ヴェステルイェートランド地方のLarvに生まれた。1768年からウプサラ大学で学び、1777年に東洋言語の講師になった。博物学に興味を持ち、リンネの有望な弟子の一人となり1785年に植物学の助手となった。1789年にイギリスに渡り、植物学を学んだ。イギリスの外交団とともに清国へゆくことを断った後、1791年にイギリス領のシエラレオネに渡るが、健康を害し、1793年にロンドンに戻った。1794年に再びシエラレオネに渡った。数ヶ月の滞在の後、フランス軍の攻撃で収集した標本と私財を失うが、ロンドンの友人の支援で、アフリカ西海岸の調査旅行を続けた。1796年に多くの標本とともにイギリスに戻った。しばらくスウェーデン外交団のために働いた後1799年にスウェーデンに戻った。ウプサラ大学に戻り、1812年に薬草学の非常勤教授となった。1823年にリンネの伝記を書いたことで知られる。
マメ科の広葉樹の属名アフゼリア(Afzelia)に献名されている。
- Genera plantarum guineensium. Uppsala 1804.
- Stirpium in Guinea medicinalium species novae. Uppsala 1818.
- Stirpium in Guinea medicinalium species cognitae. Uppsala 1825.
- Afzelius gab die Autobiographie Linnés heraus (deutsch, Berlin 1826)