(Translated by https://www.hiragana.jp/)
KEGG - Βικιπαίδεια Μετάβαση σしぐまτたうοおみくろん περιεχόμενο

KEGG

Από τたうηいーた Βικιπαίδεια, τたうηいーたνにゅー ελεύθερη εγκυκλοπαίδεια
KEGG
Περιεχόμενο
ΠεριγραφήΤたうοおみくろん KEGG ή ηいーた Εγκυκλοπαίδεια Γονιδίων κかっぱαあるふぁιいおた Γονιδιωμάτων τたうοおみくろんυうぷしろん Κιότο είναι μみゅーιいおたαあるふぁ ελεύθερα προσβάσιμη βάση δεδομένων βιομορίων, τたうαあるふぁ φάρμακα.
ΑντικείμενοΕίναι μみゅーιいおたαあるふぁ συλλογή χαρτών μονοπατιών πぱいοおみくろんυうぷしろん ενσωματώνουν πολλές οντότητες όπως γονίδια, πρωτεΐνες, RNA, χημικές ενώσεις, γλυκάνες κかっぱαあるふぁιいおた χημικές αντιδράσεις, καθώς κかっぱαあるふぁιいおた γονίδια ασθενειών κかっぱαあるふぁιいおた στόχους φαρμάκων, πぱいοおみくろんυうぷしろん αποθηκεύονται ως μεμονωμένες καταχωρίσεις στις άλλες βάσεις δεδομένων τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG.
ΟργανισμοίΌλοι
Επαφή
Ερευνητικό κέντροΠανεπιστήμιο τたうοおみくろんυうぷしろん Κιότο
ΕργαστήριοKanehisa Laboratories
Πρώτη αναφοράPubMed
Ημερομηνία έκδοσης1995
Πρόσβαση
Ιστοσελίδαwww.kegg.jp
URL υπηρεσίας ιστούREST δείτε KEGG API
Εργαλεία
Διαδικτυακή εφαρμογήKEGG Mapper
Διάφορα
ΆδειαCreative commons
Συνδέσεις
  • GenomeNet
  • DBGET/LinkDB

Τたうοおみくろん KEGG Εγκυκλοπαίδεια τたうοおみくろんυうぷしろん Κιότο γがんまιいおたαあるふぁ τたうαあるふぁ γονίδια κかっぱαあるふぁιいおた τたうαあるふぁ γονιδιώματα (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) είναι μみゅーιいおたαあるふぁ συλλογή βάσεων δεδομένων πぱいοおみくろんυうぷしろん πραγματεύεται τたうαあるふぁ γονιδιώματα, τις βιολογικές οδούς, τις ασθένειες, τたうαあるふぁ φάρμακα κかっぱαあるふぁιいおた τις χημικές ουσίες. Τたうοおみくろん KEGG χρησιμοποιείται σしぐまτたうηいーたνにゅー έρευνα κかっぱαあるふぁιいおた τたうηいーたνにゅー εκπαίδευση της βιοπληροφορικής, περιλαμβανομένης της ανάλυσης δεδομένων σしぐまτたうηいーた γονιδιωματική, τたうηいーた μεταγονιδιωματική, τたうηいーた μεταβολομική κかっぱαあるふぁιいおた άλλα ωμικά πεδία, καθώς κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー προτύπων κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー προσομοιώσεων σしぐまτたうηいーた βιολογία συστημάτων κかっぱαあるふぁιいおた σしぐまτたうηいーた μεταγραφική έρευνα σしぐまτたうηいーたνにゅー ανάπτυξη φαρμάκων.

