PubChem

PubChem
Περιεχόμενο
Περιγραφή	Ανοιχτή βάση δεδομένων γがんまιいおたαあるふぁ χημικές πληροφορίες
Αντικείμενο	Αναζήτηση χημικών μορίων μみゅーεいぷしろん τたうοおみくろん όνομα, τたうοおみくろん μοριακό τύπο, τたうηいーた δομή κかっぱαあるふぁιいおた άλλων χαρακτηριστικών. Πληροφορίες σχετικά μみゅーεいぷしろん χημικές κかっぱαあるふぁιいおた φυσικές ιδιότητες, βιολογικές δραστηριότητες, ασφάλεια, τοξικότητα κかっぱαあるふぁιいおた βιβλιογραφικές αναφορές.
Επαφή
Πρώτη αναφορά	PMID 15879180
Πρόσβαση
URL λήψης	FTP
Εργαλεία
Διάφορα
Άδεια	Τたうαあるふぁ δεδομένα PubChem είναι διαθέσιμα μみゅーεいぷしろん τたうηいーたνにゅー άδεια Public domain.
Συνδέσεις	PubMed; DrugBank; ChEMBL; DailyMed; ChemlDplus; KEGG;

PubChem είναι μみゅーιいおたαあるふぁ βάση δεδομένων τたうωおめがνにゅー χημικών μορίων κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー επιδράσεων τους σしぐまεいぷしろん βιολογικές αναλύσεις. Τたうοおみくろん σύστημα συντηρείται από τたうοおみくろん Εθνικό κέντρο γがんまιいおたαあるふぁ βιοτεχνολογικές πληροφορίες (National Center for Biotechnology Information) (NCBI), μみゅーιいおたαあるふぁ συνιστώσα της Εθνικής βιβλιοθήκης ιατρικής (National Library of Medicine), πぱいοおみくろんυうぷしろん είναι μέλος τたうωおめがνにゅー Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας τたうωおめがνにゅー ΗいーたΠぱいΑあるふぁ (National Institutes of Health) (NIH). Τたうοおみくろん PubChem μπορεί νにゅーαあるふぁ προσπελαστεί ελεύθερα μέσα από μみゅーιいおたαあるふぁ δικτυακή διεπαφή χρήστη. Εκατομμύρια δομών ενώσεων κかっぱαあるふぁιいおた περιγραφικά σύνολα δεδομένων μπορούν νにゅーαあるふぁ μεταφορτωθούν ελεύθερα μέσα από τたうοおみくろん FTP. Τたうοおみくろん PubChem περιέχει περιγραφές ουσιών κかっぱαあるふぁιいおた μικρών μορίων μみゅーεいぷしろん λιγότερα από 1000 άτομα κかっぱαあるふぁιいおた 1000 δεσμούς. Περισσότεροι από 80 πωλητές βάσεων δεδομένων συνεισφέρουν σしぐまτたうηいーたνにゅー αναπτυσσόμενη βάση δεδομένων PubChem.^[1]

Βάσεις δεδομένων

Τたうοおみくろん PubChem αποτελείται από τρεις δυναμικά αναπτυσσόμενες πρωτεύουσες βάσεις δεδομένων. Από τις 29 Σεπτεμβρίου 2014:

Ενώσεις, 54 εκατομμύρια καταχωρίσεις ^[2] (από 31 εκατομμύρια καταχωρίσεις τたうοおみくろんνにゅー Ιανουάριο τたうοおみくろんυうぷしろん 2011), περιέχει καθαρές κかっぱαあるふぁιいおた χαρακτηρισμένες χημικές ενώσεις.^[3]
Ουσίες, 163,5 εκατομμύρια καταχωρίσεις^[4] (από 75 εκατομμύρια καταχωρίσεις τたうοおみくろんνにゅー Ιανουάριο τたうοおみくろんυうぷしろん 2011^[5]), περιέχει επίσης μείγματα, εκχυλίσματα, σύμπλοκα κかっぱαあるふぁιいおた μみゅーηいーた χαρακτηρισμένες ουσίες.
Βιολογικές αναλύσεις, ηいーた βιολογική δραστικότητα είναι τたうοおみくろん αποτέλεσμα 6059^[6] (από 1644 τたうοおみくろんνにゅー Ιανουάριο τたうοおみくろんυうぷしろん 2011^[7]) προγραμμάτων διαλογής υψηλής απόδοσης μみゅーεいぷしろん αρκετά εκατομμύρια τιμές.

Αναζήτηση

Ηいーた αναζήτηση τたうωおめがνにゅー βάσεων δεδομένων είναι δυνατή γがんまιいおたαあるふぁ μみゅーιいおたαあるふぁ ευρεία περιοχή ιδιοτήτων πぱいοおみくろんυうぷしろん περιλαμβάνει χημική δομή, ονόματα τμημάτων, χημικό τύπο, μοριακή μάζα, XLogP κかっぱαあるふぁιいおた αριθμός δοτών κかっぱαあるふぁιいおた αποδεκτών δεσμών υδρογόνου.

