ΟΠ.Γ.Σ. Κισσαμικός ιδρύθηκε το 1926.[3]Το 1994 ο Κισσαμικός κατέκτησε το πρώτο του πρωτάθλημα στην Α΄ Κατηγορία Ε.Π.Σ. Χανιών, κερδίζοντας έτσι την άνοδο για πρώτη φορά σε εθνική κατηγορία. Την περίοδο 1994–95 τερμάτισε στη 13η θέση του Ομίλου του, με αποτέλεσμα τον υποβιβασμό στις τοπικές κατηγορίες.
Την περίοδο 2012–13 κατέλαβαν την 6η θέση του 10ου Ομίλου της Δ΄ Εθνικής, κερδίζοντας παράλληλα την άνοδο στηνΓ΄ Εθνική Κατηγορία. Την πρώτη περίοδο στη Γ΄ Εθνική κατέβαλαν την 4η θέση του 5ου Ομίλου με 49 βαθμούς.
Την περίοδο 2014–15 τερμάτισαν στην 1η θέση του 4ου Ομίλου της Γ΄ Εθνικής Ερασιτεχνικής κατηγορίας, συγκεντρώνοντας 54 βαθμούς. Πέτυχε έτσι για πρώτη φορά στην ιστορία τουτην άνοδο στηΒ΄ Εθνική κατηγορία (Football League), στην οποία και αγωνιζόταν μετην επωνυμία «Π.Γ.Σ. Κισσαμικός Π.Α.Ε.».
Την περίοδο 2016-17 ηΠ.Α.Ε.Π.Γ.Σ. Κισσαμικός αγωνίστηκε για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά στο πρωτάθλημα της Football League τερμάτισε στη μέση του βαθμολογικού πίνακα, εξασφαλίζοντας τη συμμετοχή της καιστο επόμενο πρωτάθλημα της 2ης επαγγελματικής κατηγορίας.
Την ίδια περίοδο ηΠ.Α.Ε.Α.Ο. Χανιά αντιμετωπίζοντας σημαντικά οικονομικά προβλήματα γνώρισε τον υποβιβασμό στηνΓ΄ Εθνική, τιμωρούμενη με ανάκληση πιστοποιητικού καιμε αφαίρεση 33 βαθμών. Το καλοκαίρι του 2017 αποφασίστηκε η συνεργασία μεταξύ της Π.Α.Ε.Π.Γ.Σ. Κισσαμικόςκαιτου ερασιτέχνη Α.Ο. Χανιά.
Καθώς δεν ήταν εφικτή η συγχώνευση τωνδυο συλλόγων ή τωνΠ.Α.Ε.,[α] αποφασίστηκε στις 9 Νοεμβρίου 2017 η τροποποίηση του καταστατικού της Π.Α.Ε. Π.Γ.Σ. Κισσαμικός καιη αλλαγή του διακριτικού τίτλου σε «Α.Ο. Χανιά–Κισσαμικός Π.Α.Ε.»,[4][5] ονομασία μετην οποία αναφέρεται από τότε. Η επίσημη επωνυμία της Π.Α.Ε. παρέμεινε «Π.Γ.Σ. Κισσαμικός Π.Α.Ε.» καιτο ιδρυτικό αθλητικό σωματείοοΠ.Γ.Σ. Κισσαμικός.[β]
Τα Χανιά τερμάτισαν 4οιστο πρωτάθλημα Football League της περιόδου 2017-18 και 6ος σε αυτό της περιόδου 2018-19 εξασφαλίζοντας τη συμμετοχή τουστη 1η διοργάνωση της Α2 Εθνικής Κατηγορίας (Super League 2) μετά τηναναδιάρθρωσητων επαγγελματικών κατηγοριών του 2019. Τη διετία αυτή ύπαρξης τουΑ.Ο. Χανιά–Π.Γ.Σ. Κισσαμικού υπήρχαν πιέσεις από φίλαθλους τουΑ.Ο. Χανιάγια εξάλειψη του «Κισσαμικός» από την ονομασία και διατήρηση μόνο του ονόματος των Χανίων,[8] αλλά και παρουσίας στοιχείων από το σήμα τουΑ.Ο. Χανιάστο έμβλημα της Π.Α.Ε..
Το καλοκαίρι του 2019 ανακοινώθηκε ότι ο διακριτικός τίτλος θα τροποποιηθεί εκ νέου σε «Χανιά Π.Α.Ε.»,[9][10]και παρουσιάστηκε νέο έμβλημα της Π.Α.Ε.που βασίζονταν ξανά στο σήμα τουΠ.Γ.Σ. Κισσαμικού, τοδελφίνι. Η αλλαγή του ονόματος του συλλόγου, ανακοινώθηκε επίσημα στοΓ.Ε.ΜΗτον Οκτώβριο του 2019.[11]
Από την αρχή της συνεργασίας το 2017, υπήρχαν έντονες διαμαρτυρίες και αντιδράσεις από τους φιλάθλους τουΑ.Ο. Χανιά, καθώς στο όνομα αλλά κυρίως στο έμβλημα της νέας ομάδας , ήταν πιο έντονη η παρουσία του Κισσαμικού και λιγότερο εμφανής εκείνη τουΑ.Ο. Χανιά. Έτσι, το θέμα του ονόματος λύθηκε 2 χρόνια αργότερα, μετην νέα μετονομασία της ομάδας σε «Χανιά Π.Α.Ε.» το 2019, ωστόσο το θέμα του εμβλήματος παρέμενε στάσιμο, αφού απεικονιζόταν ξανά τοδελφίνι, σύμβολο της ομάδας τουΠ.Γ.Σ. Κισσαμικού.
Τελικά, οι φίλαθλοι των Χανίων πέτυχαν την απόφαση αλλαγής του εμβλήματος το 2023 και ηΠ.Α.Ε. Χανιά παρουσίασε 5 νέα υποψήφια σήματα, από τα οποία οι φίλαθλοι κλήθηκαν να επιλέξουν με ψηφοφορία τα 3 καλύτερα. Η τελική τριάδα, τέθηκε ξανά στην κρίση του κοινού και τελικά στις 8 Σεπτεμβρίου 2023 προέκυψε το τελικό νέο έμβλημα.
.png)