Εισαγωγή

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Τたうοおみくろん έργο της βάσης δεδομένων KEGG ξεκίνησε τたうοおみくろん 1995 από τたうοおみくろんνにゅー Minoru Kanehisa, καθηγητή σしぐまτたうοおみくろん Ίδρυμα Χημικής Έρευνας, σしぐまτたうοおみくろん Πανεπιστήμιο τたうοおみくろんυうぷしろん Κιότο, κάτω από τたうοおみくろん συνεχιζόμενο τότε ιαπωνικό έργο τたうοおみくろんυうぷしろん ανθρώπινου γονιδιώματος.[1][2] Προβλέποντας τたうηいーたνにゅー ανάγκη μιας υπολογιστικής πηγής πぱいοおみくろんυうぷしろん μπορεί νにゅーαあるふぁ χρησιμοποιηθεί γがんまιいおたαあるふぁ βιολογική ερμηνεία τたうωおめがνにゅー δεδομένων της αλληλουχίας τたうοおみくろんυうぷしろん γονιδιώματος, ξεκίνησε τたうηいーたνにゅー ανάπτυξη της βάσης δεδομένων KEGG PATHWAY. Είναι μみゅーιいおたαあるふぁ συλλογή χειροκίνητα ληφθείσες χαρτογραφήσεις οδών KEGG πぱいοおみくろんυうぷしろん αντιπροσωπεύουν τたうηいーたνにゅー πειραματική γνώση σしぐまτたうοおみくろんνにゅー μεταβολισμό κかっぱαあるふぁιいおた διάφορες άλλες λειτουργίες τたうοおみくろんυうぷしろん κυττάρου κかっぱαあるふぁιいおた τたうοおみくろんυうぷしろん οργανισμού. Κάθε χαρτογράφηση οδού περιέχει ένα πλέγμα μοριακών αλληλεπιδράσεων κかっぱαあるふぁιいおた αντιδράσεων κかっぱαあるふぁιいおた είναι σχεδιασμένη νにゅーαあるふぁ συνδέσει τたうαあるふぁ γονίδια τたうοおみくろんυうぷしろん γονιδιώματος μみゅーεいぷしろん γονιδιακά προϊόντα (κυρίως πρωτεΐνες) της οδού. Αυτό έχει ενεργοποιήσει τたうηいーたνにゅー ανάλυση πぱいοおみくろんυうぷしろん λέγεται χαρτογράφηση οδού KEGG, όπου τたうοおみくろん περιεχόμενο τたうοおみくろんυうぷしろん γονιδίου σしぐまτたうοおみくろん γονιδίωμα συγκρίνεται μみゅーεいぷしろん τたうηいーた βάση δεδομένων KEGG PATHWAY γがんまιいおたαあるふぁ νにゅーαあるふぁ εξετάσει ποιες οδοί κかっぱαあるふぁιいおた συσχετισμένες λειτουργίες είναι πιθανόν νにゅーαあるふぁ είναι κωδικοποιημένες σしぐまτたうοおみくろん γονιδίωμα.

Σύμφωνα μみゅーεいぷしろん τους ερευνητές, τたうοおみくろん KEGG είναι μみゅーιいおたαあるふぁ "αναπαράσταση τたうοおみくろんυうぷしろん υπολογιστή" γがんまιいおたαあるふぁ τたうοおみくろん βιολογικό σύστημα.[3] Ενσωματώνει δομικές μονάδες κかっぱαあるふぁιいおた διαγράμματα συνδέσεων τたうοおみくろんυうぷしろん συστήματος — πぱいιいおたοおみくろん συγκεκριμένα, γενετικές δομικές μονάδες από γονίδια κかっぱαあるふぁιいおた πρωτεΐνες, χημικές δομικές μονάδες μικρών μορίων κかっぱαあるふぁιいおた αντιδράσεων, καθώς κかっぱαあるふぁιいおた διαγράμματα σύνδεσης αλληλεπιδράσεων κかっぱαあるふぁιいおた αντιδράσεων πλεγμάτων. Αυτή ηいーた ιδέα πραγματοποιείται στις παρακάτω βάσεις δεδομένων τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG, πぱいοおみくろんυうぷしろん κατηγοριοποιούνται σしぐまεいぷしろん συστημικές, γονιδιωματικές, χημικές πληροφορίες καθώς κかっぱαあるふぁιいおた σしぐまεいぷしろん πληροφορίες υγείας.[4]

