Ο Ίλσανκερ ξεκίνησε τη σταδιοδρομία τουστην ομάδα νέων της 1. Χαλάινερ ΣΚ ως τερματοφύλακας, αλλά σύντομα μεταπήδησε στη μεσαία γραμμή. Το 2005, υπέγραψε μετηΦΚΡεντΜπουλ Σάλτσμπουργκ, όπου έπαιξε στην ομάδα της Red Bull Juniors.
Στις 4 Απριλίου 2009, ο Ίλσανκερ κλήθηκε στον πάγκο της πρώτης ομάδας για έναν αγώνα της Μπούντεσλιγκα Αυστρίας. Το πρώτο του παιχνίδι γιατηΡεντΜπουλ Σάλτσμπουργκ ήταν ένας αγώνας τουκυπέλλου Αυστρίας στις 15 Αυγούστου 2009.[2] Στις 25 Αυγούστου 2009, έπαιξε τον πρώτο του διεθνή αγώνα γιατηΡεντΜπουλ Σάλτσμπουργκ στα προκριματικά τουΟΥΕΦΑ Τσάμπιονς Λιγκ εναντίον της Μακάμπι Χάιφα.
Στο τέλος της σεζόν 2009–10, ο Ίλσανκερ υπέγραψε μετηΣΦ Μάτερσμπουργκ. [3]Το 2012 επέστρεψε στηΡεντΜπουλ Σάλτσμπουργκ. Στο μεταξύ, ήταν σταθερά βασικός παίκτης του συλλόγου. Στις 26 Φεβρουαρίου, ο σύλλογος ανακοίνωσε ότι το συμβόλαιό του επεκτάθηκε μέχρι το 2018.
Ο Ίλσανκερ, αγωνιζόμενος μετηνΡΜ Λειψία, αποβλήθηκε στις 19 Δεκεμβρίου 2018 εναντίον της Μπάγερν Μονάχου.[4]
Στις 31 Ιανουαρίου 2020, ο Ίλσανκερ εντάχθηκε στηνΆιντραχτ Φρανκφούρτης, με συμφωνία διάρκειας έως το 2022.[5][6] Στις 3 Ιουνίου 2020, ήρθε από τον πάγκο εναντίον της Βέρντερ Βρέμηςκαι σκόραρε δύο φορές στα τελευταία 10 λεπτά του αγώνα γιανα εξασφαλίσει τη νίκη με 3-0.[7] Στις 19 Μαΐου 2022, η Άιντραχτ Φραγκφούρτης κατέκτησε τοΟΥΕΦΑ Γιουρόπα Λιγκ 2021-22, μετον Ίλσανκερ ναμην αγωνίζεται στον τελικό.[8]
Ο Στέφαν Ίλσανκερ μετην εθνική ομάδα ποδοσφαίρου της Αυστρίας το 2014
Ο Ίλσανκερ έχει κάνει 61 συμμετοχές (μέχρι τον Μάο του 2022) γιατηνΕθνική Αυστρίας από το ντεμπούτο τουτο 2014. Εκπροσώπησε τη χώρα τουστοΕυρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 2016, όπου η Αυστρία τερμάτισε τελευταία στονΣτ΄ Όμιλο.[9] Έπαιξε σε δύο αγώνες γιατην Αυστρία στη διοργάνωση, στην ισοπαλία με 0–0 μετην ενδεχόμενη πρωταθλήτρια Πορτογαλία[10]καιστην ήττα με 1–2 από τηνΙσλανδία.[11]
↑«Erste Neuverpflichtungen bei Mattersburg» [First signings at Mattersburg]. UEFA.com (στα Γερμανικά). Union of European Football Associations. 20 Μαΐου 2010. Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 4 Ιουνίου 2020. Ανακτήθηκε στις 9 Μαΐου 2020.