Γεννήθηκε στηνΕρμιόνη από εύπορη οικογένεια[2]και ήταν γιος του Γεώργιου Μερκούρη, πλοιάρχου καιγιουτουΣπύρου Μερκούρη, και της Θεοδώρας/Θεοδότας, κόρης του οπλαρχηγού της επανάστασης και μετέπειτα βουλευτή Ερμιονίδας Σταμάτη Μήτσα, και αδερφής του στρατιωτικού και επίσης βουλευτή Ερμιονίδας Αντωνίου Μήτσα. Μέσω της οικογένειας Μήτσα είχε εξ´αγχιστείας συγγένεια μετην ιστορική Ζακυνθινή οικογένεια των Μοτσενίγων.
Το 1881 διορίστηκε διευθυντής στο Δημοτικό Νοσοκομείο «Η Ελπίς»[3]. Το 1899 εκλέχτηκε δήμαρχος Αθηναίων και παρέμεινε στη θέση έως το 1914. Το 1917 εξορίστηκε στηνΚορσικήκαι κατηγορήθηκε γιαταΝοεμβριανά του 1916, με συνέπεια να καταδικαστεί σε θάνατο. Τελικά το 1920 αποφυλακίστηκε. Το 1929 επανεκλέχθηκε στη δημαρχία των Αθηνών για άλλα πέντε χρόνια, μέχρι το 1934.
Στα νεανικά του χρόνια πήρε μέρος στηνΖάππεια Ολυμπιάδα του 1875 όπου ήταν τρίτος σε δρόμο ταχύτητας αγνώστου αποστάσεως.
Ήταν παντρεμένος μετην Αμαλία μετην οποία απέκτησε τέσσερα παιδιά: τη Φιφή (1883-1894), τον Γιάγκο, τονΣταμάτηκαιτονΓεώργιο Μερκούρη. Εγγονή του - κόρη τουγιουτου Σταματη - ήταν ηΜελίνα Μερκούρη.