  • Συστημικές πληροφορίες
    • PATHWAY — χάρτες οδών γがんまιいおたαあるふぁ κυτταρικές κかっぱαあるふぁιいおた οργανισμικές λειτουργίες
    • MODULE — δομικές κかっぱαあるふぁιいおた λειτουργικές μονάδες τたうωおめがνにゅー γονιδίων
    • BRITE — ιεραρχικές ταξινομήσεις τたうωおめがνにゅー βιολογικών οντοτήτων
  • Γονιδιωματικές πληροφορίες
    • GENOME — πλήρη γονιδιώματα
    • GENES — γονίδια κかっぱαあるふぁιいおた πρωτεΐνες σしぐまτたうαあるふぁ πλήρη γονιδιώματα
    • ORTHOLOGY — ορθόλογες ομάδες γονιδίων σしぐまτたうαあるふぁ πλήρη γονιδιώματα
  • Χημικές πληροφορίες
  • Πληροφορίες υγείας
    • DISEASE — ανθρώπινες ασθένειες
    • DRUG — εγκεκριμένα φάρμακα
    • ENVIRON — ακατέργαστα φάρμακα κかっぱαあるふぁιいおた ουσίες σχετικές μみゅーεいぷしろん τたうηいーたνにゅー υγεία

Βάσεις δεδομένων

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Πληροφορίες συστημάτων

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Ηいーた βάση δεδομένων KEGG PATHWAY, ηいーた βάση δεδομένων τたうωおめがνにゅー διαγραμμάτων σύνδεσης, είναι οおみくろん πυρήνας της πηγής τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG. Είναι μみゅーιいおたαあるふぁ συλλογή χαρτών οδών πぱいοおみくろんυうぷしろん ενσωματώνει πολλές οντότητες πぱいοおみくろんυうぷしろん περιλαμβάνουν γονίδια, πρωτεΐνες, RNAs, χημικές ενώσεις, γλυκάνες κかっぱαあるふぁιいおた χημικές αντιδράσεις, καθώς κかっぱαあるふぁιいおた γονίδια ασθενειών κかっぱαあるふぁιいおた στοχευμένα φάρμακα, τたうαあるふぁ οποία αποθηκεύονται ως μεμονωμένες καταχωρίσεις στις άλλες βάσεις δεδομένων τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG. Οおみくろんιいおた χάρτες οδών ταξινομούνται στις παρακάτω ενότητες:

Ηいーた ενότητα μεταβολισμού περιέχει αισθητικά ληφθέντες γενικούς χάρτες πぱいοおみくろんυうぷしろん εμφανίζουν μみゅーιいおたαあるふぁ γενική εικόνα τたうοおみくろんυうぷしろん μεταβολισμού, επιπρόσθετα από τους κανονικούς χάρτες μεταβολικών οδών. Μπορούν νにゅーαあるふぁ χρησιμοποιηθούν γενικοί χάρτες χαμηλής ανάλυσης, παραδείγματος χάρη, γがんまιいおたαあるふぁ νにゅーαあるふぁ συγκριθούν οおみくろんιいおた μεταβολικές δυνατότητες διάφορων οργανισμών στις γονιδιωματικές μελέτες κかっぱαあるふぁιいおた σしぐまεいぷしろん διάφορα περιβαλλοντικά δείγματα σしぐまεいぷしろん μεταγονιδιωματικές μελέτες. Αντίθετα οおみくろんιいおた μονάδες KEGG σしぐまτたうηいーた βάση δεδομένων KEGG MODULE είναι μεγαλύτερης ανάλυσης, τοπικά διαγράμματα συνδέσεων, πぱいοおみくろんυうぷしろん παριστάνουν πぱいιいおたοおみくろん στενές λειτουργικές μονάδες μέσα σしぐまεいぷしろん έναν χάρτη οδού, όπως οおみくろんιいおた διατηρούμενες υποοδοί μεταξύ ειδικών ομάδων οργανισμών κかっぱαあるふぁιいおた μοριακών συμπλόκων. Οおみくろんιいおた μονάδες KEGG ορίζονται ως χαρακτηριστικά σύνολα γονιδίων πぱいοおみくろんυうぷしろん μπορούν νにゅーαあるふぁ συνδεθούν σしぐまεいぷしろん ειδικές μεταβολικές δυνατότητες κかっぱαあるふぁιいおた σしぐまεいぷしろん άλλα φαινοτυπικά γνωρίσματα, έτσι ώστε νにゅーαあるふぁ μπορούν νにゅーαあるふぁ χρησιμοποιηθούν γがんまιいおたαあるふぁ αυτόματη ερμηνεία τたうωおめがνにゅー δεδομένων τたうοおみくろんυうぷしろん γονιδιώματος κかっぱαあるふぁιいおた τたうοおみくろんυうぷしろん μεταγονιδιώματος.

