1903年,本地活动家和业余软体动物学家 Fred Baker 和其他两位同事领导的一个委员会创办了一家独立的生物实验室,名为圣迭戈海洋生物学协会(Marine Biological Association of San Diego),这就是斯克里普斯海洋研究所的前身。加利福尼亚大学动物学教授 William Emerson Ritter 受聘领导这个协会,本地慈善家 E. W. Scripps 和他的姐姐 Ellen Browning Scripps 在最初十年为协会提供了完全资助。 协会起初位于科罗纳多酒店的船屋里,1905年来到拉霍亚湾附近,最后在1907年搬到了现在的位置。
在1912年,协会成为加利福尼亚大学的一部分,且更名为斯克里普斯生物研究所(Scripps Institution for Biological Research)。1916年起,研究所每天在码头展开测量。 1925年10月改为现在的名字,即斯克里普斯海洋研究所(Scripps Institution of Oceanography)。