島式月台1面2線與側式月台1面1線以及切欠式月台追加1線，合共2面4線構造的地面車站。JR九州側的月台設有2部升降機連結1號月台與2、3號月台。側式月台鹿兒島側與切欠式月台供肥薩橙鐵道使用。
| 公司 |
月台 |
路線 |
目的地 |
備註
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| 肥薩橙鐵道
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0
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■肥薩橙鐵道線
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佐敷、水俁、川內方向
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此站始發
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| 1
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■肥薩橙鐵道線
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佐敷、水俁、川內方向
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JR線開出的直通列車
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| ■鹿兒島本線
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新八代、熊本方向
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與肥薩橙鐵道直通
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 JR九州
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1－3
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■鹿兒島本線
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熊本、玉名、大牟田方向
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| ■肥薩線
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坂本、人吉、吉松方向
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- 1896年（明治29年）11月21日 - 由九州鐵道設立，站房位於現在球磨川前川橋附近。
- 1907年（明治40年）7月1日 - 九州鐵道收編國有。
- 1908年（明治41年）6月1日 - 八代 - 人吉間通車，移設站房到現址。原站房改稱為球磨川貨物處理所，只辦理貨物業務。
- 1923年（大正12年）7月15日 - 八代 - 日奈久間通車。
- 1945年（昭和20年）6月10日 - 球磨川站（原球磨川貨物處理所）併入本站。
- 1945年（昭和20年）8月11日 - 八代 - 肥後高田間的球磨川鐵橋毀於美國海軍發動的空襲，同年8月29日修復。
- 一般而言，這次空襲被認為是盟軍沒落行動的前哨戰，意圖打斷日本中南九州的連絡補給交通，故除了球磨川橋梁外，日豐本線上的小丸川橋梁亦被炸毀。同年8月22日肥薩線發生列車倒退意外（發生於第二山神隧道，列車上坡時後方補機故障，加上通風不良，隧道內充滿煤煙，迫使乘客離開車廂逃難，但列車此時因爬升力不足而倒退，意外碾死逃難的乘客，參見肥薩線列車退行事故），造成許多復員軍人死亡，其遠因可能是中南九州的鐵路運輸僅餘肥薩線可供正常使用。
- 1986年（昭和61年）11月1日 - 廢止行李輸送的業務。
- 1987年（昭和62年）4月1日 - 國鐵分割民營化後成為九州旅客鐵道（JR九州）轄下的車站。
- 1989年（平成元年）11月12日 - 舊球磨川站內的貨物處理設備移往鄰近的客運站。
- 2004年（平成16年）3月13日 - 因應九州新幹線通車，原鹿児島本線八代 - 川內站區間交由肥薩橙鐵道營運。
※特急列車等收費列車參見各列車條目。
- 九州旅客鐵道、肥薩橙鐵道
- 鹿兒島本線、肥薩橙鐵道線（直通）
- ■快速「超級橙」（只限週末假日運行）
- 熊本（鹿兒島本線）－八代（OR01）－日奈久溫泉（肥薩橙鐵道線，OR03）
- ■普通（包括往新八代的「Ocean Liner薩摩」）
- 新八代（鹿兒島本線）－八代（OR01）－肥後高田（肥薩橙鐵道線，OR02）
- 鹿兒島本線、肥薩線（直通）
- ■快速（鹿兒島本線、肥薩線直通、熊本方向只限上行運行）
- 新八代（鹿兒島本線） ← 八代－坂本（肥薩線）
- ■普通
- 新八代（鹿兒島本線）－八代－段（肥薩線）
- 今尾惠介. 日本鉄道旅行地図帳 12号・九州. 日本鉄道旅行地図帳. 新潮社. 2008. ISBN 978-4-10-790030-2.
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