Μみゅーιいおたαあるふぁ άλλη βάση δεδομένων πぱいοおみくろんυうぷしろん συμπληρώνει τたうοおみくろん KEGG PATHWAY είναι ηいーた KEGG BRITE. Είναι μみゅーιいおたαあるふぁ βάση δεδομένων οντολογίας πぱいοおみくろんυうぷしろん περιέχει ιεραρχικές ταξινομήσεις διαφόρων οντοτήτων πぱいοおみくろんυうぷしろん περιλαμβάνουν γονίδια, πρωτεΐνες, οργανισμούς, ασθένειες κかっぱαあるふぁιいおた χημικές ενώσεις. Ενώ ηいーた KEGG PATHWAY περιορίζεται στις μοριακές αλληλεπιδράσεις κかっぱαあるふぁιいおた αντιδράσεις αυτών τたうωおめがνにゅー οντοτήτων, ηいーた KEGG BRITE ενσωματώνει πολλούς διαφορετικούς τύπους σχέσεων.

Γονιδιωματικές πληροφορίες

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Αρκετούς μήνες μετά τたうηいーたνにゅー έναρξη τたうοおみくろんυうぷしろん έργου KEGG τたうοおみくろん 1995, δημοσιεύτηκε ηいーた πρώτη αναφορά γがんまιいおたαあるふぁ τたうηいーたνにゅー πλήρη αλληλουχία γονιδιώματος βακτηρίων.[5] Από τότε όλα τたうαあるふぁ δημοσιευμένα πλήρη γονιδιώματα συλλέγονται σしぐまτたうοおみくろん KEGG κかっぱαあるふぁιいおた γがんまιいおたαあるふぁ ευκαρυωτικά κύτταρα κかっぱαあるふぁιいおた γがんまιいおたαあるふぁ προκαρυωτικά κύτταρα. Ηいーた βάση δεδομένων KEGG GENES περιέχει πληροφορίες επιπέδου γονιδίου/πρωτεΐνης κかっぱαあるふぁιいおた ηいーた βάση δεδομένων KEGG GENOME περιέχει πληροφορίες επιπέδου οργανισμού γがんまιいおたαあるふぁ αυτά τたうαあるふぁ γονιδιώματα. Ηいーた βάση δεδομένων KEGG GENES αποτελείται από σύνολα γονιδίων γがんまιいおたαあるふぁ τたうαあるふぁ πλήρη γονιδιώματα κかっぱαあるふぁιいおた τたうαあるふぁ γονίδια σしぐまεいぷしろん κάθε σύνολο δίνονται ως σχόλιο μみゅーεいぷしろん τたうηいーた μορφή τたうωおめがνにゅー αντιστοιχιών γνωστοποίησης προς τたうαあるふぁ διαγράμματα σύνδεσης τたうωおめがνにゅー χαρτών οδών τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG, τたうωおめがνにゅー μονάδων KEGG κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー ιεραρχιών BRITE.

Αυτές οおみくろんιいおた αντιστοιχίες γίνονται χρησιμοποιώντας τたうηいーたνにゅー έννοια τたうωおめがνにゅー ορθολόγων. Οおみくろんιいおた χάρτες οδών τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG σχεδιάζονται μみゅーεいぷしろん βάσει τたうηいーたνにゅー πειραματικά στοιχεία σしぐまεいぷしろん συγκεκριμένους οργανισμούς, αλλά σχεδιάζονται ώστε νにゅーαあるふぁ είναι εφαρμόσιμοι κかっぱαあるふぁιいおた σしぐまεいぷしろん άλλους οργανισμούς, επειδή διαφορετικοί οργανισμοί, όπως οおみくろん άνθρωπος κかっぱαあるふぁιいおた τたうοおみくろん ποντίκι, μοιράζονται συχνά ταυτόσημες οδούς πぱいοおみくろんυうぷしろん αποτελούνται από λειτουργικά ταυτόσημα γονίδια πぱいοおみくろんυうぷしろん λέγονται ορθολογικά γονίδια ή ορθόλογα. Όλα τたうαあるふぁ γονίδια σしぐまτたうηいーた βάση δεδομένων KEGG GENES ομαδοποιούνται σしぐまεいぷしろん τέτοια ορθόλογα σしぐまτたうηいーた βάση δεδομένων KEGG ORTHOLOGY (KO). Λόγω τたうωおめがνにゅー κόμβων (γονιδιακών προϊόντων) τたうωおめがνにゅー χαρτών οδού τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG, καθώς κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー μονάδων KEGG κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー ιεραρχιών BRITE, δίνονται αναγνωριστικά KO, οおみくろんιいおた αντιστοιχίες αναγνωρίζονται μόλις τたうαあるふぁ γονίδια σしぐまτたうοおみくろん γονιδίωμα σημειωθούν μみゅーεいぷしろん αναγνωριστικά KO από τたうηいーた διεργασία γονιδιωματικού σχολιασμού σしぐまτたうοおみくろん KEGG.[4]

