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前身為1996年創立的「南華管理學院」，1999年8月1日獲教育部核准改為現名。
南華管理學院時期
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1989年11月1日以私立南華工學院之名向教育部申請籌設。同年12月19日獲准。
1991年10月3日向教育部申請改設私立南華管理學院。同年12月9日獲准。
1992年2月10日完成「財團法人私立南華管理學院」法人登記。
1996年3月11日經教育部核准立案，南華管理學院正式成立，設有哲學研究所、資訊管理學系、傳播管理學系。
1997年增設文學研究所、生死學研究所、出版學研究所、歐洲研究所、亞太研究所、教育社會學研究所。
1998年改名南華大學，成立人文學院、管理學院與科技學院。增設資訊管理研究所、美學與藝術管理研究所、國際關係學系、應用社會學系。
1999年增設非營利事業管理所、社會學研究所、公共行政與政策研究所、環境管理研究所、傳播管理研究所、環境與藝術研究所。成立社會學院。同年年底社會學院改名社會科學學院。
2000年增設財務管理研究所、旅遊事業管理研究所、經濟學研究所、應用藝術與設計學系、管理研究所碩士專班、企業管理學系進修學士班。
2001年增設宗教學研究所（並分設佛學組與比較宗教組）、生死管理學系、文學系、國小教育學程、民族音樂學系、電子商務管理學系、企業管理系日間部學士班、非營利事業研究所碩士專班，
2002年增設應用經濟學系、會計資訊系、旅遊管理研究所、環境與景觀藝術學系、視覺藝術學系、幼兒教育學系進修學士班、電子商務學系進修學士班、自然醫學研究所、財務管理研究所在職專班、管理科學研究所博士班。 生死學研究所與生死管理學系系所合一為生死學系暨碩士班。
2003年8月增設會計資訊學系、旅遊事業經營學系。原社會科學學院應用經濟學系、經濟學研究所改隸管理學院。應用經濟學系改名管理經濟學系。管理研究所改名管理科學研究所。國際關係學系改名國際暨大陸事務學系。原管理學院傳播管理學系改隸社會科學院。出版學研究所改名出版事業管理研究所。
2004年增設立財務金融學系、資訊工程系、外國語文學系、生死管理學系進修學士班。
2005年增設幼兒教育學系、應用藝術與設計學系碩士班。成立藝術學院。環境與景觀藝術學系改名建築與景觀學系。
2006年增設自然生物科技系。資訊管理學系、電子商務管理學系、資訊工程學系脫離管理學院，新組科技學院。建築與景觀學系、環境與藝術研究所系所合一為建築與景觀學系暨環境藝術碩士班。
2007年增設非營利事業管理學系及幼兒教育學系碩士班。經濟學研究所與管理經濟學系所合一為管理經濟學系暨經濟學碩士班。企業管理學系與管理科學研究所系所合一為企業管理系學士班暨管理科學碩士班、管理科學博士班。亞太研究所併入國際暨大陸事務學系為亞太研究碩士班。非營利事業管理研究所併入非營利事業管理學系為碩士班。財務管理研究所併入財務金融學系為財務管理碩士班。
2008年視覺藝術學系改名美學與視覺藝術學系。傳播管理學系暨研究所改名傳播學系暨研究所。
2009年美學與藝術管理研究所併入美學與視覺藝術學系為碩士班。旅遊事業經營學系與旅遊事業管理研究所整併為旅遊事業管理學系暨碩士班。
2010年應用藝術與設計學系改名創意產品設計學系；美學與視覺藝術學系改名視覺與媒體藝術學系。環境管理研究所改名休閒環境管理研究所。
2011年哲學系改名哲學與生命教育學系。公共行政與政策研究所併入國際暨大陸事務學系為公共政策研究碩士班。
2012年增設文化創意事業管理學系、就業實務養成學士班。出版與文化事業管理研究所併入文化創意事業管理學系為碩士班。管理經濟學系暨經濟學碩士班改名休閒產業經濟學系暨碩士班。教育社會學研究所、社會學研究所及應用社會學系整併為應用社會學系暨教育社會學碩士班、社會學碩士班。停招會計資訊學系。
2013年南華大學到泰國與加州法身大學簽署結盟[2]。停招哲學與生命教育學系。
2014年休閒產業經濟學系併入文化創意事業管理學系為休閒產業組；文化創意事業管理學系增設文創行銷組。國際暨大陸事務學系改名國際事務與企業學系。應用社會學系學生自103學年度開始，大二將分組為社會學組、社會工作組；建築與景觀學系學生大三分組為建築組、景觀組。非營利事業管理學系併入企業管理學系。自然醫學研究所併入自然生物科技學系為自然療癒碩士班。
2015年增設國際企業學士學位學程。
2017年藝術學院改名藝術與設計學院。視覺與媒體藝術學系改名視覺藝術與設計學系。增設科技學院永續綠色科技碩士學位學程、運動與健康促進學士學位學程。文化創意事業管理學系取消休閒產業組、文創行銷組之分組。停招文化創意事業管理學系休閒產業碩士班、旅遊管理學系休閒環境管理碩士班。哲學與生命教育學系碩士班改隸生死學系為生死學系哲學與生命教育碩士班。建築與景觀學系環境藝術碩士班改名建築與景觀學系暨碩士班。
2018年創意產品設計學系改名產品與室內設計學系。
2019年應用社會學系社會學碩士班停招。增設應用社會學系社會工作與社會設計碩士班。
2020年增設生死學系博士班。
2023年，該校創辦人星雲法師圓寂。建築與景觀學系改名建築學系，並取消建築組、景觀組之分組。文學系碩士在職專班停招。應用社會學系歐洲研究所停招。
