清黨主力淞滬衛戍司令白崇禧
北伐戰爭後期，國民黨內衝突不斷。1927年3月6日蔣命駐贛州新編第一師國民黨黨代表倪弼槍殺了江西省總工會副委員長、贛州總工會委員長陳贊賢[6]。3月21日，上海總工會發動第三次工人暴動，組建上海特別市臨時政府。3月26日蔣到達上海，工人糾察隊在閘北槍決擁蔣派。[7]3月28日，蔡元培在上海主持召開中國國民黨中央監察委員會會議，吳稚暉提出發動「護黨救國」運動。4月2日，朱德在南昌發動政變，清除國民黨江西省黨部蔣系勢力，[8][9]中央監察委員會會議在上海召開全體會議，參加者包括蔡元培、蔣介石、李宗仁、白崇禧、黃紹竑、李濟深、張靜江、吳稚暉、李石曾等人，在會議中提出檢舉「共產黨連結容納於國民黨之共產黨員，同有謀叛證據」，吳稚暉呈文控告中國共產黨企圖奪取革命政權，且譴責鮑羅廷，陰謀使中國變成蘇聯殖民地[10]。廣州政治分會主席李濟深首先發言贊同。會議訂立「清黨原則」及組「清黨委員會」，進行反共清黨準備工作。
清黨前夕被杜月笙杀死的上海中共领导汪寿华
4月1日，汪精卫穿越西伯利亚再转苏联邮轮，从欧洲赶回上海。蒋介石、吴稚晖、蔡元培等向汪投诉中国共产党问题。汪精卫又与陈独秀会晤，陈书面答复汪精卫，并要求他签字，于4月5日以《国共两党领袖汪兆铭、陈独秀的联合宣言》在报上发表，强调国共团结。武汉中央联席会议则命蒋介石未得政府命令前，不得发表外交意见，改任第一集团军总司令，以冯玉祥为第二集团军总司令，解除了他的国民革命军总司令职务。武漢政府下令，突免蔣公職[11]:13。4月6日，汪精卫离开上海赴武汉。
幫派負責人黃金榮助蒋清党
清黨中被處死刑的上海中共負責人趙世炎
幫派負責人杜月笙助蒋清党
另一個造成緊張的要因，是鮑羅廷曾秘密策動郭松齡將軍反對張作霖。蔣張兩人1926年秋天就開始秘密接觸，分別派唐生智和楊宇霆為代表秘密會晤，協議共同驅逐共產國際勢力。因此「南京事件」後不到兩周，4月6日，得到公使團同意，張作霖在北京軍警搜查了苏俄大使馆、遠東銀行、中東鐵路辦公處，逮捕藏身其內多時的58名中國人，包括中國共產黨主要創始人之一李大釗，查獲並向外界公開了蘇聯和共產國際欲赤化中國之千餘文件[12]，包括共產國際大量指示、训令、颠覆材料（與馮玉祥合作颠覆文件、紅槍會及煽動農民紀錄、中國共產黨文件等，「蘇聯陰謀文證彙編」），詳載蘇聯涉入中共之地下滲透活動，「及近來之街頭群眾運動的狀況」[13]:42，其中有一份蘇聯共產黨給當時革命政府顧問鮑羅廷的電報，指示不能讓國民革命軍統一中國；蘇聯的目的是要用北伐牽制帝國主義國家，使他們不能從東方攻打蘇聯[14]:65。蘇聯與中國共產黨強烈譴責中國國民黨粗暴侵犯蘇聯使館尊嚴，並認為此事件乃「帝國主義的挑撥」，中國政府已淪為帝國主義者工具。
4月9日，蔣命令成立「淞滬戒嚴司令部」，由白崇禧、周鳳歧分任正副司令，並頒發「戰時戒嚴條例」12條。同日，中央監察委員鄧澤如、吳稚暉、黃紹竑、張靜江、陳果夫等聯名發表《護黨救國通電》（即「青電」），指責武漢國民政府「容共」。4月11日，蔣密令「已光復的各省，一致實行清党」。根據陳立夫說法，中國國民黨並沒有和青幫正式訂下合作計劃，但是「策劃、執行清黨的一個主要人物是楊虎；他是青幫領袖」。楊虎「把我們的建議傳遞給杜月笙……青幫就採取行動」[13]:43。
4月12日凌晨1時到5時，親國民黨右派的中華共進會和上海工界聯合會成員向上海總工會糾察隊駐地閘北、南市、浦東、吳淞等處，發起攻擊。之後，蔣下令淞滬戒嚴司令部所屬國民革命軍第二十六軍以「工人內訌」为理由，解除工人糾察隊武裝，「沒收三千支步槍。」[13]:43上海總工會召開工人代表大會，決定4月13日上午10時舉行總同盟罷工。
