クロマチン免疫めんえき沈降ちんこう

クロマチン免疫めんえき沈降ちんこう（クロマチンめんえきちんこう、Chromatin immunoprecipitation、略称りゃくしょう ChIP）はタンパク質たんぱくしつに対たいする抗体こうたいを用もちいてDNAとタンパク質たんぱくしつとの相互そうご作用さよう（結合けつごう）を研究けんきゅうする方法ほうほうの一ひとつで、特定とくていのタンパク質たんぱくしつ（転写てんしゃ因子いんしなど）が結合けつごうするDNA上じょうの部位ぶいとその配列はいれつを明あきらかにする方法ほうほうである。

現在げんざいでは、さらにDNAチップによる標的ひょうてきDNA配列はいれつの同定どうていを組くみ合あわせた ChIP on chip や、DNAシークエンシングによるChIP-seqがよく用もちいられる。

従来じゅうらい行おこなわれている似にた方法ほうほうにはゲルシフトアッセイがあるが、これは無む細胞さいぼう系けい（in vitro：細胞さいぼうをすりつぶした溶液ようえき）を用もちいて、特定とくていのDNAに結合けつごうするタンパク質たんぱくしつを探さがす方法ほうほうであった。それに対たいし、ChIPは生いきた細胞さいぼう（in vivo）を用もちいて、タンパク質たんぱくしつの側がわからDNA配列はいれつを探さがすのが特徴とくちょうである。

方法ほうほうの概略がいりゃくを以下いかに示しめす。

in vivoでのタンパク質たんぱくしつのDNAへの固定こてい化か（クロスリンク）：一般いっぱんにホルムアルデヒドを用もちいる。
細胞さいぼうからのDNAの抽出ちゅうしゅつ。
DNAの切断せつだん。（酵素こうそ法ほうあるいは超ちょう音波おんぱ法ほう）
タンパク質たんぱくしつに対応たいおうする抗体こうたいによるDNA断片だんぺん（対象たいしょうとなるタンパク質たんぱくしつに結合けつごうしている）の選抜せんばつ。
遠心えんしん分離ぶんりによるDNA-タンパク質たんぱくしつ-抗体こうたい複ふく合体がったいの沈降ちんこう。上うえ清きよし（結合けつごうしていないDNA）を捨すてる。
DNA-タンパク質たんぱくしつ複ふく合体がったいに含ふくまれるDNAの分離ぶんり。プロテイナーゼKなどによりタンパク質たんぱくしつを分解ぶんかいする。

これにより、目的もくてきのタンパク質たんぱくしつと結合けつごうするDNAの短みじかい配列はいれつだけを選択せんたくすることができる。

次つぎの段階だんかいはDNA断片だんぺんの同定どうていである。これにより対象たいしょうとなるDNAがゲノム上じょうのどこにあるかを知しり、あるいはそのタンパク質たんぱくしつが相互そうご作用さようする新あらたな遺伝子いでんしを探さがし出だすことができる。

DNA断片だんぺんの同定どうてい

DNA断片だんぺんの同定どうていには、従来じゅうらいはPCRが用もちいられた。ただしこれは配列はいれつがある程度ていど予想よそうされている場合ばあいにのみ有効ゆうこうである。

配列はいれつが全まったく不明ふめいの場合ばあいには、この段階だんかいでDNAチップを用もちいる"ChIP on chip"が有効ゆうこうである。これにより一いち度どに数すう千種ちくさもの配列はいれつの確認かくにんが可能かのうとなる。