorradores.