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NXF1

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NXF1
PDBに登録とうろくされている構造こうぞう
PDBオルソログ検索けんさく: RCSB PDBe PDBj
PDBのIDコード一覧いちらん

4WYK, 1FO1, 1FT8, 1GO5, 1JKG, 1JN5, 1KOH, 1KOO, 1OAI, 2Z5K, 2Z5M, 3RW6, 3RW7

識別子しきべつし
記号きごうNXF1, MEX67, TAP, nuclear RNA export factor 1
外部がいぶIDOMIM: 602647 MGI: 1858330 HomoloGene: 38176 GeneCards: NXF1
遺伝子いでんし位置いち (ヒト)
11番染色体 (ヒト)
染色せんしょくたい11ばん染色せんしょくたい (ヒト)[1]
11番染色体 (ヒト)
NXF1遺伝子の位置
NXF1遺伝子の位置
バンドデータ開始かいしてん62,792,123 bp[1]
終点しゅうてん62,806,302 bp[1]
遺伝子いでんし位置いち (マウス)
19番染色体 (マウス)
染色せんしょくたい19ばん染色せんしょくたい (マウス)[2]
19番染色体 (マウス)
NXF1遺伝子の位置
NXF1遺伝子の位置
バンドデータ開始かいしてん8,734,437 bp[2]
終点しゅうてん8,748,286 bp[2]
RNA発現はつげんパターン


さらなる参照さんしょう発現はつげんデータ
遺伝子いでんしオントロジー
分子ぶんし機能きのう 血漿けっしょうタンパク結合けつごう
single-stranded RNA binding
mRNA結合けつごう
structural constituent of nuclear pore
核酸かくさん結合けつごう
RNA結合けつごう
細胞さいぼう構成こうせい要素ようそ 細胞さいぼうしつ
細胞さいぼうしつ基質きしつ
nuclear speck
transcription export complex
かくまくあな
細胞さいぼうない
nuclear inclusion body
細胞さいぼうかく
核質かくしつ
nuclear envelope
生物せいぶつがくてきプロセス mRNA transport
mRNA export from nucleus
poly(A)+ mRNA export from nucleus
viral process
RNA export from nucleus
輸送ゆそう
タンパク質たんぱくしつ輸送ゆそう
出典しゅってん:Amigo / QuickGO
オルソログ
たねヒトマウス
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq
(mRNA)

NM_006362
NM_001081491

NM_001276704
NM_016813

RefSeq
(タンパク質たんぱくしつ)

NP_001074960
NP_006353

NP_001263633
NP_058093

場所ばしょ
(UCSC)
Chr 11: 62.79 – 62.81 MbChr 11: 8.73 – 8.75 Mb
PubMed検索けんさく[3][4]
ウィキデータ
閲覧えつらん/編集へんしゅう ヒト閲覧えつらん/編集へんしゅう マウス

NXF1(nuclear RNA export factor 1)は、ヒトではNXF1遺伝子いでんしによってコードされるタンパク質たんぱくしつで、TAP(tip associating protein)という名称めいしょうでもられる[5][6]

機能きのう

[編集へんしゅう]
TAP_C
complex between tap uba domain and fxfg nucleoporin peptide
識別子しきべつし
略号りゃくごう TAP_C
Pfam PF03943
Pfam clan CL0214
InterPro IPR005637
SCOP 1go5
SUPERFAMILY 1go5
利用りよう可能かのう蛋白質たんぱくしつ構造こうぞう:
Pfam structures
PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum structure summary
テンプレートを表示ひょうじ

NXF1はかく細胞さいぼうしつ往復おうふくし、ポリアデニルされたRNAin vivo結合けつごうしてかくがい搬出はんしゅつ媒介ばいかいする。NXF1は酵母こうぼのMex67pのホモログである[6][7]。NXF1はNXF(nuclear RNA export factor)ファミリーにぞくする。このファミリーに共通きょうつうするドメイン構造こうぞうは、典型てんけいてきRNPがたRNA結合けつごうドメイン(RBD)、4つのロイシンリッチリピート(LRR)、NTF2ようドメイン、UBA(ubiquitin-associated)ドメインである。NTF2ようドメインはNXT1英語えいごばんとのヘテロりょうからだ可能かのうにし、UBAドメインはヌクレオポリンとの相互そうご作用さよう媒介ばいかいする。C末端まったんのUBAドメインをふく領域りょういきは、FGリピートをふくかくまくあなタンパク質たんぱくしつ(FGヌクレオポリン)との結合けつごう重要じゅうようであり、かくとの往復おうふく媒介ばいかい十分じゅうぶんである[8][9]。このC末端まったん領域りょういきたがいにパッキングした4ほんαあるふぁヘリックスから構成こうせいされ、ヘリックス1、2、3の配置はいちはUBAフォールドと類似るいじしている。隣接りんせつするモジュールとはプロリン柔軟じゅうなんな12ざんもとのリンカーで連結れんけつされている[8][9]。LRRとNTF2ようドメインはかくがい搬出はんしゅつ活性かっせい必要ひつようである。NXF1には選択せんたくてきスプライシングによるバリアントが存在そんざいする。NXF1は飽和ほうわりょうのDがたレトロウイルスCTE(constitutive transport element)RNAの存在そんざいによってこされるmRNAかくがい輸送ゆそう阻害そがいつことができる[10]。マウスのNxf1遺伝子いでんし特定とくていアレルは、内在ないざいせいレトロウイルス(intracisternal A particle)のイントロンへのみによってこされる変異へんい抑制よくせいする[11][12]