Χημικές πληροφορίες

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Οおみくろんιいおた χάρτες μεταβολικής οδού τたうοおみくろんυうぷしろん KEGG σχεδιάζονται ώστε νにゅーαあるふぁ αναπαριστάνουν τις διπλές όψεις τたうοおみくろんυうぷしろん μεταβολικού πλέγματος: τたうοおみくろん γονιδιωματικό πλέγμα τたうοおみくろんυうぷしろん τρόπου σύνδεσης τたうωおめがνにゅー γονιδιωματικά κωδικοποιημένων ενζύμων ώστε νにゅーαあるふぁ καταλύουν διαδοχικές αντιδράσεις κかっぱαあるふぁιいおた τたうοおみくろん χημικό πλέγμα τたうωおめがνにゅー χημικών δομών τたうοおみくろんυうぷしろん υποστρώματος κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー προϊόντων πぱいοおみくろんυうぷしろん μετασχηματίζονται από αυτές τις αντιδράσεις.[6] Ένα σύνολο ενζυμικών γονιδίων σしぐまτたうοおみくろん γονιδίωμα θしーたαあるふぁ ταυτοποιήσει τたうαあるふぁ πλέγματα της ενζυμικής σχέσης όταν υπερτίθεται στους χάρτες οδού KEGG, πぱいοおみくろんυうぷしろん μみゅーεいぷしろん τたうηいーた σειρά τους χαρακτηρίζουν τたうαあるふぁ πλέγματα μετασχηματισμού της χημικής δομής επιτρέποντας τたうηいーたνにゅー ερμηνεία τたうωおめがνにゅー βιοσυνθετικών κかっぱαあるふぁιいおた τたうωおめがνにゅー βιοαποσυνθετικών δυναμικών τたうοおみくろんυうぷしろん οργανισμού. Εναλλακτικά, ένα σύνολο μεταβολιτών ταυτοποιημένων σしぐまτたうοおみくろん μεταβολίτωμα θしーたαあるふぁ οδηγήσει σしぐまτたうηいーたνにゅー κατανόηση τたうωおめがνにゅー εμπλεκόμενων ενζυματικών οδών κかっぱαあるふぁιいおた γονιδίων.

Οおみくろんιいおた βάσεις δεδομένων σしぐまτたうηいーたνにゅー κατηγορία χημικές πληροφορίες, πぱいοおみくろんυうぷしろん συνολικά ονομάζονται KEGG LIGAND, είναι οργανωμένοι παίρνοντας τたうηいーた γνώση από τたうοおみくろん χημικό δίκτυο. Σしぐまτたうηいーたνにゅー αρχή τたうοおみくろんυうぷしろん έργου KEGG, τたうοおみくろん KEGG LIGAND αποτελείτο από τρεις βάσεις δεδομένων: KEGG COMPOUND γがんまιいおたαあるふぁ χημικές ενώσεις, KEGG REACTION γがんまιいおたαあるふぁ χημικές αντιδράσεις κかっぱαあるふぁιいおた KEGG ENZYME γがんまιいおたαあるふぁ αντιδράσεις σしぐまτたうηいーたνにゅー ενζυμική ορολογία.[7] Τώρα, υπάρχουν τρεις επιπλέον βάσεις δεδομένων: KEGG GLYCAN γがんまιいおたαあるふぁ τις γλυκάνες[8] κかっぱαあるふぁιいおた δύο βοηθητικές βάσεις δεδομένων αντιδράσεων πぱいοおみくろんυうぷしろん ονομάζονται RPAIR (στοιχίσεις ζεύγους αντιδρώντων (reactant pair alignments)) κかっぱαあるふぁιいおた RCLASS (τάξη αντίδρασης).[9] Τたうοおみくろん KEGG COMPOUND έχει επίσης επεκταθεί γがんまιいおたαあるふぁ νにゅーαあるふぁ περιέχει διάφορες ενώσεις όπως ξενοβιοτικά (xenobiotics), εκτός από τους μεταβολίτες.

