Η περιοχή, που επρόκειτο να γίνει Σωφηνή, ήταν μέρος του βασιλείου της Αραράτ (Ουράρτου) τον 8ο-7ο αιώνα π.Χ. Αφού ένωσε την περιοχή μετο βασίλειό του στις αρχές του 8ου αιώνα π.Χ., ο βασιλιάς Αργύστης Α΄ του Ουραρτού μετεγκατέστησε πολλούς από τους κατοίκους τουστη νεόκτιστη πόλη Ερεμπούνι (σημερινή πρωτεύουσα της Αρμενίας Ερεβάν).
Μετά τις εκστρατείες του Μεγάλου Αλεξάνδρου το 330 π.Χ. καιτην επακόλουθη κατάρρευση της Αχαιμενιδικής Αυτοκρατορίας, η Σωφηνή παρέμεινε μέρος του πρόσφατα ανεξάρτητου βασιλείου της Μεγάλης Αρμενίας. Στις αρχές του 3ου αιώνα π.Χ., με υποκίνηση της Αυτοκρατορίας των Σελευκίδων, η οποία προσπαθούσε να αποδυναμώσει το Αρμενικό βασίλειο, η Σωφηνή χωρίστηκε από την Ευρύτερη Αρμενία και σχημάτισε τοΒασίλειο της Σωφηνής.
Το βασίλειο κυβερνήθηκε από ένα παρακλάδι της αρμενικής βασιλικής δυναστείας τωνΟροντίδων. Στη συνέχεια, η Σωφηνή διαχωρίστηκε και από το βασίλειο Σωφηνής-Κομμαγηνής δημιουργώντας ένα ανεξάρτητο βασίλειο. ΗΚομμαγηνή ήταν μέρος της Σωφηνής εκείνη την περίοδο.
Περίπου το 200 π.Χ., στην προσπάθειά τουνα υποτάξει τελικά την Αρμενία, ο Σελευκίδης βασιλιάς Αντίοχος Γ' κατέκτησε τόσο τη Μεγάλη Αρμενία όσο καιτη Σωφηνή, εγκαθιστώντας τους Αρμένιους στρατηγούς Αρταξία Α'καιΖαριάδρη ως κυβερνήτες-στρατηγούς στα αντίστοιχα βασίλεια. Μετά την ήττα του Αντίοχου από τους Ρωμαίους στη μάχη της Μαγνησίας το 190 π.Χ., καιοιδυο δήλωσαν ότι ήταν ανεξάρτητοι βασιλιάδες. Ο Ζαριάδρης καιοι απόγονοί του κυβέρνησαν το βασίλειο της Σωφηνής, μέχρι που επανενώθηκε μετην Ευρύτερη Αρμενία από τονΤιγράνη τον Μέγαστη δεκαετία του 80 π.Χ.