相互そうご作用さよう

[編集へんしゅう]

NXF1は、TNPO2英語えいごばん[13]MAGOH英語えいごばん[14]U2AF1英語えいごばん[15]DHX9英語えいごばん[16]HuD英語えいごばん[17]NUP214英語えいごばん[18][19]相互そうご作用さようすることがしめされている。

出典しゅってん

[編集へんしゅう]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000162231 - Ensembl, May 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000010097 - Ensembl, May 2017
  3. ^ Human PubMed Reference:
  4. ^ Mouse PubMed Reference:
  5. ^ “Tap: a novel cellular protein that interacts with tip of herpesvirus saimiri and induces lymphocyte aggregation”. Immunity 6 (5): 571–82. (May 1997). doi:10.1016/S1074-7613(00)80345-3. PMID 9175835. 
  6. ^ a b “TAP, the human homolog of Mex67p, mediates CTE-dependent RNA export from the nucleus”. Molecular Cell 1 (5): 649–59. (April 1998). doi:10.1016/S1097-2765(00)80065-9. PMID 9660949. 
  7. ^ “The Mex67p-mediated nuclear mRNA export pathway is conserved from yeast to human”. The EMBO Journal 18 (9): 2593–609. (May 1999). doi:10.1093/emboj/18.9.2593. PMC 1171339. PMID 10228171. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1171339/. 
  8. ^ a b “Structure of the C-terminal FG-nucleoporin binding domain of Tap/NXF1”. Nature Structural Biology 9 (4): 247–51. (April 2002). doi:10.1038/nsb773. PMID 11875519. 
  9. ^ a b “Prediction of structural domains of TAP reveals details of its interaction with p15 and nucleoporins”. EMBO Reports 1 (1): 53–8. (July 2000). doi:10.1093/embo-reports/kvd009. PMC 1083685. PMID 11256625. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1083685/. 
  10. ^ Entrez Gene: NXF1 nuclear RNA export factor 1”. 2020ねん12がつ20日はつか閲覧えつらん
  11. ^ “A natural allele of Nxf1 suppresses retrovirus insertional mutations”. Nature Genetics 35 (3): 221–8. (November 2003). doi:10.1038/ng1247. PMC 2756099. PMID 14517553. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2756099/. 
  12. ^ “Multipotent genetic suppression of retrotransposon-induced mutations by Nxf1 through fine-tuning of alternative splicing”. PLOS Genetics 5 (5): e1000484. (May 2009). doi:10.1371/journal.pgen.1000484. PMC 2674570. PMID 19436707. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2674570/. 
  13. ^ “Karyopherin beta 2B participates in mRNA export from the nucleus”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 99 (22): 14195–9. (October 2002). Bibcode2002PNAS...9914195S. doi:10.1073/pnas.212518199. PMC 137860. PMID 12384575. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC137860/. 
  14. ^ “Magoh, a human homolog of Drosophila mago nashi protein, is a component of the splicing-dependent exon-exon junction complex”. The EMBO Journal 20 (22): 6424–33. (November 2001). doi:10.1093/emboj/20.22.6424. PMC 125744. PMID 11707413. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC125744/. 
  15. ^ “U2AF participates in the binding of TAP (NXF1) to mRNA”. The Journal of Biological Chemistry 277 (6): 3935–42. (February 2002). doi:10.1074/jbc.M107598200. PMID 11724776. 
  16. ^ “Specific interaction between RNA helicase A and Tap, two cellular proteins that bind to the constitutive transport element of type D retrovirus”. The Journal of Biological Chemistry 275 (42): 32694–700. (October 2000). doi:10.1074/jbc.M003933200. PMID 10924507. 
  17. ^ “TAP/NXF1, the primary mRNA export receptor, specifically interacts with a neuronal RNA-binding protein HuD”. Biochemical and Biophysical Research Communications 321 (2): 291–7. (August 2004). doi:10.1016/j.bbrc.2004.06.140. PMID 15358174. 
  18. ^ “TAP (NXF1) belongs to a multigene family of putative RNA export factors with a conserved modular architecture”. Molecular and Cellular Biology 20 (23): 8996–9008. (December 2000). doi:10.1128/MCB.20.23.8996-9008.2000. PMC 86553. PMID 11073998. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC86553/. 
  19. ^ “In vitro analysis of nuclear transport mediated by the C-terminal shuttle domain of Tap”. The Journal of Biological Chemistry 276 (45): 42355–63. (November 2001). doi:10.1074/jbc.M103916200. PMID 11551912. 

外部がいぶリンク

[編集へんしゅう]
  • PDBe-KB - ヒトNXF1にかんしてPDBで利用りよう可能かのうぜん構造こうぞう概要がいよう