4月13日上午，上海烟厂、电车厂、丝厂和市政、邮务、海员及各业工人等20万人举行罢工。上海總工會在閘北青雲路廣場召開10萬人參加的工人群衆大會[15]，要求釋放被捕工人，交還糾察隊槍械，會後工人遊行並與軍方爆發衝突。關於衝突的詳情，中共中央党史研究室所著《中國共產黨的九十年》稱：游行队伍行进到宝山路时，第二十六军突然从埋伏处冲出，向密集的人群开枪扫射，当场打死100多人，伤者不计其数。[3]1927年4月14日的《國文週報》則稱：闸北工人二千余结队游行，手执铁棍、炸弹，其势汹汹，旋冲入旧俄教堂内，师司令部屋内现炸弹声，军队始开枪，被击毙十余，工人均扯苏俄红色国旗。1927年4月14日的《申報》統計工人死亡共30人，軍方死亡12人。衝突爆發後，蔣下令解散上海特別市臨時政府、上海總工會和一切共產黨組織，搜捕中國共產黨員及支持者，逮捕千餘人，澈底清除中國共產黨份子[11]:13。上海的共产党员和群众被杀者300多人，被捕者500多人，失踪者5000多人，汪寿华、陈延年、赵世炎等均被殺死。[15]
4月14日，李濟深主持廣州陸海空將領開會議決定「清共」。4月15日，广州四一五事件发生，廣州全城搜捕，當日捕去共產黨員和支持者2,000多人，封閉工會和團體200多個，共產黨員蕭楚女、熊雄、李啓漢等被害。廈門、福州、寧波、南京、杭州、長沙（馬日事變）也以“清黨”名義，對共產黨員和支持者進行大屠殺。奉系軍閥也在北京捕殺共產黨員。4月17日，蒋与一批右派中國国民党中央委员在南京召开政治会议，发布清党通电，并发出秘字一号命令，通缉中國共产党首要分子197人：首要为鲍罗廷、陈独秀，其次为林祖涵（即林伯渠）、瞿秋白、毛泽东、恽代英、周恩来、刘少奇、张国焘、彭湃、邓颖超、蔡和森、方志敏等人。一些亲共左派人士，如沈雁冰、柳亚子、邓演达、章伯钧等，也在通缉之列[16]。
4月18日，國民政府奠都南京，蔣發表告民眾書[11]:13。蒋等宣佈組成南京國民政府，以胡漢民為主席，和武漢國民政府对立，是为“寧漢分裂”。之後，中國共產黨和中國國民黨左派也進行清黨，大量处决中國国民党右派人士[來源請求]，在武漢聯合發動討蔣。4月19日，蘇聯召回北京駐華代辦及大使館職員[17]:65。4月20日，中國共產黨發表《爲蔣介石屠殺革命民衆宣言》認為：「蒋介石业已变为国民革命公开的敌人，业已变为帝国主义的工具，业已变为屠杀工农和革命群众的白色恐怖的罪魁」，并号召全国人民动员起来，团结一致，形成一个巩固的革命民主主义战线来对付与战胜帝国主义、军阀、封建资产阶级联合势力的进攻。4月21日，軍事委員會自廣東遷南京辦公，蔣發表告全體將士書[11]:13。4月22日，武汉国民政府由汪精卫领衔，孙科、邓演达、宋庆龄、张发奎、吴玉章、毛泽东、恽代英等联名发布通电，斥责蒋的分裂行为。[16]4月28日，張作霖在北京把20名逮到的中國共產黨員，因有事实证据联合苏联密谋顛覆中國政府，執行絞刑，「其中最有名的就是李大釗」[13]:42。
四一二事件使國共反目，兩黨結下血海深仇；事件原因複雜，其中包括蔣和汪精衛爭奪領導權[18]，同時亦包括中共中央在北伐期間不斷滲透國民黨內部使部分右派黨員及將領不滿，並且中共方面於地方發起暴動、迫害其所謂的資產階級並掠奪其擁有合法財產等[19]:30-31，出現「有土皆豪，凡紳必劣」的路線。據當時《中國周報》記者斯諾估計，被殺害之左傾分子在5,000人以上[20]:101。上海流氓勢力反共清黨有功，後來杜月笙成為南京陸海空軍總司令部少將參議[20]:103。
蔣介
陈独
