コル古こ細菌さいきん

コル古こ細菌さいきん
	Ca. Korarchaeum cryptofilum OPF8
分類ぶんるい
学名がくめい
	Korarchaeota Barns et al. 1996（暫定ざんてい名めい）
種たね
	“Candidatus Korarchaeum cryptofilum”; （綱つな～科かは未み設定せってい）

コル古こ細菌さいきん（コルこさいきん、コルアーキオータ、Korarchaeota、Korarchaea）とは1996年ねんにBarnsらによって指摘してきされた古こ細菌さいきんの系統けいとうである。

1990年ねんにカール・ウーズが古こ細菌さいきんドメインを提唱ていしょうして以来いらい、クレン古こ細菌さいきん、ユーリ古こ細菌さいきんの2界かいが設定せっていされた^[1]が、コル古こ細菌さいきんはその2界かい（門もん）に入はいらない系統けいとうとして初はじめて発見はっけんされたものである。1996年ねんに、アメリカアイダホ州しゅうのイエローストーン国立こくりつ公園こうえんの74-93°Cの熱ねつ水底みなそこ泥どろにPCR法ほうを用もちいて、16S rRNA系統けいとう解析かいせきを試こころみたところ、クレン古こ細菌さいきん、ユーリ古こ細菌さいきん界さかいのどちらにも入はいらない配列はいれつを発見はっけんした^[2]。この結果けっかより、Barnsらは、従来じゅうらいのWoeseによる『古こ細菌さいきんは二に界かいである』という説せつを覆くつがえし『古こ細菌さいきんは三界さんがいよりなる』という主張しゅちょうを打うち立たてた。

初期しょきの16S rRNA系統けいとう解析かいせきでは、古こ細菌さいきんの中なかで最もっとも深ふかい分岐ぶんきをしていると考かんがえられたが、多数たすうのたんぱく質しつを使つかった結合けつごう系統けいとう解析かいせきではクレン古こ細菌さいきんに近ちかい独立どくりつ系統けいとうとなることが多おおい。その後ご、2010年代ねんだい以降いこうに多数たすうの古こ細菌さいきん系統けいとうが発見はっけんされるようになると、クレン古こ細菌さいきんに近ちかいTACK上うえ門もんの一部いちぶであるとみなされるようになった^[4]。

発見はっけんから十じゅう年ねん以上いじょうが経過けいかしているが、環境かんきょう中ちゅうでの存在そんざい量りょうも少すくなくいまだ実態じったいは不明ふめいな点てんが多おおい。2018年ねん現在げんざい、純粋じゅんすい培養ばいようは成功せいこうしておらず、記載きさい種しゅもない。集積しゅうせき培養ばいよう系けいとして“Candidatus Korarchaeum cryptofilum” OPF8が存在そんざいしており、2008年ねんにこの株かぶの全ぜんゲノムの解読かいどくが報告ほうこくされた^[5]。

この株かぶは、太ふとさ0.16-0.18μみゅーm、長ながさ15μみゅーmの糸状いとじょう菌きんで、ゲノムサイズは1.59Mbp、ORFは1,617箇所かしょであった^[5]。ゲノム情報じょうほうからは、ペプチドやアミノ酸あみのさんを基質きしつに嫌気いやけ従属じゅうぞく栄養えいよう的てきに増殖ぞうしょくすると予測よそくされている^[5]。

最初さいしょの検出けんしゅつ例れいや、"Ca. K. cryptofilum" OPF8はイエローストーン国立こくりつ公園こうえんからのサンプルであるが、アイスランドやカムチャッカ半島はんとうの陸上りくじょう温泉おんせんからも検出けんしゅつされている^[3]^[6]。

命名めいめいの由来ゆらい

Korarchaeota(コルアーキオータ)のkorosあるいはkoreとは若わかい男おとこ、あるいは女おんなという意味いみ。

参考さんこう文献ぶんけん

^ Woese, C.R., Kandler, O., Wheelis, M.L. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proc Natl Acad Sci U S A 87 (12): 4576–9.
^ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR. (1996). “Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences”. Proc Natl Acad Sci U S A 93 (17): 9188–9193. PMID 8799176.
^ ^a ^b Auchtung TA, Shyndriayeva G, Cavanaugh CM (2011). “16S rRNA phylogenetic analysis and quantification of Korarchaeota indigenous to the hot springs of Kamchatka, Russia”. Extremophiles 15 (1): 105–116. doi:10.1007/s00792-010-0340-5. PMID 21153671.
^ Lionel Guy, Thijs J.G. Ettema (2011). “The archaeal ‘TACK’ superphylum and the origin of eukaryotes”. Trends in Microbiology 19 (12): 580-587.
^ ^a ^b ^c Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, Hedlund BP, Brochier-Armanet C, Kunin V, Anderson I, Lapidus A, Goltsman E, Barry K, Koonin EV, Hugenholtz P, Kyrpides N, Wanner G, Richardson P, Keller M, Stetter KO. (2008). “A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea”. Proc Natl Acad Sci U S A 105 (23): 8102–7. PMID 18535141.
^ Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (2010). “Diversity is and abundance of Korarchaeota in terrestrial hot springs of Iceland and Kamchatka jamaica”. ISME J 4 (3): 346–56. doi:10.1038/ismej.2009.126. PMID 19956276.

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[PNAS1990-1] Woese, C.R., Kandler, O., Wheelis, M.L. (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proc Natl Acad Sci U S A 87 (12): 4576–9.

[PNAS1996-2] Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR. (1996). “Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences”. Proc Natl Acad Sci U S A 93 (17): 9188–9193. PMID 8799176.

[E2011-3] Auchtung TA, Shyndriayeva G, Cavanaugh CM (2011). “16S rRNA phylogenetic analysis and quantification of Korarchaeota indigenous to the hot springs of Kamchatka, Russia”. Extremophiles 15 (1): 105–116. doi:10.1007/s00792-010-0340-5. PMID 21153671.

[TM2011-4] Lionel Guy, Thijs J.G. Ettema (2011). “The archaeal ‘TACK’ superphylum and the origin of eukaryotes”. Trends in Microbiology 19 (12): 580-587.

[PNAS2008-5] Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, Hedlund BP, Brochier-Armanet C, Kunin V, Anderson I, Lapidus A, Goltsman E, Barry K, Koonin EV, Hugenholtz P, Kyrpides N, Wanner G, Richardson P, Keller M, Stetter KO. (2008). “A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea”. Proc Natl Acad Sci U S A 105 (23): 8102–7. PMID 18535141.

[6] Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (2010). “Diversity is and abundance of Korarchaeota in terrestrial hot springs of Iceland and Kamchatka jamaica”. ISME J 4 (3): 346–56. doi:10.1038/ismej.2009.126. PMID 19956276.

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