Πληροφορίες γがんまιいおたαあるふぁ τたうηいーたνにゅー υγεία

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Σしぐまτたうοおみくろん KEGG, οおみくろんιいおた ασθένειες θεωρούνται ως διαταραγμένες καταστάσεις τたうοおみくろんυうぷしろん βιολογικού συστήματος πぱいοおみくろんυうぷしろん προκαλούνται από διαταραχές γενετικών κかっぱαあるふぁιいおた περιβαλλοντικών παραγόντων κかっぱαあるふぁιいおた τたうαあるふぁ φάρμακα θεωρούνται ως διαφορετικοί τύποι διαταρακτών.[10] Ηいーた βάση δεδομένωνKEGG PATHWAY περιλαμβάνει όχι μόνο τις κανονικές καταστάσεις, αλλά επίσης τις διαταραγμένες καταστάσεις τたうωおめがνにゅー βιολογικών συστημάτων. Όμως, οおみくろんιいおた χάρτες οδών τたうωおめがνにゅー ασθενειών δでるたεいぷしろんνにゅー μπορούν νにゅーαあるふぁ σχεδιαστούν γがんまιいおたαあるふぁ τις περισσότερες ασθένειες επειδή οおみくろんιいおた μοριακοί μηχανισμοί δでるたεいぷしろんνにゅー είναι καλά κατανοητοί. Μみゅーιいおたαあるふぁ εναλλακτική προσέγγιση λαμβάνεται σしぐまτたうηいーた βάση δεδομένων KEGG DISEASE, πぱいοおみくろんυうぷしろん απλά καταλογοποιεί τους γνωστούς γενετικούς κかっぱαあるふぁιいおた περιβαλλοντικούς παράγοντες τたうωおめがνにゅー ασθενειών. Αυτοί οおみくろんιいおた κατάλογοι μπορούν, ενδεχομένως, νにゅーαあるふぁ οδηγήσουν σしぐまεいぷしろん πぱいιいおたοおみくろん πλήρη διαγράμματα σύνδεσης τたうωおめがνにゅー ασθενειών.

Ηいーた βάση δεδομένων KEGG DRUG περιέχει δραστικά συστατικά τたうωおめがνにゅー εγκεκριμένων φαρμάκων σしぐまτたうηいーたνにゅー Ιαπωνία, τις ΗいーたΠぱいΑあるふぁ κかっぱαあるふぁιいおた τたうηいーたνにゅー Ευρώπη. Διακρίνονται ανάλογα μみゅーεいぷしろん τたうηいーた χημική δομή κかっぱαあるふぁιいおた/ή τたうαあるふぁ χημικά συστατικά κかっぱαあるふぁιいおた συσχετίζονται μみゅーεいぷしろん τたうαあるふぁ μόρια τたうοおみくろんυうぷしろん στοχευόμενου φαρμάκου, τたうαあるふぁ μεταβολίζοντα ένζυμα κかっぱαあるふぁιいおた άλλες πληροφορίες τたうοおみくろんυうぷしろん πλέγματος τたうωおめがνにゅー μοριακών αλληλεπιδράσεων στους χάρτες οδών KEGG κかっぱαあるふぁιいおた τις ιεραρχίες BRITE. Αυτό ενεργοποιεί μみゅーιいおたαあるふぁ ολοκληρωμένη ανάλυση τたうωおめがνにゅー φαρμακευτικών αλληλεπιδράσεων μみゅーεいぷしろん τις γονιδιωματικές πληροφορίες. Τたうαあるふぁ ακατέργαστα φάρμακα κかっぱαあるふぁιいおた άλλες ουσίες σχετικές μみゅーεいぷしろん τたうηいーたνにゅー υγεία, πぱいοおみくろんυうぷしろん είναι εκτός της κατηγορίας τたうωおめがνにゅー εγκεκριμένων φαρμάκων, αποθηκεύονται σしぐまτたうηいーた βάση δεδομένων KEGG ENVIRON. Οおみくろんιいおた βάσεις δεδομένων σしぐまτたうηいーたνにゅー κατηγορία πληροφοριών υγείας ονομάζονται συλλογικά KEGG MEDICUS, οおみくろんιいおた οποίες περιλαμβάνουν επίσης οδηγίες χρήσης (package inserts) όλων τたうωおめがνにゅー εμπορικών φαρμάκων σしぐまτたうηいーたνにゅー Ιαπωνία.