Τたうοおみくろん PubChem περιέχει τたうοおみくろんνにゅー δικό τたうοおみくろんυうぷしろん δικτυακό μοριακό επεξεργαστή μみゅーεいぷしろん υποστήριξη SMILES/SMARTS κかっぱαあるふぁιいおた InChI, πぱいοおみくろんυうぷしろん επιτρέπει τたうηいーたνにゅー εισαγωγή κかっぱαあるふぁιいおた εξαγωγή όλων τたうωおめがνにゅー συνηθισμένων μορφών χημικών αρχείων σしぐまτたうηいーたνにゅー αναζήτηση γがんまιいおたαあるふぁ δομές κかっぱαあるふぁιいおた τμήματα.

Κάθε επίσκεψη παρέχει πληροφορίες γがんまιいおたαあるふぁ συνώνυμα, χημικές ιδιότητες, χημική δομή συμπεριλαμβανομένων τたうωおめがνにゅー συμβολοσειρών SMILES κかっぱαあるふぁιいおた InChI, βιοδραστικότητα κかっぱαあるふぁιいおた συνδέσμους σしぐまεいぷしろん δομικά σχετικές ενώσεις κかっぱαあるふぁιいおた άλλες βάσεις δεδομένων NCBI όπως PubMed.

Σしぐまτたうηいーた μορφή αναζήτησης κειμένου τたうαあるふぁ πεδία της βάσης δεδομένων μπορούν νにゅーαあるふぁ αναζητηθούν προσθέτοντας τたうοおみくろん όνομα τたうοおみくろんυうぷしろん πεδίου σしぐまεいぷしろん αγκύλες σしぐまτたうοおみくろんνにゅー όρο αναζήτησης. Μみゅーιいおたαあるふぁ αριθμητική περιοχή αναπαριστάνεται από δύο αριθμούς χωρισμένους μみゅーεいぷしろん άνω-κάτω τελεία. Οおみくろんιいおた όροι αναζήτησης κかっぱαあるふぁιいおた τたうαあるふぁ ονόματα τたうωおめがνにゅー πεδίων είναι ανεξάρτητα από πεζά/κεφαλαία. Μπορούν νにゅーαあるふぁ χρησιμοποιηθούν παρενθέσεις κかっぱαあるふぁιいおた οおみくろんιいおた λογικοί τελεστές AND, OR κかっぱαあるふぁιいおた NOT. Αあるふぁνにゅー δでるたεいぷしろんνにゅー χρησιμοποιείται κανένας τελεστής θεωρείται ότι ισχύει οおみくろん τελεστής AND.

Παράδειγμα (Οおみくろん κανόνας τたうοおみくろんυうぷしろん πέντε τたうοおみくろんυうぷしろん Λιπίνσκι (Lipinski's Rule of Five)):

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Ιστορικό

Τたうοおみくろん PubChem εκδόθηκε τたうοおみくろん 2004.^[8]

Ανησυχίες της ACS

Ηいーた Αμερικάνικη Χημική Εταιρεία (American Chemical Society) (ACS) έχει εγείρει ανησυχίες σχετικά μみゅーεいぷしろん τたうηいーた δημόσια υποστηριζόμενη βάση δεδομένων PubChem, επειδή φαίνεται νにゅーαあるふぁ ανταγωνίζεται άμεσα μみゅーεいぷしろん τたうηいーたνにゅー υπάρχουσα δικιά της CAS.^[9] Ηいーた ACS έχει ισχυρό ενδιαφέρον σしぐまτたうοおみくろん θέμα, επειδή ηいーた Chemical Abstracts Service δημιουργεί ένα μεγάλο ποσοστό τたうοおみくろんυうぷしろん εισοδήματος της εταιρείας.

