宮古市的總面積約1259平方公里，佔岩手縣總面積的8.2%[6]。轄區約91.8%的面積被森林覆蓋[6]，1.6%的土地為農業用地[9]。東部的沿海地區坐落著本州的最東端魹崎和淨土濱[10][11][12][5]，西部坐落著北上山地的最高峰——海拔1917公尺的早池峰山和其他山岳[13]。其中早池峰山與周邊山岳皆位於早池峰國定公園的範圍內[13][14]，淨土濱在內的東部沿海地區則位於三陸復興國立公園的範圍內[15][16]。而淨土濱則被指定為日本的名勝[17]。發源於西部兜神明岳和岩神山的閉伊川往東流經宮古市，並在宮古港注入宮古灣[5]。其支流小國川、刈屋川、長澤川、近内川等河也流經市內[5]。
根據統計，1991年至2020年宮古市的年均溫為10.8℃，年均降雨量則為1370.9毫米[5]。當地的沿海地區屬於太平洋側氣候，夏季容易受到挾帶涼冷潮濕空氣的東北風吹拂，但冬季較溫暖且降雪量較少[6]。西部的山區地帶則屬於高原氣候，冬季的降雪量相當多[6]。
根據宮古市內出土的遺跡與土器等文物顯示，當地自繩紋時代初期便有人類居住[6]，轄區內的488處繩紋遺跡分佈在流經市內的河川流域和海階上[5]。建久2年（1192年），源為朝的第三子閉伊賴基獲鎌倉幕府的許可統治宮古地區[6]。文祿元年（1592年），第13代當主閉伊親光遭南部信直擊敗，宮古地區改由南部氏統治[6]。
江戶時代，盛岡藩在宮古地區設置代官所[7]。元和元年（1615年），岩手縣遭到地震引發的海嘯侵襲（慶長三陸地震）。當時盛岡藩初代藩主南部利直前往宮古視察遭海嘯侵襲後的地區，並將當地畫分成數個町進行都市計畫[13][18]。寬永9年（1632年），宮古地區的新街區陸續落成[13]。而同時代連接三陸海岸和江戶、關東等地的海運興起之後[19]，宮古地區成為將當地貨物運往江戶的重要據點，宮古港也成為當時三陸海岸的主要港口之一[20]。
明治22年（1889年），日本實施町村制，並將宮古村和浦鍬崎村改制成宮古町和浦鍬崎町[7]。大正13年（1924年），浦鍬崎町併入宮古町[7]。昭和16年（1941年），宮古町與山口村、千德村、磯雞村合併成宮古市[7]。平成17年（2005年）6月6日，田老町和新里村併入宮古市[6]。平成22年（2010年）1月1日，川井村和宮谷市合併成現今的宮古市[6]。
2011年3月11日的東日本大震災在宮古市引發震度5弱至5強的地震[1][21]，並造成517人死亡和9088棟房屋受損，其中5968棟房屋在震災中全毀[1][21]。當地的受損總額估計約2457億日圓[1]。
現任市長山本正德於2021年6月在選舉中第3次成功連任[22]，其任期將持續至2025年7月[23]。
宮古市與以下日本城市為友好姐妹城市[37]:
宮古市與以下國外城市為友好姐妹城市[37]:
菲律