戦争後、彼はウィリアム・ステュークリと共同で仕事をするためオックスフォード大学へ向かった。しかし1946年にはエディンバラ大学考古学部長のオファーがあり、そちらへ移った。そしてその後、彼はエディンバラ大学考古学部を世界に通用する学部へと成長させた。同大学でも彼は広範な執筆活動を行い、1954年に発行された"Neolithic Cultures of the British Isles"は当時大きな影響力を発揮した。しかし、のちに放射性炭素年代測定が行われるようになると著書で行われた測定年代に誤りがあることが明らかになった。彼は「放射性炭素年代測定は考古学的に受け入れられない」とし、その根拠として他の考古学的証拠が彼の年代測定の正しさを証明していることを挙げた。また1965年に発行された"Ancient Europe"は先史時代の専門書として20年にわたって好評を博し、古代ヨーロッパの連続性についての彼の考えを世に広めた。
1958年、彼はスコットランドの先史時代についての著書"Scotland before History"を発行し、翌年には考古学の入門書"Approach to Archaeology"を発行した。その後彼はスコットランドやイングランドの考古学会の会長を務め、大英博物館の理事も務めた。
Daniel, Glyn Edmund; Chippindale, Christopher (1989). The Pastmasters: Eleven Modern Pioneers of Archaeology: V. Gordon Childe, Stuart Piggott, Charles Phillips, Christopher Hawkes, Seton Lloyd, Robert J. Braidwood, Gordon R. Willey, C.J. Becker, Sigfried J. De Laet, J. Desmond Clark, D.J. Mulvaney. London: Thames and Hudson. ISBN9780500050514
Hutton, Ronald (2005). “The Religion of William Stukeley”. The Antiquaries Journal85: 381–394. doi:10.1017/S000358150007445X.
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