Η Square Enix είναι το αποτέλεσμα της συγχώνευσης των εταιρειών Square και Enix. Η συγχώνευση αυτή έγινε τη 1 Απριλίου του 2003, μετην Enix ως την επιζούσα εταιρεία.[4] Κάθε μία των κοινών μετοχών της Square ανταλλάχθηκεγια 0.85 μετοχές των κοινών μετοχών της Enix.[4] Εκείνη τη στιγμή, το προσωπικό της Square Enix αποτελούνταν κατά 80% από πρώην υπαλλήλους της Square Co.[5] Ως μέρος της συγχώνευσης, ο πρώην πρόεδρος της Square, Γιότσι Γουάντα, ορίστηκε ως πρόεδρος της νέας εταιρίας, ενώ ο πρώην πρόεδρος της Enix, Κέιτζι Χόντα, έγινε αντιπρόεδρος.[6]Ο ιδρυτής της Enix, Γιασουχίρο Φουκουσίμα, εργάζεται ως επίτιμος πρόεδρος και μεγαλύτερος μέτοχος της εταιρίας.[7]