Πρότυπο συνδρομής

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]

Τたうοおみくろんνにゅー Ιούλιο τたうοおみくろんυうぷしろん 2011, τたうοおみくろん KEGG εισήγαγε ένα πρότυπο συνδρομής γがんまιいおたαあるふぁ τたうηいーたνにゅー μεταφόρτωση FTP download λόγω τたうωおめがνにゅー σημαντικών περικοπών της κρατικής χρηματοδότησης. Τたうοおみくろん KEGG συνεχίζει νにゅーαあるふぁ είναι ελεύθερα διαθέσιμο μέσω της ιστοσελίδας τたうοおみくろんυうぷしろん, αλλά αυτό τたうοおみくろん γεγονός έχει προκαλέσει συζητήσεις σχετικά μみゅーεいぷしろん τたうηいーたνにゅー βιωσιμότητα τたうωおめがνにゅー βάσεων δεδομένων της βιοπληροφορικής.[11][12]

Παραπομπές

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
  1. ↑ «KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes». Nucleic Acids Res 28 (1): 27–30. 2000. doi:10.1093/nar/28.1.27. PMID 10592173. 
  2. ↑ Kanehisa M (1997). «A database for post-genome analysis». Trends Genet 13 (9): 375–6. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. PMID 9287494. https://archive.org/details/sim_trends-in-genetics_1997-09_13_9/page/375. 
  3. ↑ «From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG». Nucleic Acids Res 34 (Database issue): D354–7. 2006. doi:10.1093/nar/gkj102. PMID 16381885. 
  4. ↑ 4,0 4,1 «Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG». Nucleic Acids Res 42 (Database issue): D199-205. 2014. doi:10.1093/nar/gkt1076. PMID 24214961. 
  5. ↑ «Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd». Science 269 (5223): 496–512. 1995. doi:10.1126/science.7542800. PMID 7542800. 
  6. ↑ Kanehisa M (2013). «Chemical and genomic evolution of enzyme-catalyzed reaction networks». FEBS Lett 587 (17): 2731–7. doi:10.1016/j.febslet.2013.06.026. PMID 23816707. 
  7. ↑ «LIGAND database for enzymes, compounds and reactions». Nucleic Acids Res 27 (1): 377–9. 1999. doi:10.1093/nar/27.1.377. PMID 9847234. 
  8. ↑ «KEGG as a glycome informatics resource». Glycobiology 16 (5): 63R-70R. 2006. doi:10.1093/glycob/cwj010. PMID 16014746. 
  9. ↑ «Modular architecture of metabolic pathways revealed by conserved sequences of reactions». J Chem Inf Model 53 (3): 613–22. 2013. doi:10.1021/ci3005379. PMID 23384306. 
  10. ↑ «KEGG for representation and analysis of molecular networks involving diseases and drugs». Nucleic Acids Res 38 (Database issue): D355-60. 2010. doi:10.1093/nar/gkp896. PMID 19880382. 
  11. ↑ «The 2012 Nucleic Acids Research Database Issue and the online Molecular Biology Database Collection». Nucleic Acids Res 40 (Database issue): D1-8. 2012. doi:10.1093/nar/gkr1196. PMID 22144685. 
  12. ↑ Hayden, EC. «Popular plant database set to charge users». 

Εξωτερικοί σύνδεσμοι

[Επεξεργασία | επεξεργασία κώδικα]
Τたうοおみくろん Wikidata έχει τたうηいーたνにゅー ιδιότητα, P665, γがんまιいおたαあるふぁ τたうηいーた σελίδα KEGG IDs (δείτε χρήσεις)
Ανακτήθηκε από "https://el.wikipedia.org/w/index.php?title=KEGG&oldid=10265373"