清代初年,科布多一帶為蒙古喀爾喀部牧地,後為準噶爾佔據。乾隆年間滅準噶爾,漠西蒙古各部陸續歸附。乾隆二十六年(1761年),以扎拉豐阿為科布多參贊大臣,駐紮於杜爾伯特部境內的科布多城。科布多參贊大臣為藩部駐紮大臣,負責「佐畫機宜」,其下置科布多領隊大臣一人,並受烏里雅蘇臺將軍節制。嘉慶以後,科布多參贊大臣轄八部三十二旗:
- 杜爾伯特部十六旗(姓綽羅斯。本遊牧於額爾齊斯。乾隆十八年置。)
- 杜爾伯特部左翼十一旗:特固斯庫魯克達賴汗旗、中旗、中左旗、中前旗、中後旗、中上旗、中下旗、中前左旗、中前右旗、中後左旗、中後右旗
- 杜爾伯特部右翼三旗:前旗、前右旗、中右旗
- 輝特二旗:下前旗、下後旗
- 明阿特部一旗(舊屬烏梁海,後屬札薩克圖汗部中左翼左旗。乾隆三十年改屬科布多。)
- 扎哈沁部二旗(舊屬準噶爾,乾隆二十六年置,嘉慶五年增置一旗。)
- 科布多額魯特部一旗(舊屬達木拜台吉。)
- 阿爾泰烏梁海七旗
- 阿爾泰烏梁海左翼四旗:副都統旗一、散秩大臣旗一、總管旗二
- 阿爾泰烏梁海右翼三旗:散秩大臣旗一、總管旗二
- 阿爾泰諾爾烏梁海二旗
- 新土爾扈特部二旗(舊屬準噶爾,乾隆三十六年置。):新土爾扈特左旗、新土爾扈特右旗
- 新和碩特部一旗(原屬新土爾扈特部,嘉慶元年分置。)
同治七年(1868年),置布倫托海辦事大臣、幫辦大臣各一員,轄阿爾泰山南路布倫托海(今烏倫古湖)一帶,駐地在今新疆福海縣。同治八年(1869)省布倫托海辦事大臣,布倫托海仍隸科布多參贊大臣。光緒三十二年十二月(1907年1月),置阿爾泰辦事大臣,轄阿爾泰烏梁海諸旗、新土爾扈特部、新和碩特部及哈薩克族流民,駐承化寺。