Πεδία βάσης δεδομένων

Αριθμοί ταυτοποίησης
•	Αριθμός ταυτοποίησης σしぐまτたうηいーたνにゅー τρέχουσα βάση δεδομένων	[UID]
•	Αριθμός ταυτοποίησης ουσίας	[SID]
•	Αριθμός ταυτοποίησης ένωσης	[CID]
•	Αριθμός ταυτοποίησης βιοανάλυσης	[BAID], [AID]
Γενικά
•	Οποιοδήποτε πεδίο της βάσης δεδομένων	[ALL]
•	Σχόλιο	[CMT]
•	Ημερομηνία κατάθεσης	[DDAT], [DEPDAT]
•	Εξωτερικό αναγνωριστικό τたうοおみくろんυうぷしろん καταθέτη	[SRID], [SRCID]
•	Όνομα πηγής	[SRC], [SRCNAM], [SRCNAME]
•	Ημερομηνία έκδοσης της πηγής	[SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
•	Medical Subject Headings Όρος (MeSH)	[MSHT], [MESHT]
•	Κόμβος δένδρου MeSH	[MSHN], [MESHTN]
•	Φαρμακολογικές δράσεις MeSH	[PHMA], [PHARMA]
Ιδιότητες ουσίας
•	Συνώνυμα ουσίας	[SYNO]
•	Όνομα IUPAC	[UPAC], [IUPAC]
•	Διεθνές χημικό αναγνωριστικό (InChI)	[INCHI]
•	Μοριακή μάζα	[MW], [MWT], [MOLWT]
•	Χημικά στοιχεία	[ELMT], [EL]
•	Μみゅーηいーた υδρογονικά άτομα	[HAC], [HACNT]
•	Αριθμός ισοτόπων	[IAC], [IACNT]
•	Συνολικό τυπικό φορτίο	[TFC], [CHG], [CHRG]
•	Αριθμός χειρόμορφων ατόμων	[ACC], [ACCNT]
•	Αριθμός καθορισμένων χειρόμορφων ατόμων	[ACDC], [ACDCNT]
•	Αριθμός ακαθόριστων χειρόμορφων ατόμων	[ACUC], [ACUCNT]
•	Αριθμός δεκτών δεσμών υδρογόνου	[HBAC], [HBACNT]
•	Αριθμός δοτών δεσμών υδρογόνου	[HBDC], [HBDCNT]
•	Αριθμός ταυτομερών	[TC], [TCNT], [TTMC]
•	Αριθμός περιστρέψιμων δεσμών	[RBC], [RBCNT]
•	XLogP^[10]	[XLGP], [LOGP]
Ιδιότητες ένωσης
•	Συνώνυμα ένωσης	[CSYN], [CSYNO]
•	Αριθμός συστατικών	[CC], [CCNT]
•	Αριθμός ομοιοπολικών μονάδων (μόριο)	[CUC], [CUCNT]
•	Αριθμός συνολικής βιοδραστικότητας	[TAC]

Δείτε επίσης

Chemical database
- Comparative Toxicogenomics Database
- ChEMBL
- ChemSpider
- eMolecules
- DrugBank
- Moltable
- BindingDB
- SCRIPDB
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Entrez
PubMed
GenBank

Παραπομπές

↑ «PubChem Source Information». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information.
↑ «Search Results for all compounds». Ανακτήθηκε στις 29 Σεπτεμβρίου 2014.
↑ «all[filt] - PubChem Compound Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 7 Ιανουαρίου 2011.
↑ «all[filt] - PubChem Substance Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 29 Σεπτεμβρίου 2014.
↑ «all[filt] - PubChem Substance Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 7 Ιανουαρίου 2011.
↑ «all[filt] - PubChem BioAssay Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 29 Σεπτεμβρίου 2014.
↑ «all[filt] - PubChem BioAssay Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 7 Ιανουαρίου 2011.
↑ «About PubChem». Ανακτήθηκε στις 3 Μαΐου 2014.
↑ Kaiser J (May 2005). «Science resources. Chemists want NIH to curtail database». Science 308 (5723): 774. doi:10.1126/science.308.5723.774a. PMID 15879180.
↑ Cheng T (Nov 2007). «Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge». Journal of Chemical Information and Modeling 47 (6): 2140–2148. doi:10.1021/ci700257y. PMID 17985865.

Εξωτερικοί σύνδεσμοι

Τたうοおみくろん Wikidata έχει τたうηいーたνにゅー ιδιότητα, P662, γがんまιいおたαあるふぁ τたうηいーた σελίδα PubChem (δείτε χρήσεις)

[1] «PubChem Source Information». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information.

[2] «Search Results for all compounds». Ανακτήθηκε στις 29 Σεπτεμβρίου 2014.

[3] «all[filt] - PubChem Compound Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 7 Ιανουαρίου 2011.

[4] «all[filt] - PubChem Substance Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 29 Σεπτεμβρίου 2014.

[5] «all[filt] - PubChem Substance Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 7 Ιανουαρίου 2011.

[6] «all[filt] - PubChem BioAssay Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 29 Σεπτεμβρίου 2014.

[7] «all[filt] - PubChem BioAssay Results». The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Ανακτήθηκε στις 7 Ιανουαρίου 2011.

[8] «About PubChem». Ανακτήθηκε στις 3 Μαΐου 2014.

[9] Kaiser J (May 2005). «Science resources. Chemists want NIH to curtail database». Science 308 (5723): 774. doi:10.1126/science.308.5723.774a. PMID 15879180.

[10] Cheng T (Nov 2007). «Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge». Journal of Chemical Information and Modeling 47 (6): 2140–2148. doi:10.1021/ci700257y. PMID 17985865.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]