醉月湖原本是農用池埤，為調節瑠公圳之用，由瑠公圳數條水圳流經臺灣大學，為醉月湖的水源[1]。1945年以前，當時湖邊還沒被大樓圍繞，四周盡是田野及池埤的景觀，水質清澈，故成學生游泳戲水與校方實驗養魚的地點[2]。之後隨著校方的需求，周圍增建游泳池與海洋研究所等數棟建物[1]。
直至1970年代及1980年代，醉月湖周圍大樓林立，實習農場遷往安坑，原有水圳也遭到加蓋，地形大變[1]。有鑑於基隆路將瑠公圳第一幹線箱涵後，使瑠公圳無法注入湖中，因而使醉月湖的水質日漸惡化，2003年開始發起瑠公圳復育計畫，經過臺灣大學向臺北市瑠公農田水利會研討之後，對於以親水概念設計出的復育方案同意資助[3]。2008年展開問卷調查中，對於醉月湖計劃將湖心亭拆除改建成噴泉，引發臺灣大學學生們反對[4]。
1972年，閻振興校長參訪清華大學後認為此區可參照開發為休憩活動空間[2]，故委任總務處營繕組潘榮煌設計出「台大池」並開始施工，由營繕組負責養護管理。完工後所呈現湖心亭是沒有橋可接連至湖岸，直到現今仍是如此[5][6]。在未設置圍欄前，由於湖心亭是學生們做為活動的場所，常會划舟前往，但有次女同學為前往湖心亭卻溺斃於湖中，自此開始就沒有船，且岸邊出現圍欄[6]。
醉月湖之名起源於學生間的稱呼。1973年，鄭梓和蘇元良兩位同學為舉辦畢業聯誼會，因此策劃了划船比賽，為了能使畢業生踴躍參與及吸引校內其它同學的目光，這兩位同學將比賽地點命名「醉月湖」，名稱意涵或許來自李白〈春夜宴桃李園序〉的「開瓊筵以坐花，飛羽觴而醉月」名句[2]。直到划船比賽的當日，「醉月湖」之名才出現於《畢聯會訊》，而後媒體及校內人士廣為稱之[7]。
醉月湖因出現景觀及安全的問題，如：水質混濁、圍欄傾斜、步道鋪面破損以及與地面落差過高等，為此校方將改善醉月湖的景觀及維護民眾活動的安全，在整合各方意見後，於2011年8月開始動工[8]。這次整修距上次時間已將近三十年（民國70餘年）[8]。自動工以來，醉月湖陸續出現整修經費的爭議及整修工程遭人投訴等情況。
2011年9月10日，《台灣蘋果日報》指出民眾投訴，臺灣大學進行醉月湖整修工程因湖水被抽掉，導致魚群死亡而散發臭味；校方對此則表示工程進行前，已將湖中的魚群撈出，然後移至養殖場託人寄養，但是魚群數量多，且捕捉過程中會四處奔游下，造成湖中魚群仍無法全部撈出[9]。同年9月12日，醉月湖整修工程被傳出是挪用教育部補助款，造成臺灣大學的學生及校友們憂心這項工程會使醉月湖不復舊貌，對此校方否認[10][11]。歷經四個月整修後，醉月湖整修工程於2011年12月完工[12]。完工後醉月湖擁有曝氣設備，為這三座湖水循環，還有造景瀑布等的景觀[12]。
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